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- PDB-4ci5: Structural basis for GL479 a dual Peroxisome Proliferator-Activat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ci5
タイトルStructural basis for GL479 a dual Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma agonist
要素PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
キーワードNUCLEAR PROTEIN / DUAL AGONIST / NUCLEAR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cell maturation / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / placenta development / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y1N / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Santos, J.C. / Bernardes, A. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2015
タイトル: Different binding and recognition modes of GL479, a dual agonist of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor alpha / gamma.
著者: dos Santos, J.C. / Bernardes, A. / Giampietro, L. / Ammazzalorso, A. / De Filippis, B. / Amoroso, R. / Polikarpov, I.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9974
ポリマ－62,1882
非ポリマー8092
水8,881493
1
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4992
ポリマ－31,0941
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4992
ポリマ－31,0941
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.488, 64.247, 118.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 207:239)
211CHAIN B AND (RESSEQ 207:239)
311CHAIN B AND (RESSEQ 245:262)
411CHAIN B AND (RESSEQ 276:282)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0776, 0.9874, 0.138), (0.9833, -0.0987, 0.153), (0.1647, 0.1238, -0.9786)
ベクター: 31.5011, -36.4358, 48.4776)

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR GAMMA / PPAR-GAMMA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 3


分子量: 31094.135 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 206-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-Y1N / 2-methyl-2-[4-[2-[4-[(E)-phenyldiazenyl]phenoxy]ethyl]phenoxy]propanoic acid


分子量: 404.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.8 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE, 0.1 M HEPES PH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→37.85 Å / Num. obs: 62608 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SZ1

3sz1


解像度: 1.77→32.535 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2125 3174 5.1 %
Rwork0.1754 --
obs0.1773 62598 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→32.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4090 0 60 493 4643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0885785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9051603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005734
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプ
11AX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.79640.31091190.24922522X-RAY DIFFRACTION98
1.7964-1.82450.27821310.24142597X-RAY DIFFRACTION98
1.8245-1.85440.2441400.23132488X-RAY DIFFRACTION98
1.8544-1.88640.27571280.22952606X-RAY DIFFRACTION98
1.8864-1.92070.23991400.21592510X-RAY DIFFRACTION98
1.9207-1.95760.28341240.21492619X-RAY DIFFRACTION98
1.9576-1.99760.23321430.19982531X-RAY DIFFRACTION98
1.9976-2.0410.26081380.18842552X-RAY DIFFRACTION98
2.041-2.08850.21471280.18482597X-RAY DIFFRACTION99
2.0885-2.14070.22281470.17862583X-RAY DIFFRACTION99
2.1407-2.19860.231310.16832580X-RAY DIFFRACTION99
2.1986-2.26320.20931350.1792595X-RAY DIFFRACTION99
2.2632-2.33630.2271300.17362594X-RAY DIFFRACTION99
2.3363-2.41970.22661340.17112567X-RAY DIFFRACTION99
2.4197-2.51660.22431380.16962624X-RAY DIFFRACTION99
2.5166-2.63110.18891460.17722586X-RAY DIFFRACTION99
2.6311-2.76970.22691430.17652611X-RAY DIFFRACTION99
2.7697-2.94310.2071540.17752575X-RAY DIFFRACTION99
2.9431-3.17020.22411490.17962592X-RAY DIFFRACTION99
3.1702-3.48890.21571460.16952594X-RAY DIFFRACTION99
3.4889-3.9930.17641610.15132605X-RAY DIFFRACTION99
3.993-5.02780.18481460.14862639X-RAY DIFFRACTION99
5.0278-32.54050.20211230.18052657X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65420.06740.15176.2382-1.43122.34330.1089-0.1349-0.20390.0158-0.04670.35560.1376-0.2618-0.06610.1863-0.0189-0.02830.2476-0.00060.243-3.6954-11.163720.0357
21.7860.8275-0.7371.1896-1.13321.0763-0.09290.4921-0.0055-0.2260.21240.0294-0.0337-0.2293-0.10540.24760.001-0.00670.2948-0.01290.23028.48730.26860.9331
31.6117-0.2771-0.71023.55911.33252.5706-0.0860.34110.76660.22580.0467-0.0767-0.905-0.16250.06850.6386-0.06760.06530.40140.10810.562719.542915.5264-0.7818
45.89023.2435-3.15582.9933-1.89572.4094-0.02350.29230.6305-0.20870.21110.1917-0.2998-0.0057-0.13990.3441-0.0462-0.03240.27660.02380.29312.32768.824917.0766
51.1792-0.4414-0.75160.44410.18882.07840.031-0.21770.1390.08960.0399-0.0661-0.19190.2005-0.05430.2296-0.0139-0.02520.2216-0.00320.20979.2264-1.265827.4661
61.46340.4492-0.12561.6983-0.5562.4708-0.0407-0.035-0.01060.041-0.0404-0.2917-0.14610.36850.08760.2555-0.0124-0.00560.275-0.0140.250721.47911.06127.5781
71.18790.10890.39350.92280.14563.34040.0294-0.0487-0.13780.07370.0521-0.08020.11340.16230.01430.22930.0021-0.01750.23320.01040.23499.2244-8.679223.8194
82.2750.30240.71172.7750.46132.66410.0937-0.0163-0.50870.03950.1603-0.20670.39940.0038-0.12780.2169-0.0076-0.00970.20530.02430.31025.0536-17.406323.8039
93.12754.50550.52927.30820.84020.10490.1024-0.1196-0.48690.1775-0.0569-0.91750.05560.2306-0.03980.26240.0065-0.03730.33050.04770.345422.3382-4.371221.5857
104.19062.0576-1.06743.04410.33940.64250.1675-0.17160.25160.56870.1063-0.0103-0.06430.3343-0.19190.335-0.0567-0.01970.297-0.03940.321820.098812.618825.5763
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121.78080.98591.05712.6372-0.49695.77680.1319-0.82820.01380.4778-0.1426-0.08150.46750.1289-0.10560.39850.011-0.00920.37150.08170.291624.3719-33.252343.5563
132.5456-0.5822-1.00261.47340.69553.6801-0.06-0.9205-0.17270.31690.06910.04950.13720.4731-0.0690.44660.02010.02560.62140.03360.286340.4584-25.576951.8283
141.410.01740.14220.51970.06721.5926-0.017-0.25020.05310.1320.02940.0343-0.19050.05640.00250.26870.00910.00860.23220.01780.232729.5908-24.782934.9923
152.30990.3002-0.73841.1541-0.51252.34550.03410.1438-0.0086-0.06680.06640.28480.0111-0.2507-0.05690.22220.0141-0.02230.21090.00330.266116.2798-28.97420.9473
163.8039-0.05210.54420.19150.15860.09-0.06860.15890.7592-0.06030.0551-0.0083-0.17960.09020.04640.39230.00050.01240.3280.01740.384134.3219-16.799830.538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 206 THROUGH 225 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 226 THROUGH 251 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 252 THROUGH 276 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 277 THROUGH 302 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 303 THROUGH 333 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 334 THROUGH 377 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 378 THROUGH 402 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 403 THROUGH 430 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 431 THROUGH 459 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 460 THROUGH 477 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 207 THROUGH 225 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 226 THROUGH 238 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 239 THROUGH 276 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 277 THROUGH 392 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 393 THROUGH 430 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 431 THROUGH 477 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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