PDB-4cd3: RnNTPDase2 X4 variant in complex with PSB-071

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cd3

タイトル

RnNTPDase2 X4 variant in complex with PSB-071

要素

ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2

キーワード

HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / PURINERGIC SIGNALLING / DRUG DESIGN / INHIBITOR / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate catabolic process / cellular response to interferon-alpha / nucleoside diphosphate phosphatase activity / response to auditory stimulus / cell projection membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
著者: Zebisch, M. / Baqi, Y. / Schafer, P. / Muller, C.E. / Strater, N.

履歴

登録	2013年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cd3.cif.gz	186.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cd3.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cd1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pjw-d 5tt6-d 4br0-d 3cj9-d 1zvi-d 5fxy-2 1j4b-d 3cj7-d 5fxy-3 1oa1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2

ヘテロ分子

51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.230, 86.010, 140.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2 / NTPDASE 2 / CD39 ANTIGEN-LIKE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 2 / ECTO-ATPDASE 2 / ECTO-ATPASE 2 / NTPDASE2 分子量: 50584.922 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 28-462 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: O35795, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, apyrase
#2: 化合物	ChemComp-8E9 / 1-AMINO-4-(3-METHYLPHENYL)AMINO-9,10-DIOXO-9,10-DIHYDROANTHRACENE-2-SULFONATE 分子量: 408.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₆N₂O₅S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	1-AMINO-4-(3-METHYLPHENYL)AMINO-9,10-DIOXO-9, 10-DIHYDROANTHRACENE-2-SULFONATE (071): PSB-071

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.89 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43 Å / Num. obs: 26244 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.19→29.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 9.548 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23591	1046	4 %	RANDOM
R_work	0.17984	-	-	-
obs	0.18202	25102	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.374 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→29.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3287	0	64	199	3550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	3511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.022	1.98	4798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.595	5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.3	22.876	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.92	15	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.201	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.194→2.251 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	69	-
R_work	0.209	1665	-
obs	-	-	91.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7252	-0.938	0.4912	3.5726	-0.2158	2.8298	0.0076	0.2129	0.3494	-0.3717	-0.0615	-0.0057	-0.3758	0.0084	0.0539	0.1695	0.0079	0.0026	0.1395	0.0733	0.0676	2.2018	13.8956	-23.7933
2	0.2275	0.2078	0.7982	4.2579	0.2456	4.4299	-0.0609	0.0083	0.0599	0.0022	-0.0387	0.4648	-0.1422	-0.3976	0.0995	0.0881	-0.0235	-0.0079	0.1196	0.0145	0.0599	-2.5582	12.5235	-9.9321
3	4.481	-4.4475	-3.3571	6.0557	6.0122	6.9026	-0.0089	-0.395	0.2776	0.0435	0.4804	-0.4585	0.0675	0.4586	-0.4715	0.1325	-0.0145	0.0394	0.1142	0.003	0.1575	-3.5258	24.8098	6.6115
4	1.7697	0.8211	0.2791	3.8237	0.7652	1.3076	-0.0161	0.0672	-0.0557	0.0366	0.0266	0.1104	0.1124	-0.0886	-0.0105	0.0419	-0.0024	0.0057	0.0618	0.0186	0.0149	-1.7298	-8.214	-7.886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	436 - 461
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	163 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	427 - 435
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	196 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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