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- PDB-4cdm: Crystal structure of M. mazei photolyase soaked with synthetic 8-HDF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cdm
タイトルCrystal structure of M. mazei photolyase soaked with synthetic 8-HDF
要素DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
キーワードLYASE / DNA REPAIR / ANTENNA CHROMOPHORE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyase class 2 / : / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily ...DNA photolyase class 2 / : / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-FO1 / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kiontke, S. / Batschauer, A. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Evolutionary Aspects of Antenna Chromophore Usage by Class II Photolyases.
著者: Kiontke, S. / Gnau, P. / Haselsberger, R. / Batschauer, A. / Essen, L.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8419
ポリマ－55,1231
非ポリマー1,7178
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.890, 69.890, 245.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE / CLASS II CPD PHOTOLYASE


分子量: 55123.480 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 株: GO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q8PYK9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase

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非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FO1 / 1-deoxy-1-(8-hydroxy-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimido[4,5-b]quinolin-10(2H)-yl)-D-ribitol / 7,8-didemethyl-8-hydroxy-5-deazariboflavin / 7,8-ジデメチル-8-ヒドロキシ-5-デアザリボフラビン


分子量: 363.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O7
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD): NON-COVALENTLY BOUND. 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4, 5- ...FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE (FAD): NON-COVALENTLY BOUND. 8-HYDROXY-10-(D-RIBO-2,3,4, 5-TETRAHYDROXYPENTYL) -5-DEAZAISOALLOXAZINE (FO1): NON-COVALENTLY BOUND
配列の詳細SEQUENCE CLONFLICT AT POSITION 377 (SEE BELOW)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.5 M LITHIUM SULFATE, 7.5% (W/V) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 15494 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 12.291 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. RESIDUES 60 TO 64 HAVE ALTERNATIVE CONFORMATIONS, RESIDUES 190 TO 197 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26997 216 1.4 %RANDOM
Rwork0.20596 ---
obs0.20686 15081 88.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 111 33 3783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9865294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35623.743179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59115636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5311523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5141.52295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00423684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29231602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2544.51609
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 11 -
Rwork0.236 838 -
obs--82.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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