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- PDB-4ce7: Crystal structure of a novel unsaturated beta-glucuronyl hydrolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ce7
タイトルCrystal structure of a novel unsaturated beta-glucuronyl hydrolase enzyme, belonging to family GH105, involved in ulvan degradation
要素UNSATURATED 3S-RHAMNOGLYCURONYL HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / EXO-ENZYME / ULVAN DEGRADATION / FAMILY GH105 / MARINE POLYSACCHARIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase, family 88 / Glycosyl Hydrolase Family 88 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Unsaturated 3S-rhamnoglycuronyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種NONLABENS ULVANIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nyvall Collen, P. / Jeudy, A. / Groisillier, A. / Coutinho, P.M. / Helbert, W. / Czjzek, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: A Novel Unsaturated Beta-Glucuronyl Hydrolase Involved in Ulvan Degradation Unveils the Versatility of Stereochemistry Requirements in Family Gh105.
著者: Nyvall-Collen, P. / Jeudy, A. / Sassi, J. / Groisillier, A. / Czjzek, M. / Coutinho, P.M. / Helbert, W.
履歴
登録2013年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNSATURATED 3S-RHAMNOGLYCURONYL HYDROLASE
B: UNSATURATED 3S-RHAMNOGLYCURONYL HYDROLASE
C: UNSATURATED 3S-RHAMNOGLYCURONYL HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6727
ポリマ－129,4243
非ポリマー2484
水13,367742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-13.4 kcal/mol
Surface area47740 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.978, 93.331, 156.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPPROPROAA14 - 21022 - 218
21ASPASPPROPROBB14 - 21022 - 218
31ASPASPPROPROCC14 - 21022 - 218
12ARGARGVALVALAA219 - 325227 - 333
22ARGARGVALVALBB219 - 325227 - 333
32ARGARGVALVALCC219 - 325227 - 333
13VALVALMETMETAA325 - 361333 - 369
23VALVALMETMETBB325 - 361333 - 369
33VALVALMETMETCC325 - 361333 - 369

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.17892, 0.98254, -0.05106), (0.18243, 0.01787, 0.98306), (0.9668, -0.1852, -0.17605)-15.42627, 8.70605, 11.33162
2given(0.1892, 0.22046, 0.95687), (0.98087, 0.003, -0.19464), (-0.04578, 0.97539, -0.21567)-11.48146, 18.17165, -6.17053
3given(0.188767, 0.980944, -0.045991), (0.221133, 0.00317, 0.975239), (0.9568, -0.194263, -0.216321)-15.90984, 8.47821, 13.22033

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要素

#1: タンパク質 UNSATURATED 3S-RHAMNOGLYCURONYL HYDROLASE / UNSATURATED BETA-GLUCURONYL HYDROLASE


分子量: 43141.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NONLABENS ULVANIVORANS (バクテリア)
解説: ISOLATED AND AVALIABLE AT STATION BIOLOGIQUE DE ROSCOFF AND DEPOSITED AT GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: L7P9J4, unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS BUFFER AT PH 8.5, 24 % (W/V) PEG MME 2000, 0.2 M POTASSIUM NITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→80.2 Å / Num. obs: 107955 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0.1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→45.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.503 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20685 5312 5 %RANDOM
Rwork0.16239 ---
obs0.16459 101396 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8526 0 16 742 9284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.028880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8941.92312056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03151050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94924.435469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.684151469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1311539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1870.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 344 -
Rwork0.293 7089 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45740.00220.33220.7870.0620.61660.00990.00960.0027-0.0445-0.01410.0781-0.0547-0.04670.00430.01690.0214-0.01440.0516-0.01590.038419.64265.02221.053
20.4167-0.18790.01260.53880.00110.00630.05350.04660.0299-0.1085-0.0627-0.03230.0073-0.00280.00920.05820.02460.01260.03620.00630.02150.8633.84814.794
30.1204-0.1027-0.00260.2279-0.22180.61450.0008-0.003-0.0126-0.01530.0460.06060.0878-0.0455-0.04680.0385-0.02270.00680.04310.01130.050526.70933.53151.817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 330
2X-RAY DIFFRACTION1A340 - 361
3X-RAY DIFFRACTION2B16 - 361
4X-RAY DIFFRACTION3C16 - 330
5X-RAY DIFFRACTION3C340 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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