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- PDB-4cdg: Crystal structure of the Bloom's syndrome helicase BLM in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cdg
タイトルCrystal structure of the Bloom's syndrome helicase BLM in complex with Nanobody
要素
  • BLOOM SYNDROME PROTEIN
  • NANOBODY
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RecQ family helicase-topoisomerase III complex / telomeric G-quadruplex DNA binding / resolution of DNA recombination intermediates / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / cellular response to camptothecin ...RecQ family helicase-topoisomerase III complex / telomeric G-quadruplex DNA binding / resolution of DNA recombination intermediates / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / DNA/DNA annealing activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / t-circle formation / telomeric D-loop disassembly / cellular response to camptothecin / DNA geometric change / Y-form DNA binding / negative regulation of cell division / cellular response to hydroxyurea / G-quadruplex DNA binding / lateral element / negative regulation of DNA recombination / DNA double-strand break processing / bubble DNA binding / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / 3'-5' DNA helicase activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / DNA 3'-5' helicase / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / nuclear chromosome / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / protein complex oligomerization / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / DNA helicase activity / four-way junction DNA binding / telomere maintenance / replication fork / isomerase activity / cellular response to ionizing radiation / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / protein homooligomerization / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / nuclear matrix / p53 binding / single-stranded DNA binding / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain ...RecQ-like DNA helicase BLM, N-terminal domain / RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / N-terminal region of Bloom syndrome protein / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RecQ-like DNA helicase BLM
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å
データ登録者Newman, J.A. / Savitsky, P. / Allerston, C.K. / Pike, A.C.W. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Arrowsmith, C.H. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Bloom'S Syndrome Helicase Indicates a Role for the Hrdc Domain in Conformational Changes.
著者: Newman, J.A. / Savitsky, P. / Allerston, C.K. / Bizard, A.H. / Ozer, O. / Sarlos, K. / Liu, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Hickson, I.D. / Gileadi, O.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Source and taxonomy
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32015年6月10日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLOOM SYNDROME PROTEIN
B: BLOOM SYNDROME PROTEIN
C: NANOBODY
D: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,7368
ポリマ－185,7514
非ポリマー9854
水00
1
A: BLOOM SYNDROME PROTEIN
C: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3684
ポリマ－92,8762
非ポリマー4932
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-6.3 kcal/mol
Surface area42550 Å2
手法PQS
2
B: BLOOM SYNDROME PROTEIN
D: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3684
ポリマ－92,8762
非ポリマー4932
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-6.1 kcal/mol
Surface area41240 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.666, 88.425, 95.120
Angle α, β, γ (deg.)69.39, 89.84, 77.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A )
211(CHAIN B )

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, 0.01281, -0.00243), (-0.01105, -0.7343, 0.6788), (0.006908, 0.6788, 0.7343)
ベクター: 26.8219, 205.117, -97.6843)

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要素

#1: タンパク質 BLOOM SYNDROME PROTEIN / BLOOM SYNDROME HELICASE / DNA HELICASE / RECQ-LIKE TYPE 2 / RECQ2 / RECQ PROTEIN-LIKE 3


分子量: 76705.219 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC CORE, RESIDUES 636-1298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54132, DNA helicase
#2: 抗体 NANOBODY


分子量: 16170.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ)
解説: ISOLATED FROM PHAGE DISPLAY SCREENING OF CDNA OF IMMUNIZED LAMA
Cell: B-LYMPHOCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY
配列の詳細FIRST TWO RESIDUES ARE REMAINING FROM PURIFICATION TAG AFTER CLEAVAGE ISOLATED FROM IMMUNIZED LAMA, ...FIRST TWO RESIDUES ARE REMAINING FROM PURIFICATION TAG AFTER CLEAVAGE ISOLATED FROM IMMUNIZED LAMA, FIRST 23 RESIDUES ARE SIGNAL SEQUENCE WHICH IS CLEAVED OFF DURING EXPRESSION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M MES PH 6.0, 22% PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→88 Å / Num. obs: 43258 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 67.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WWY

2wwy


解像度: 2.794→42.881 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 4345 5 %
Rwork0.2056 --
obs0.2076 43172 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.794→42.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11655 0 56 0 11711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65116162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5714362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032061
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11AX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12BX-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.4
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7936-2.82540.36611400.32342364X-RAY DIFFRACTION85
2.8254-2.85860.36411380.30422751X-RAY DIFFRACTION98
2.8586-2.89350.30131340.28862658X-RAY DIFFRACTION98
2.8935-2.93010.32421440.28662735X-RAY DIFFRACTION98
2.9301-2.96860.36231740.27542772X-RAY DIFFRACTION99
2.9686-3.00930.33781240.28092692X-RAY DIFFRACTION98
3.0093-3.05230.29611520.27952736X-RAY DIFFRACTION99
3.0523-3.09780.37281500.28532736X-RAY DIFFRACTION99
3.0978-3.14620.36651420.28552777X-RAY DIFFRACTION99
3.1462-3.19780.33851140.2782679X-RAY DIFFRACTION98
3.1978-3.25290.34171500.27712790X-RAY DIFFRACTION99
3.2529-3.3120.34081180.26822807X-RAY DIFFRACTION99
3.312-3.37570.29171500.25432722X-RAY DIFFRACTION99
3.3757-3.44460.32871280.24682710X-RAY DIFFRACTION99
3.4446-3.51940.30961620.23542840X-RAY DIFFRACTION99
3.5194-3.60130.26271680.23722626X-RAY DIFFRACTION99
3.6013-3.69130.26591340.232802X-RAY DIFFRACTION99
3.6913-3.7910.33211440.23692718X-RAY DIFFRACTION99
3.791-3.90250.27741220.20462762X-RAY DIFFRACTION99
3.9025-4.02840.22971520.20062752X-RAY DIFFRACTION99
4.0284-4.17220.23831500.18372740X-RAY DIFFRACTION99
4.1722-4.33910.21261420.16522796X-RAY DIFFRACTION99
4.3391-4.53640.18671500.15662728X-RAY DIFFRACTION99
4.5364-4.77530.15671560.15822704X-RAY DIFFRACTION99
4.7753-5.0740.20421510.16822786X-RAY DIFFRACTION99
5.074-5.46510.21461600.18192740X-RAY DIFFRACTION100
5.4651-6.01370.17221480.18922758X-RAY DIFFRACTION100
6.0137-6.88080.2441500.19182762X-RAY DIFFRACTION100
6.8808-8.65740.17821640.17362772X-RAY DIFFRACTION100
8.6574-42.88620.22421340.16682738X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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