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- PDB-4chl: Human Ethylmalonic Encephalopathy Protein 1 (hETHE1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4chl
タイトルHuman Ethylmalonic Encephalopathy Protein 1 (hETHE1)
要素PERSULFIDE DIOXYGENASE ETHE1, MITOCHONDRIAL
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SULFIDE DETOXIFICATION / GLYOXALASE II FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


persulfide dioxygenase / hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / Sulfide oxidation to sulfate / glutathione metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / iron ion binding / ミトコンドリア / 核質 / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Persulfide dioxygenase ETHE1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Pettinati, I. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Hum. Mol. Genet. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human persulfide dioxygenase: structural basis of ethylmalonic encephalopathy.
著者: Pettinati, I. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERSULFIDE DIOXYGENASE ETHE1, MITOCHONDRIAL
B: PERSULFIDE DIOXYGENASE ETHE1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4694
ポリマ－52,3582
非ポリマー1122
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-37.5 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.940, 124.930, 63.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PERSULFIDE DIOXYGENASE ETHE1, MITOCHONDRIAL / ETHYLMALONIC ENCEPHALOPATHY PROTEIN 1 / SULFUR DIOXYGENASE ETHE1 / PERSULFIDE DIOXYGENASE


分子量: 26178.863 Da / 分子数: 2 / 断片: METALLO BETA-LACTAMASE, RESIDUES 21-254 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUE CYS247 MODELLED AS SULFINIC ACID / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCOLD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95571, persulfide dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 10 MG/ML PROTEIN IN 50MM HEPES PH7.5, 100 MM NACL ADDED TO 0.1M TRIS-HCL PH8.5, 0.5M POTASSIUM THIOCYANATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.07188
検出器タイプ: DECTRIS HYBRID / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→73.94 Å / Num. obs: 18351 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 41.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GCU

2gcu


解像度: 2.61→63.631 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 936 5.1 %
Rwork0.1785 --
obs0.1808 18307 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→63.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 2 132 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7425027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9661342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.74760.32341390.24982415X-RAY DIFFRACTION99
2.7476-2.91980.29751260.2362437X-RAY DIFFRACTION100
2.9198-3.14520.26041350.20792450X-RAY DIFFRACTION100
3.1452-3.46170.23211350.19562454X-RAY DIFFRACTION100
3.4617-3.96250.20521310.16722478X-RAY DIFFRACTION100
3.9625-4.99210.21420.1382505X-RAY DIFFRACTION100
4.9921-63.64950.18951280.16872632X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02170.1237-0.0370.2875-0.22240.0930.32810.05840.1092-0.3712-0.1151-0.15510.36830.40870.00610.3511-0.002-0.02730.477-0.01920.484414.4397-47.7197-10.236
20.0843-0.11350.13720.2605-0.0395-0.01490.2667-0.31670.1607-0.0141-0.179-0.04710.0082-0.1192-0.00010.39710.02460.00290.369-0.03380.345413.3208-52.537-15.8852
30.0733-0.04410.00530.05850.02990.0143-0.26750.2851-0.1004-0.54750.4516-0.3160.12960.0194-0.00020.60510.0079-0.00050.4276-0.04010.321314.1637-47.7607-24.744
4-0.0033-0.06230.00690.1889-0.24470.2669-0.09920.2676-0.0528-0.45930.1131-0.09070.27130.1428-00.4292-0.0201-0.00320.4-0.04530.36312.697-58.4877-20.3948
50.40610.0652-0.11160.2910.10930.0897-0.06180.0779-0.27090.01710.0308-0.50670.22150.15620.00010.43050.0220.06760.3875-0.01540.45617.7236-63.9839-17.1041
60.372-0.1327-0.36090.2606-0.17420.6175-0.06680.29120.0940.0917-0.01670.29450.15480.05590.00010.3914-0.02140.00320.3782-0.0090.37363.8412-64.0775-9.9674
70.4315-0.1425-0.11670.34720.48450.4050.0039-0.0010.20310.3144-0.10570.23140.0773-0.1472-00.475-0.01210.0410.386-0.01520.35280.356-60.8145-2.754
80.3291-0.1017-0.49680.33150.00260.47850.16010.27190.0940.053-0.00470.2195-0.1054-0.2360.02790.4693-0.0570.01930.5254-0.02630.435-3.6568-67.2411-20.2102
9-0.00150.1830.11350.3135-0.08560.0515-0.2134-0.1274-0.53390.12410.0518-0.17750.3105-0.2434-0.01260.40380.03260.02580.3343-0.02590.52326.0142-44.4444-1.1042
100.46480.2338-0.26460.2021-0.06690.1529-0.1724-0.1364-0.0697-0.0639-0.1579-0.07430.3203-0.04630.00010.35180.0226-0.01520.33310.01240.338-0.5411-39.3918-2.8728
110.7168-0.1786-0.20670.37640.05840.28080.059-0.06090.08450.31770.1820.5697-0.1042-0.23400.35630.00820.01220.44350.00250.4607-7.6944-35.0259-2.1316
120.94390.1962-0.58532.1576-0.51411.43160.05420.00510.0742-0.0613-0.0308-0.1317-0.030.100100.2447-0.0037-0.0010.29380.0070.34137.8307-28.9764-10.9359
130.8441-0.2570.31210.55880.07660.12480.14080.32280.2093-0.09490.00510.2658-0.1273-0.337500.39720.02580.00930.53790.0550.4883-5.8967-26.0412-20.0904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 18 THROUGH 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 31 THROUGH 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 55 THROUGH 67 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 68 THROUGH 87 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 88 THROUGH 131 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 132 THROUGH 170 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 171 THROUGH 218 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 219 THROUGH 252 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 17 THROUGH 30 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 31 THROUGH 54 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 55 THROUGH 106 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 107 THROUGH 218 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 219 THROUGH 254 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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