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- PDB-4cis: Structure of MutM in complex with carbocyclic 8-oxo-G containing DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cis
タイトルStructure of MutM in complex with carbocyclic 8-oxo-G containing DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • FORMAMIDOPYRIMIDIN DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE / BASE EXCISION REPAIR / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Schneider, S. / Sadeghian, K. / Flaig, D. / Blank, I.D. / Strasser, R. / Stathis, D. / Winnacker, M. / Carell, T. / Ochsenfeld, C.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2014
タイトル: Ribose-protonated DNA base excision repair: a combined theoretical and experimental study.
著者: Sadeghian, K. / Flaig, D. / Blank, I.D. / Schneider, S. / Strasser, R. / Stathis, D. / Winnacker, M. / Carell, T. / Ochsenfeld, C.
履歴
登録2013年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Database references
改定 2.02018年3月7日Group: Atomic model / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORMAMIDOPYRIMIDIN DNA GLYCOSYLASE
B: FORMAMIDOPYRIMIDIN DNA GLYCOSYLASE
C: DNA
D: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9187
ポリマ－73,6974
非ポリマー2213
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-27.1 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.063, 112.692, 132.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9764, 0.00588, 0.2157), (0.0478, -0.9807, -0.1897), (0.2104, 0.1955, -0.9579)
ベクター: 11.61, -31.6, 76.34)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FORMAMIDOPYRIMIDIN DNA GLYCOSYLASE / FAPY-DNA GLYCOSYLASE / DNA-(APURINIC OR APYRIMIDINIC SITE) LYASE MUTM / FORMAMIDOPYRIMIDIN DNA GLYCOSYLASE


分子量: 32561.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
プラスミド: PPSG-IBA3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q031W6, DNA-formamidopyrimidine glycosylase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA


分子量: 4355.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 4217.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細CARBOCYCLIC 8-OXO-2'-DEOXY-GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE (68Z): CARBOCYCLIC RIBOSE
配列の詳細C-TERMINAL STREP-TAG CONTAINS CARBOCYCLIC 8-OXO GUANINE BASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM TRIS PH 7.5, 2 MM SPERMIDINE, 1 MM TCEP, 0.01MM ZNCL2 , 90 MM LISO4, 18% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0763
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40.93 Å / Num. obs: 41439 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.73
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XC8

