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万見
- PDB-4cjm: Crystal structure of human FGF18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cjm
タイトルCrystal structure of human FGF18
要素FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
キーワードSIGNALING PROTEIN / SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR3 mutant receptor activation / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / : / type 1 fibroblast growth factor receptor binding / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / chondrocyte development / intramembranous ossification / positive regulation of chondrocyte differentiation / FGFR3b ligand binding and activation ...FGFR3 mutant receptor activation / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / : / type 1 fibroblast growth factor receptor binding / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / chondrocyte development / intramembranous ossification / positive regulation of chondrocyte differentiation / FGFR3b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / endochondral ossification / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / lung development / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor 18 / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 18
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Brown, A. / Adam, L.E. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of Fibroblast Growth Factor 18 (Fgf18)
著者: Brown, A. / Adam, L.E. / Blundell, T.L.
履歴
登録2013年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
C: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
D: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,74517
ポリマ－65,4964
非ポリマー1,24913
水1448
1
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7585
ポリマ－16,3741
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6624
ポリマ－16,3741
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5663
ポリマ－16,3741
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7585
ポリマ－16,3741
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.760, 49.496, 100.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA51 - 1772 - 128
21ARGARGBB51 - 1772 - 128
12ARGARGAA51 - 1772 - 128
22ARGARGCC51 - 1772 - 128
13ARGARGAA51 - 1772 - 128
23ARGARGDD51 - 1772 - 128
14TYRTYRBB51 - 1782 - 129
24TYRTYRCC51 - 1782 - 129
15ARGARGBB51 - 1772 - 128
25ARGARGDD51 - 1772 - 128
16ARGARGCC51 - 1772 - 128
26ARGARGDD51 - 1772 - 128

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
FIBROBLAST GROWTH FACTOR 18 / FGF-18 / ZFGF5


分子量: 16373.931 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 50-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI2 / 参照: UniProt: O76093
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4 AND 26% PEG 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 詳細: HELIOS MX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→98.74 Å / Num. obs: 17815 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 15.84
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 12.99 % / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PROTEUM2データ削減
PROTEUM2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FDB

2fdb


解像度: 2.7→98.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 26.936 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25083 907 5.1 %RANDOM
Rwork0.21155 ---
obs0.21344 16899 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å21.47 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→98.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 65 8 4261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.985783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13139613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.535510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52522.549204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21115844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4561544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.0712052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2261.072051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0371.5982558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3531.4322273
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A77170.1
12B77170.1
21A76340.1
22C76340.1
31A75400.11
32D75400.11
41B76920.1
42C76920.1
51B76190.1
52D76190.1
61C76980.1
62D76980.1
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 57 -
Rwork0.29 1243 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7686-0.2626-0.1943.39880.1723.9498-0.0061-0.12770.0310.0730.007-0.1004-0.0041-0.014-0.00090.21260.0089-0.0120.0064-0.00080.0202-1.041-11.7129.376
22.67680.27060.013.54770.0074.3534-0.06350.2683-0.06420.00860.0107-0.0040.0144-0.17220.05270.2581-0.03450.06450.0457-0.03620.0666-12.09-9.86440.146
32.67260.5343-0.04495.80940.03553.66710.03120.25510.0122-0.38280.00090.11470.1249-0.1702-0.0320.3493-0.00670.02270.04920.02970.198420.9253.71740.189
43.4001-0.5354-1.10185.1725-0.10564.1986-0.0088-0.2468-0.11370.3863-0.01910.05850.0709-0.00380.02790.25130.00060.00110.02170.01940.147530.574-26.4669.178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A51 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3C51 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4D50 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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