PDB-4c9d: Cas6 (TTHB231) product complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c9d

タイトル

Cas6 (TTHB231) product complex

要素

CAS6B
R3 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT

キーワード

HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / CRISPR / RNA PROCESSING RIBONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity / defense response to virus
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Jinek, M. / Niewoehner, O. / Doudna, J.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Evolution of CRISPR RNA recognition and processing by Cas6 endonucleases.
著者: Niewoehner, O. / Jinek, M. / Doudna, J.A.

履歴

登録	2013年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c9d.cif.gz	337.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c9d.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c9d_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c9d_full_validation.pdf.gz	481 KB	表示
XML形式データ	4c9d_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	4c9d_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	6wx3-d 4jtu-1 1k1y-1 3zfv-1 4dmo-d 1c9d-d 6pux-d 1k1x-1 2zxl-d 6c55-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: CAS6B

B: CAS6B

C: R3 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT

D: R3 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT

77.3 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.220, 75.220, 308.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	CAS6B 分子量: 29270.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q53VU8
#2: RNA鎖	R3 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT 分子量: 9378.525 Da / 分子数: 2 / Fragment: REPEAT STEM-LOOP / 由来タイプ: 合成 / 詳細: R3 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL GAAS TAG DERIVED FROM EXPRESSION PLASMID

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.1M TRIS (PH 8.5), 13% (W/V) PEG 65 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99994
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→73.08 Å / Num. obs: 18676 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 57.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C98

4c98

解像度: 3→73.083 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2907	935	5 %
R_work	0.2436	-	-
obs	0.246	18676	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.413 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.8857 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.8857 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.7715 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→73.083 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4062	548	0	15	4625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	6639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.921	1855
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0001-3.1583	0.3631	129	0.3296	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1583-3.3561	0.3172	130	0.2933	2473	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3561-3.6153	0.3198	132	0.2768	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6153-3.9791	0.3016	132	0.2471	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9791-4.5548	0.299	132	0.2091	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5548-5.7382	0.2536	135	0.2011	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7382-73.1044	0.2625	145	0.2423	2725	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4647	0.2923	-0.2699	0.3732	0.0583	0.4035	-0.0635	-0.1853	0.0292	-0.1408	0.0747	-0.1089	-0.3595	0.3135	0.0048	0.3416	-0.0813	-0.0177	0.3379	-0.0328	0.2577	44.6402	76.8736	315.471
2	0.1021	0.0458	-0.0162	0.2116	0.0841	0.0513	0.0354	0.1341	-0.1015	-0.1282	0.1363	-0.1193	0.0811	0.0273	0.1252	0.6477	0.0307	-0.1263	0.6399	-0.1562	0.349	43.7245	75.1505	304.2045
3	0.24	-0.1306	0.0286	0.0849	-0.0375	0.0392	-0.0802	-0.1049	-0.3337	-0.0781	0.0277	-0.0895	-0.0818	0.1231	0.0016	0.4945	-0.0316	0.05	0.455	-0.0565	0.3081	49.9672	70.2372	312.115
4	0.5975	-0.0217	0.3057	0.4683	-0.3286	0.5333	-0.0906	0.0346	0.1344	0.1065	0.0986	-0.1236	0.0187	-0.3586	-0.2239	0.1767	-0.0336	0.0268	0.4344	-0.0224	0.2048	29.9869	69.5339	328.3637
5	0.0288	-0.0827	-0.0016	0.3343	0.0185	0.0004	0.037	0.2249	-0.1584	-0.0373	0.0658	0.3207	-0.0649	-0.1655	0.1064	0.2846	-0.069	-0.0586	0.6656	0.1142	0.4296	23.3653	70.3305	320.9707
6	0.2338	0.2794	-0.0612	1.0439	0.2604	0.278	-0.0353	-0.1307	-0.0805	0.0806	0.2799	-0.3253	-0.0553	0.0832	0.7573	0.0931	-0.0974	-0.0075	0.5347	-0.049	0.1701	29.1006	68.1236	332.4504
7	0.0987	0.0842	-0.076	0.079	-0.0395	0.3246	-0.0991	0.2474	-0.1063	-0.1321	0.0487	0.102	0.0891	-0.3813	-0.0674	0.1438	-0.1154	0.0079	0.4776	-0.0181	0.2958	30.92	66.5847	322.8149
8	0.2728	0.1362	-0.1056	0.1056	-0.0797	0.0575	-0.0172	0.0612	0.1045	-0.0149	-0.0816	0.2507	0.1011	-0.0945	-0.0071	0.2832	-0.009	-0.0176	0.4725	-0.0176	0.272	34.4003	55.4291	368.1208
9	0.0038	-0.0057	-0.0063	0.0085	-0.0106	0.0186	0.0812	0.017	0.1447	0.0101	-0.1898	0.0858	0.0429	-0.078	-0.0028	0.147	-0.0147	0.0598	0.3674	-0.1066	0.3259	24.2126	53.2771	368.9752
10	0.057	-0.0434	0.1041	0.4193	-0.0028	0.4327	-0.0483	-0.0225	0.0726	0.0584	0.001	0.0863	0.123	-0.3743	0.1008	0.2687	0.0331	0.093	0.6775	-0.0604	0.3798	27.2218	59.2237	365.572
11	1.2355	-0.7045	-0.4791	0.6464	0.285	0.2179	-0.1603	-0.1898	-0.3248	0.1891	0.0603	0.1943	0.2274	0.0178	0.2699	0.182	0.0347	0.0667	0.6255	-0.0917	0.1536	33.0781	58.8723	373.6254
12	0.2348	0.0591	0.0744	0.3972	-0.3119	0.313	-0.0772	-0.0986	0.0333	0.2486	0.049	0.2031	-0.3804	-0.43	0.0948	0.2966	0.1438	0.0428	0.5382	-0.061	0.3912	26.4866	73.8455	354.2383
13	0.5128	-0.0672	-0.2574	0.0565	0.0955	0.5239	0.1402	-0.1578	0.2014	0.0794	-0.0551	-0.0754	-0.4054	-0.1619	-0.3801	-0.168	0.2735	0.1759	0.1609	-0.1337	0.2124	30.0603	73.3239	351.9003
14	0.2651	0.159	-0.0856	1.0901	0.4176	0.2913	0.0183	-0.0558	-0.0569	0.1025	0.0343	-0.4862	-0.1878	0.0409	0.1406	0.8691	0.2426	0.2589	0.3468	0.1798	0.6063	30.2582	90.8605	330.0501
15	0.1911	-0.2181	-0.0828	0.2523	0.1024	0.1546	0.0445	-0.0517	0.2667	-0.0031	0.1479	-0.2192	-0.3274	0.0237	0.0167	0.4413	0.0875	0.147	0.4061	0.0747	0.5963	29.9022	83.5968	326.1277
16	1.3536	0.5208	-0.0871	0.2183	-0.1298	0.3733	0.0137	0.1458	-0.2979	-0.0344	-0.1126	-0.2168	0.1227	-0.1432	-0.2304	0.1526	0.1571	-0.0059	0.9814	-0.0844	0.3577	14.3503	59.8611	350.704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:76)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 77:91)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 92:121)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 122:160)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 161:181)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 182:231)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 232:264)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ -1:17)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 18:33)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 34:74)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 75:121)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 122:181)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 182:264)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 16:23)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 24:29)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 16:29)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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