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登録情報
データベース: PDB / ID: 4cat
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CATALASE FROM PENICILLIUM VITALE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CATALASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(H2O2(A))
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Penicillium janthinellum (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, W.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Grebenko, A.I.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Three-dimensional structure of catalase from Penicillium vitale at 2.0 A resolution.
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, W.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Grebenko, A.I. / Borisov, V.V. / Bartels, K.S. / Fita, I. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Comparison of Beef Liver and Penicillium Vitale Catalases
著者: Melik-Adamyan, W.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Borisov, V.V. / Vainshtein, B.K. / Fita, I. / Murthy, M.R.N. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1982
タイトル: The Mechanism of Crystallization of Proteins in an Ultracentrifuge (Russian)
著者: Barynin, V.V. / Melik-Adamyan, V.R.
#3: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1982
タイトル: The Mechanism of Crystallization of Proteins in an Ultracentrifuge
著者: Barynin, V.V. / Melik-Adamyan, V.R.
#4: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1981
タイトル: Structure of Penicillium Vitale Catalase (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, V.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Grebenko, A.I.
#5: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1981
タイトル: Structure of Catalase of Penicillium Vitale
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, W.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Grebenko, A.I.
#6: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Enzyme Catalase
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, W.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Grebenko, A.I.
#7: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1980
タイトル: X-Ray Diffraction Study of Catalase from Penicillium Vitale at 3.5 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamian, V.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A.
#8: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1980
タイトル: X-Ray Diffraction Investigation of Catalase of Penicillium Vitale with 3.5 Angstroms Resolution
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, V.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A.
#9: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1979
タイトル: X-Ray Study of the Structure of Catalase of Penicillium Vitale Pidopl. Et Bilai with the 6 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainstein, B.K. / Melik-Adamian, V.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Nekrasov, Iu.V. / Malinina, I.V. / Gulyi, M.F. / Gudkova, L.V. / Degtiar, R.G.
#10: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1979
タイトル: X-Ray Diffraction Investigation of the Structure of Catalase of the Fungus Penicillium Vitale Pidopl. Et Bilai with a Resolution of 6 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Melik-Adamyan, V.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Nekrasov, Yu.N. / Malinina, L.V. / Gulyi, M.F. / Gudkova, L.V. / Degtyar, R.G.
#11: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1975
タイトル: Crystallization of Catalase in an Ultracentrifuge (Russian)
著者: Karpukhina, S.Ya. / Barynin, V.V. / Lobanova, G.M.
#12: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975
タイトル: Crystallization of Catalase in the Ultracentrifuge
著者: Karpukhina, S.Ya. / Barynin, V.V. / Lobanova, G.M.
履歴
登録1983年2月24日処理サイト: BNL
改定 1.01983年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2]
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET THE NINE-STRANDED BETA-SHEET *B1* PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT- ...SHEET THE NINE-STRANDED BETA-SHEET *B1* PRESENTED ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS DENOTED BY HAVING THE FIRST STRAND RECUR AS THE LAST.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE
B: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4374
ポリマ－112,2042
非ポリマー1,2332
水00
1
A: CATALASE
B: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
B: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,8758
ポリマ－224,4094
非ポリマー2,4664
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.400, 144.400, 133.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: SEE REMARK 5.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.571766, -0.247241, -0.782224), (-0.247241, -0.857255, 0.451617), (-0.782328, 0.451677, 0.429021)
ベクター: 60.01698, 103.95244)
詳細PENICILLIUM VITALE CATALASE IS A MOLECULE WITH 222 SYMMETRY. THE ASYMMETRIC UNIT COMPRISES TWO SUBUNITS RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. COORDINATES FOR ONE SUBUNIT ARE GIVEN IN THIS ENTRY. APPLYING THE TRANSFORMATION GIVEN ON THE MTRIX RECORDS BELOW WILL GENERATE COORDINATES FOR THE OTHER HALF OF THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質 CATALASE


分子量: 56102.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: catalase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
非ポリマーの詳細THERE IS SOME EVIDENCE THAT THE HEME OF THIS CATALASE IS UNUSUAL AND THE PROTOPORPHYRIN IX ...THERE IS SOME EVIDENCE THAT THE HEME OF THIS CATALASE IS UNUSUAL AND THE PROTOPORPHYRIN IX COORDINATES IN THIS ENTRY ARE TENTATIVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 %

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解析

精密化最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5274 0 86 0 5360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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