1xc8


解像度: 2.05→40.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.912 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23885 2103 5.1 %RANDOM
Rwork0.21378 ---
obs0.21507 39352 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4289 569 8 135 5001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0185012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.8816841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.288310938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7785526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24323.886193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25715882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5981531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8241.3332116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8231.3332115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1761.9952638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.231.4782896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 137 -
Rwork0.351 2793 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82162.91474.219210.96694.853310.3714-0.03640.07310.030.3053-0.03040.1945-0.19420.23670.06680.0333-0.00880.00580.02540.03160.06590.4798-15.831159.458
22.36020.5322-0.99162.4361-0.82739.02030.0348-0.1866-0.02330.3366-0.0652-0.11240.05750.43180.03040.1449-0.0205-0.01760.0750.00390.08733.06960.952959.455
313.86944.07930.92315.52361.04850.1042-0.1130.75340.1935-0.74510.0908-0.0935-0.05410.04510.02230.1301-0.0222-0.03710.08550.04760.0407-1.27330.714943.5359
41.23851.85890.81618.66841.51432.1520.00140.00760.38290.303-0.02140.479-0.3264-0.17730.020.08860.03670.04450.04780.02170.1538-5.4796-1.141856.148
53.58752.94512.72355.69561.99443.1011-0.13530.12720.19340.32050.1019-0.1482-0.0590.11470.03330.09010.0195-0.03120.02720.02980.08542.8964-3.108954.5563
62.97840.50731.58928.3635.13527.4922-0.07620.1980.02190.26110.0797-0.33-0.00780.2859-0.00350.0458-0.0203-0.00920.06590.04760.07098.4843-2.246451.3889
70.34010.2581-0.50456.2309-0.72680.82660.01880.16290.1763-0.08850.22080.98490.0003-0.3012-0.23970.0430.0106-0.01150.13350.04310.2649-12.2366-9.218351.0907
83.39921.04670.56583.54751.692610.89610.03990.09170.02480.0157-0.18620.93560.1032-0.89950.14620.0668-0.0113-0.00650.0826-0.03660.2761-14.6248-30.437351.2686
92.65750.62631.02094.08571.10381.80760.08950.0949-0.16880.0671-0.06470.06190.2349-0.1037-0.02470.0481-0.00560.00850.0255-0.00240.0207-5.2603-31.835553.773
105.53980.40362.418512.85876.42856.1710.17030.02070.0332-0.5376-0.0105-0.771-0.44050.518-0.15980.1288-0.0206-0.0280.15090.02780.09919.4934-26.405358.26
116.3116-1.3761.57556.8558-3.22858.3511-0.04620.1427-0.08860.0819-0.0786-0.41770.05940.13310.12480.07610.02050.00310.039-0.03210.07436.1731-38.625248.0183
123.1922-1.3552-3.59039.06410.32534.2112-0.0192-0.1327-0.002-0.2208-0.0418-0.07270.0810.17560.06110.10270.0032-0.0360.05380.04070.1087-13.6166-18.788310.5911
131.8241-0.69330.74843.9833-0.67858.61570.12040.16510.0868-0.0611-0.2193-0.2111-0.3140.42030.09890.07890.0067-0.01150.0795-0.01960.1232-10.9791-35.466310.0364
141.296-1.2558-1.28873.70460.85851.3919-0.04610.0871-0.1883-0.2457-0.08110.29640.1666-0.10090.12720.1665-0.0019-0.04710.05910.01450.1029-17.5266-32.942512.57
151.4415-1.5281-0.84126.36952.77529.0152-0.1126-0.1651-0.0910.04850.2478-0.54180.21760.3675-0.13520.1420.03260.00420.04160.0020.1668-2.9203-36.556617.0709
161.0028-1.114-0.27982.74840.12051.1267-0.02940.0517-0.225-0.1006-0.02550.34070.0591-0.21880.05490.1247-0.0195-0.02510.06280.0120.0825-20.1779-28.515315.366
176.0336-2.25510.30933.4635-1.154111.9849-0.06470.03250.1137-0.22220.00820.6769-0.129-1.31890.05650.07460.0324-0.03950.1602-0.00610.2742-30.9417-5.919618.248
182.65650.46450.55483.9817-0.15871.8663-0.0259-0.07090.2029-0.03290.03680.2063-0.1857-0.1594-0.01090.07450.01450.00680.04870.02410.052-22.8389-3.167820.3064
1919.0345-5.9062-6.75462.96373.65265.28120.02870.13850.5292-0.1802-0.0467-0.2674-0.18980.00120.0180.197-0.02650.00190.02250.04330.1927-14.1864-8.58399.3224
200.16141.5912-0.301816.2923-2.99390.5674-0.0517-0.030.01630.25950.1296-0.01460.05310.0298-0.07790.77110.2544-0.14780.7491-0.07940.6796-2.9839-17.698614.598
211.4603-0.10860.75834.52980.81932.16430.00520.01170.05790.13090.0536-0.4694-0.26070.2566-0.05880.09-0.0219-0.01880.06790.02480.1058-9.1733-1.857924.2817
2212.6789-10.2174-2.10488.3788-0.08525.2125-0.5319-0.42140.64250.53180.3826-0.4726-0.3682-0.88710.14930.3956-0.07180.08810.1287-0.16180.3496-17.8937.11727.2252
230.8313-0.4369-1.42715.7483-11.075211.471-0.1541-0.32360.14050.69890.55350.0569-0.2820.3031-0.39950.35910.10520.05410.6034-0.12110.3689-29.7705-11.894535.8602
2421.0474-2.8793-3.52121.1008-2.237411.2533-1.006-1.3276-0.04050.23950.5537-0.0890.0957-1.06580.45230.51790.19190.04960.29380.03690.2351-15.748-24.237535.0671
258.24340.92921.279813.67938.80075.74450.36160.76780.1523-1.64020.0572-0.8066-0.99730.122-0.41890.2954-0.00910.11630.23660.1330.2870.1809-17.574433.019
261.6521-0.0853.88090.0751-0.7713.80120.0738-0.1143-0.1695-0.0204-0.0242-0.03590.21920.0281-0.04960.0972-0.0198-0.0010.06060.02470.0968-4.9553-16.845339.3405
275.69955.81250.80386.3676-1.46912.0995-0.22130.0335-0.2712-0.22680.1577-0.2890.0807-0.59830.06360.12690.06270.03720.07330.02210.148-17.5372-19.575625.3952
281.353-2.9783-6.08716.566813.394227.3906-0.36140.0618-0.07320.92890.01050.15851.8393-0.33340.3510.40410.13010.250.92420.02910.5922-28.9344-21.625238.4681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3A30 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4A38 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5A63 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6A89 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7A112 - 135
8X-RAY DIFFRACTION8A136 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9A160 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10A216 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11A240 - 271
12X-RAY DIFFRACTION12B1 - 11
13X-RAY DIFFRACTION13B12 - 31
14X-RAY DIFFRACTION14B32 - 83
15X-RAY DIFFRACTION15B84 - 97
16X-RAY DIFFRACTION16B98 - 136
17X-RAY DIFFRACTION17B137 - 159
18X-RAY DIFFRACTION18B160 - 203
19X-RAY DIFFRACTION19B204 - 217
20X-RAY DIFFRACTION20B218 - 229
21X-RAY DIFFRACTION21B230 - 266
22X-RAY DIFFRACTION22B267 - 271
23X-RAY DIFFRACTION23C1 - 4
24X-RAY DIFFRACTION24C5 - 10
25X-RAY DIFFRACTION25C11 - 14
26X-RAY DIFFRACTION26D1 - 6
27X-RAY DIFFRACTION27D7 - 10
28X-RAY DIFFRACTION28D11 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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