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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cdu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Enterovirus 71 in complex with the uncoating inhibitor GPP3 | ||||||
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![]() | VIRUS / HAND-FOOT-AND-MOUTH DISEASE / ENTEROVIRUS UNCOATING / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. ...De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. / Wang, J. / Li, X. / Peng, W. / Rowlands, D. / Fry, E.E. / Rao, Z. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: More-Powerful Virus Inhibitors from Structure-Based Analysis of Hev71 Capsid-Binding Molecules 著者: De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. / Wang, J. / Li, X. / Peng, W. / Rowlands, D.J. / Fry, ...著者: De Colibus, L. / Wang, X. / Spyrou, J.A.B. / Kelly, J. / Ren, J. / Grimes, J. / Puerstinger, G. / Stonehouse, N. / Walter, T.S. / Hu, Z. / Wang, J. / Li, X. / Peng, W. / Rowlands, D.J. / Fry, E.E. / Rao, Z. / Stuart, D.I. #1: ![]() タイトル: A Sensor-Adaptor Mechanism for Enterovirus Uncoating from Structures of Ev71. 著者: Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D. ...著者: Wang, X. / Peng, W. / Ren, J. / Hu, Z. / Xu, J. / Lou, Z. / Li, X. / Yin, W. / Shen, X. / Porta, C. / Walter, T.S. / Evans, G. / Axford, D. / Owen, R. / Rowlands, D.J. / Wang, J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 617.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 627 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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3 | ![]()
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ![]()
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 32699.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27740.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26468.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7501.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株 (発現宿主): VERO CELLS / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 4種, 67分子 ![](data/chem/img/YM2.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-YM2 / | ||
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#6: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG400, 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5, MIXED WITH VIRUS AND EQUILIBRATED AGAINST SALT RESERVOIR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0162 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 599486 / % possible obs: 69.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.54 / Net I/σ(I): 1.46 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / % possible all: 30 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.8→49.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 61700629.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 0.879592 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.97 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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