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- PDB-4cfp: Crystal structure of MltC in complex with tetrasaccharide at 2.15... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cfp
タイトルCrystal structure of MltC in complex with tetrasaccharide at 2.15 A resolution
要素MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE C
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic endotransglycosylase activity / : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellular response to antibiotic / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process ...lytic endotransglycosylase activity / : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellular response to antibiotic / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to oxidative stress / cell division
類似検索 - 分子機能
Murein transglycosylase-C / Murein transglycosylase-C, N-terminal / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C, N-terminal domain / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Murein transglycosylase-C / Murein transglycosylase-C, N-terminal / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C, N-terminal domain / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bernardo-Garcia, N. / Artola-Recolons, C. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and Cell Wall Cleavage by Modular Lytic Transglycosylase Mltc of Escherichia Coli.
著者: Artola-Recolons, C. / Lee, M. / Bernardo-Garcia, N. / Blazquez, B. / Hesek, D. / Bartual, S.G. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Pi, H. / Boggess, B. / Meindl, K. / Uson, I. / Fisher, J.F. ...著者: Artola-Recolons, C. / Lee, M. / Bernardo-Garcia, N. / Blazquez, B. / Hesek, D. / Bartual, S.G. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Pi, H. / Boggess, B. / Meindl, K. / Uson, I. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE C
B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9706
ポリマ－76,5182
非ポリマー2,4524
水3,657203
1
A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5303
ポリマ－38,2591
非ポリマー1,2712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4403
ポリマ－38,2591
非ポリマー1,1812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.510, 114.330, 61.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE C / MLTC / MUREIN LYASE C


分子量: 38259.070 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: C5A0N2, UniProt: P0C066*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 988.937 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C]/1-2-3-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O2>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9794
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.43 Å / Num. obs: 37159 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 28.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.33 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→49.429 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: POOR ELECTRON DENSITY IN CHAIN A RESIDUES 310-326, PRESENTING HIGH B-FACTORS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 1856 5 %
Rwork0.1912 --
obs0.1951 37109 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5154 0 168 203 5525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1747360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3181967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20820.32311540.26832683X-RAY DIFFRACTION100
2.2082-2.27310.34511380.27512701X-RAY DIFFRACTION100
2.2731-2.34650.33851450.25632702X-RAY DIFFRACTION100
2.3465-2.43040.32521380.24422695X-RAY DIFFRACTION100
2.4304-2.52770.35621180.23192722X-RAY DIFFRACTION100
2.5277-2.64270.2981270.22262735X-RAY DIFFRACTION99
2.6427-2.7820.29361430.22372696X-RAY DIFFRACTION99
2.782-2.95630.36211320.21972740X-RAY DIFFRACTION100
2.9563-3.18450.32721590.21582678X-RAY DIFFRACTION100
3.1845-3.50490.29681360.19292732X-RAY DIFFRACTION100
3.5049-4.01190.24341490.15382706X-RAY DIFFRACTION100
4.0119-5.05380.18321530.13532729X-RAY DIFFRACTION100
5.0538-49.44190.20671640.15052734X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0063-0.00880.01230.0798-0.05910.0353-0.1575-0.00240.2214-0.0974-0.0925-0.0915-0.0388-0.1721-0.18880.50260.1538-0.29480.1989-0.03920.2895-29.154431.15791.6986
20.23380.0161-0.02010.154-0.03630.6285-0.4769-0.08540.32160.0356-0.16090.0698-0.4906-0.2441-0.41640.33650.1151-0.19840.2898-0.18680.3073-22.175530.641717.1768
30.5404-0.00680.11870.2331-0.19180.23650.0779-0.03880.3457-0.3697-0.11420.10530.6287-0.1024-0.00460.3861-0.0244-0.03610.16490.0873-0.0222-17.41595.983-3.4693
40.15980.0535-0.01150.2696-0.04230.1053-0.0269-0.0261-0.0684-0.03140.03690.0533-0.0154-0.011600.1334-0.0079-0.00740.1260.0420.1776-12.7436-31.837826.9558
50.20570.049-0.04990.2463-0.17620.1286-0.02740.03160.00310.0129-0.02810.0628-0.03390.0478-0.00170.131-0.01320.03110.15120.04540.17164.3794-6.858723.4283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 33 THROUGH 79 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 80 THROUGH 183 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 184 THROUGH 359 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 33 THROUGH 183 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 184 THROUGH 359 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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