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- PDB-4c8z: Cas6 (TTHA0078) product complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8z
タイトルCas6 (TTHA0078) product complex
要素
  • CAS6A
  • R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / CRISPR CAS PROTEIN / RNA PROCESSING RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas6, C-terminal / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6 / Alpha-Beta Plaits - #1890 / CRISPR-associated protein Cas6, N-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #1900 / CRISPR-associated protein, Cas6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated protein Cas6 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Jinek, M. / Niewoehner, O. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Evolution of Crispr RNA Recognition and Processing by Cas6 Endonucleases.
著者: Niewoehner, O. / Jinek, M. / Doudna, J.A.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Atomic model
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAS6A
B: CAS6A
C: R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5846
ポリマ－62,3523
非ポリマー2313
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-42.9 kcal/mol
Surface area20860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.720, 83.080, 72.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CAS6A


分子量: 26580.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q5SM65
#2: RNA鎖 R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT


分子量: 9191.448 Da / 分子数: 1 / Fragment: REPEAT STEM-LOOP / 由来タイプ: 合成 / 詳細: R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M SODIUM SULFATE, 20% (W/V) PEG 3350, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999992
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→54 Å / Num. obs: 17611 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C8Y

4c8y


解像度: 2.503→54.034 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 881 5 %
Rwork0.1765 --
obs0.1786 17611 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→54.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 300 11 128 4099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5335641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3161562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.503-2.65980.26531440.2262736X-RAY DIFFRACTION99
2.6598-2.86520.25741480.21362805X-RAY DIFFRACTION100
2.8652-3.15350.26571470.20592783X-RAY DIFFRACTION100
3.1535-3.60970.21181450.18222776X-RAY DIFFRACTION100
3.6097-4.54750.2031480.14872790X-RAY DIFFRACTION100
4.5475-54.04650.17721490.15392840X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67680.09290.41811.6985-0.43193.4564-0.0916-0.3580.34650.32660.0213-0.1253-0.4739-0.0976-0.07360.38280.068-0.06260.258-0.0450.2396-4.7351-8.81881.2319
21.6996-0.20060.82693.9045-1.66053.1416-0.0463-0.7287-0.09640.17450.73820.6232-0.3459-0.88280.20830.31750.12590.12130.4392-0.03890.3133-13.9802-11.65165.5351
32.1572-0.44381.30351.3260.04243.03240.32660.0173-0.23970.06810.01530.00250.44150.1522-0.10430.21230.0643-0.08510.1993-0.0460.2304-7.3889-22.3178-13.8678
42.27960.05341.68362.038-0.11031.32030.46250.2694-0.2591-0.6224-0.1008-0.67810.54310.3579-0.15150.46980.1418-0.06550.3276-0.04480.39361.5398-26.9262-16.6312
52.4829-0.6480.57864.0054-0.54612.96650.14620.0793-0.14660.03390.00950.18430.40480.0228-0.16250.2150.0342-0.03490.20520.01270.1353-12.9481-19.6685-19.7087
62.1531-0.99960.21082.62960.7382.42030.1412-0.143-0.32560.20750.11120.20350.52120.1171-0.15250.28570.0168-0.05780.2378-0.00590.2157-7.0084-23.7138-10.1254
71.15270.8650.13313.7017-2.01392.96960.048-0.0526-0.122-0.0065-0.0179-0.0097-0.1194-0.1642-0.04750.21890.027-0.06030.2288-0.01190.2179-30.83-25.9178-47.737
84.1332-0.7392-0.33031.63850.90724.8648-0.00680.2143-0.0379-0.4386-0.02490.1568-0.10040.306-0.1360.55440.0844-0.09590.38420.01830.2739-30.6822-23.2356-59.2085
93.32590.5520.1839.2254-5.29235.1988-0.02130.2799-0.2223-0.43860.26030.91430.1595-0.6997-0.29290.30480.0644-0.0910.3302-0.08320.3568-41.8042-27.1674-49.1035
100.88981.01780.06030.93060.2680.82460.00060.06230.11570.0637-0.0494-0.0885-0.338-0.0810.02440.29380.0764-0.05650.1516-0.02230.2706-22.2866-9.3461-45.1431
115.12481.18011.18043.7676-0.68083.77390.1123-0.7614-0.4003-0.27690.1449-0.57260.12090.2158-0.18940.2479-0.0338-0.00740.2377-0.0510.2024-14.7434-26.5454-32.9942
120.7710.2002-0.34521.9692.71246.51240.27920.0432-0.37940.05450.0077-0.19361.26470.25110.44550.23090.02740.04240.28480.01470.2544-11.1629-19.1821-43.9006
134.02930.17640.15982.6363-0.48235.04690.0193-0.0058-0.0109-0.2465-0.1054-0.6160.2450.49330.09630.2863-0.00870.03870.31440.08880.3771-3.8737-12.6341-43.7609
142.89432.13650.04965.61971.04883.51710.0544-0.0722-0.17330.77330.0611-0.01980.1734-0.27150.13540.17010.0248-0.06030.18610.00230.1384-20.8361-23.6006-28.6362
151.32920.6268-1.68743.0615-2.13123.65920.6929-0.85080.19580.6195-0.7437-0.0372-0.68630.59870.14160.179-0.0318-0.05950.35230.00550.1338-13.7343-10.9534-32.537
163.00140.9009-0.04812.1268-0.95922.2229-0.01930.19840.3111-0.1887-0.05260.3153-0.2363-0.11910.02930.25650.0715-0.02410.21960.00450.1463-18.4767-14.7006-42.5172
174.5021-0.7895-1.3435.5064-0.5082.1672-0.2512-0.1933-0.0219-0.28490.2477-0.01570.0072-0.1658-0.08620.36330.00510.02630.3540.01680.46052.3656-1.3599-22.4411
185.65421.5201-0.52831.6215-2.15313.4361-0.210.70.07480.08190.5358-1.54950.75730.8676-0.0370.26690.09350.05470.4597-0.08620.5415.795-11.5966-19.7162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 86 THROUGH 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 102 THROUGH 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 140 THROUGH 170 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 171 THROUGH 204 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 205 THROUGH 238 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 63 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 64 THROUGH 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 78 THROUGH 94 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 95 THROUGH 122 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 123 THROUGH 139 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 140 THROUGH 154 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 155 THROUGH 171 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 172 THROUGH 189 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 190 THROUGH 204 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 205 THROUGH 238 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 20 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 21 THROUGH 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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