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万見
- PDB-4cbm: Pestivirus NS3 helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cbm
タイトルPestivirus NS3 helicase
要素SERINE PROTEASE NS3
キーワードHYDROLASE / SF2 HELICASES / FLAVIVIRIDAE NS3 / SAXS
機能・相同性
機能・相同性情報


pestivirus NS3 polyprotein peptidase / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell surface / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...pestivirus NS3 polyprotein peptidase / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell surface / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / viral protein processing / RNA helicase / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / GTP binding / host cell plasma membrane / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 ...Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain D / Pestivirus NS3 polyprotein peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Peptidase C53, pestivirus Npro, interaction domain / Peptidase C53, pestivirus Npro / Pestivirus Npro endopeptidase C53 / Pestivirus N-terminal protease Npro domain profile. / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: X-Ray Structure of the Pestivirus Ns3 Helicase and its Conformation in Solution.
著者: Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22015年2月18日Group: Database references
改定 1.32015年4月15日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEASE NS3
B: SERINE PROTEASE NS3
C: SERINE PROTEASE NS3
D: SERINE PROTEASE NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,0964
ポリマ－232,0964
非ポリマー00
水181
1
A: SERINE PROTEASE NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0241
ポリマ－58,0241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SERINE PROTEASE NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0241
ポリマ－58,0241
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: SERINE PROTEASE NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0241
ポリマ－58,0241
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: SERINE PROTEASE NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0241
ポリマ－58,0241
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.100, 159.585, 99.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.8308, -0.4508, -0.3264), (-0.4816, 0.2882, 0.8277), (-0.279, 0.8448, -0.4565)-47.53, -121.2, 164.6
3given(0.8126, 0.5429, 0.2122), (0.5469, -0.836, 0.04444), (0.2015, 0.07995, -0.9762)78.68, -284.5, 53.36
4given(-0.9979, -0.02748, 0.05796), (-0.03932, -0.4518, -0.8912), (0.05068, -0.8917, 0.4498)10.23, -202.7, -126.3

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要素

#1: タンパク質
SERINE PROTEASE NS3 / NON-STRUCTURAL PROTEIN 3


分子量: 58024.086 Da / 分子数: 4 / 断片: HELICASE DOMAIN, 1792-2280 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)
株: ALFORT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P19712, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1 M NAAC, 0.025 M CALCIUM ACETATE, 9 % PEG 4000, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→37.98 Å / Num. obs: 31533 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 59.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.27→3.45 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CBG

4cbg


解像度: 3.27→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7419 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6606 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.613
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 1585 5.05 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.2355 31359 94.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.0748 Å20 Å24.4206 Å2
2---56.5045 Å20 Å2
3---35.4297 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.688 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14615 0 0 1 14616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114892HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1520130HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5300SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes387HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2113HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14892HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1942SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17575SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.27→3.38 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3617 148 5.31 %
Rwork0.2842 2637 -
all0.288 2785 -
obs--94.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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