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- PDB-4ca1: Crystal structure of Siah1 at 1.58 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ca1
タイトルCrystal structure of Siah1 at 1.58 A resolution.
要素E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE SIAH1
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / beta-catenin destruction complex / ubiquitin conjugating enzyme binding / anatomical structure morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / axon guidance / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity ...Netrin-1 signaling / beta-catenin destruction complex / ubiquitin conjugating enzyme binding / anatomical structure morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / axon guidance / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / spermatogenesis / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / apoptotic process / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A ...E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like, animal / Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain / : / Sina, TRAF-like domain / Sina, zinc finger / E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger / Zinc finger, SIAH-type / Zinc finger SIAH-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / TRAF-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Two High-Resolution Structures of the Human E3 Ubiquitin Ligase Siah1.
著者: Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Hunter, W.N.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE SIAH1
B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE SIAH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,79626
ポリマ－43,8422
非ポリマー1,95324
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-88.7 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.060, 104.120, 133.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2036-

HOH

21A-2042-

HOH

31A-2060-

HOH

41A-2124-

HOH

51A-2187-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE SIAH1 / SEVEN IN ABSENTIA HOMOLOG 1 / SIAH-1 / SIAH-1A


分子量: 21921.082 Da / 分子数: 2
断片: TWO ZINC FINGERS AND SUBSTRATE BINDING DOMAIN, RESIDUES 91-282
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: Q8IUQ4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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非ポリマー , 5種, 355分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: CRYSTALS GREW FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (15 MG ML-1 IN 15 MM TRIS-HCL PH7.5, 30 MM NACL AND 10 MM DTT) AND RESERVOIR SOLUTION (100 MM HEPES PH7.0, 1.45 LI2SO4).

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→52.06 Å / Num. obs: 72738 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C9Z

4c9z


解像度: 1.58→52.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.677 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 199-201 IN CHAIN A AND RESIDUES 198-199 IN CHAIN B ARE DISORDERED AND WERE NOT MODELED IN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18907 3666 5 %RANDOM
Rwork0.14075 ---
obs0.14315 69071 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.821 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→52.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2975 0 104 331 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3351.964741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3455453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.06524.204157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89515586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8731518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.04333471
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.6335119
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded22.13153597
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 250 -
Rwork0.209 5081 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98122.3438-1.1984.6831-3.73233.5348-0.0571-0.29790.2548-0.55140.23590.32050.6225-0.5178-0.17880.1637-0.10440.01260.2806-0.01440.073312.266-4.91314.13
20.54430.47990.24351.05910.2070.991-0.027-0.01230.0594-0.122-0.07280.0869-0.0844-0.02660.09980.0430.0035-0.00980.0582-0.01710.017131.67117.6711.512
31.22022.6493-0.72535.8746-1.56930.5491-0.07740.01480.0906-0.31940.00880.30040.0030.05450.06860.1782-0.0012-0.16440.1157-0.03440.332756.89555.88233.101
40.71740.52010.62520.80230.45050.9708-0.0975-0.08810.1069-0.0347-0.00070.0228-0.0166-0.08760.09830.02930.0123-0.01680.0934-0.04250.029442.50330.58233.82
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A91 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2A135 - 282
3X-RAY DIFFRACTION3B91 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4B141 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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