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- PDB-4cay: Crystal structure of a human Anp32e-H2A.Z-H2B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cay
タイトルCrystal structure of a human Anp32e-H2A.Z-H2B complex
要素
  • ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER E
  • HISTONE H2A.Z
  • HISTONE H2B TYPE 1-J
キーワードTRANSCRIPTION / EPIGENETICS / NUCLEOSOME / HISTONE VARIANT / HISTONE CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase inhibitor activity / postsynaptic endosome membrane / histone chaperone activity / Swr1 complex / nucleosomal DNA binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein localization to CENP-A containing chromatin / heterochromatin / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus ...phosphatase inhibitor activity / postsynaptic endosome membrane / histone chaperone activity / Swr1 complex / nucleosomal DNA binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein localization to CENP-A containing chromatin / heterochromatin / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / protein folding chaperone / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / innate immune response in mucosa / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / cellular response to estradiol stimulus / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / postsynaptic density membrane / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / synaptic vesicle membrane / HCMV Early Events / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / structural constituent of chromatin / antibacterial humoral response / nucleosome / heterochromatin formation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cytoplasmic vesicle / defense response to Gram-negative bacterium / Oxidative Stress Induced Senescence / regulation of apoptotic process / killing of cells of another organism / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / defense response to Gram-positive bacterium / Ub-specific processing proteases / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine-rich repeat / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Leucine-rich repeat profile. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Leucine-rich repeat ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine-rich repeat / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Leucine-rich repeat profile. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Leucine-rich repeat / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Leucine-rich repeat domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B type 1-J / Histone H2A.Z / Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Obri, A. / Ouararhni, K. / Papin, C. / Diebold, M.-L. / Padmanabhan, K. / Marek, M. / Stoll, I. / Roy, L. / Reilly, P.T. / Mak, T.W. ...Obri, A. / Ouararhni, K. / Papin, C. / Diebold, M.-L. / Padmanabhan, K. / Marek, M. / Stoll, I. / Roy, L. / Reilly, P.T. / Mak, T.W. / Dimitrov, S. / Romier, C. / Hamiche, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Anp32E is a Histone Chaperone that Removes H2A.Z from Chromatin
著者: Obri, A. / Ouararhni, K. / Papin, C. / Diebold, M.-L. / Padmanabhan, K. / Marek, M. / Stoll, I. / Roy, L. / Reilly, P.T. / Wak, T.W. / Dimitrov, S. / Romier, C. / Hamiche, A.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Structure summary
改定 1.32016年3月9日Group: Structure summary
改定 1.42016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE H2A.Z
B: HISTONE H2B TYPE 1-J
C: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3963
ポリマ－26,3963
非ポリマー00
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-54.1 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.816, 66.076, 45.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HISTONE H2A.Z / H2A/Z


分子量: 12020.978 Da / 分子数: 1 / 断片: GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 19-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNCS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C0S5
#2: タンパク質 HISTONE H2B TYPE 1-J / HISTONE H2B.1 / HISTONE H2B.R / H2B/R / H2B


分子量: 10881.576 Da / 分子数: 1 / 断片: GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 31-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNCS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06899
#3: タンパク質・ペプチド ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER E / LANP-LIKE PROTEIN / LANP-L / ANP32E


分子量: 3493.605 Da / 分子数: 1 / 断片: H2A.Z INTERACTING DOMAIN (ZID), RESIDUES 215-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNEA-TH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BTT0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE METHIONINE AT THE START OF THE MACROMOLECULAR SEQUENCE (CHAIN A) IS AN EXPRESSION ARTEFACT THE ...THE METHIONINE AT THE START OF THE MACROMOLECULAR SEQUENCE (CHAIN A) IS AN EXPRESSION ARTEFACT THE METHIONINE AT THE START OF THE MACROMOLECULAR SEQUENCE (CHAIN B) IS AN EXPRESSION ARTEFACT THE GLY-SER AND HIS-MET RESIDUES AT THE BEGINNING OF THE MACROMOLECULAR SEQUENCE (CHAIN C) ARE ARTEFACTS FROM THE THROMBIN CLEAVAGE SITE AND THE CLONING SITE, RESPECTIVELY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M NA CACODYLATE, PH 7.0, 0.2 M NA FORMATE, 24% TO 30% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 30963 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 39.7
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F66

1f66


解像度: 1.48→37.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9516 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1952 1537 4.99 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1694 30793 98.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1317 Å20 Å20.486 Å2
2--1.9784 Å20 Å2
3----1.8467 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1563 0 0 212 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011647HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d626SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes38HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes253HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1647HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion226SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2271SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 138 4.59 %
Rwork0.1829 2868 -
all0.1835 3006 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35360.48480.06213.01550.14760.9026-0.09550.05410.0069-0.32660.11010.048-0.08450.0026-0.0146-0.0235-0.0090.0114-0.03030.0004-0.04115.1879-0.525313.5588
20.34520.6275-0.00582.4209-0.43690.6533-0.06290.0558-0.0507-0.15840.0529-0.0054-0.0242-0.01670.0101-0.04120.00480.0135-0.0368-0.0004-0.019515.4976-7.201716.6244
30.2389-2.0409-1.20142.4873-1.28940.3798-0.04460.09070.1489-0.43190.0291-0.4501-0.14570.38590.01550.1067-0.15250.0058-0.01970.0531-0.128423.34519.86922.9333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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