PDB-4c8z: Cas6 (TTHA0078) product complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c8z

タイトル

Cas6 (TTHA0078) product complex

要素

CAS6A
R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT

キーワード

HYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / CRISPR CAS PROTEIN / RNA PROCESSING RIBONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to virus / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Jinek, M. / Niewoehner, O. / Doudna, J.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Evolution of Crispr RNA Recognition and Processing by Cas6 Endonucleases.
著者: Niewoehner, O. / Jinek, M. / Doudna, J.A.

履歴

登録	2013年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Atomic model
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c8z.cif.gz	300.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c8z.ent.gz	246.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c8z_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c8z_full_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示
XML形式データ	4c8z_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	4c8z_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c8z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4c8ySC 4c97C 4c98C 4c9dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c8y-d 2gpt-d 4nhx-d 3d0n-d 1rk4-d 5yu3-1 4o3z-d 5vs5-d 3h24-2 3h2o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CAS6A

B: CAS6A

C: R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT

ヘテロ分子

62.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.720, 83.080, 72.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CAS6A 分子量: 26580.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア) プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q5SM65
#2: RNA鎖	R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT 分子量: 9191.448 Da / 分子数: 1 / Fragment: REPEAT STEM-LOOP / 由来タイプ: 合成 / 詳細: R1 REPEAT RNA CLEAVAGE PRODUCT / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M SODIUM SULFATE, 20% (W/V) PEG 3350, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999992
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→54 Å / Num. obs: 17611 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C8Y

4c8y

解像度: 2.503→54.034 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	881	5 %
R_work	0.1765	-	-
obs	0.1786	17611	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→54.034 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3660	300	11	128	4099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4103
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.533	5641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.316	1562
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	616
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.503-2.6598	0.2653	144	0.226	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6598-2.8652	0.2574	148	0.2136	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8652-3.1535	0.2657	147	0.2059	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1535-3.6097	0.2118	145	0.1822	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6097-4.5475	0.203	148	0.1487	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5475-54.0465	0.1772	149	0.1539	2840	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6768	0.0929	0.4181	1.6985	-0.4319	3.4564	-0.0916	-0.358	0.3465	0.3266	0.0213	-0.1253	-0.4739	-0.0976	-0.0736	0.3828	0.068	-0.0626	0.258	-0.045	0.2396	-4.7351	-8.8188	1.2319
2	1.6996	-0.2006	0.8269	3.9045	-1.6605	3.1416	-0.0463	-0.7287	-0.0964	0.1745	0.7382	0.6232	-0.3459	-0.8828	0.2083	0.3175	0.1259	0.1213	0.4392	-0.0389	0.3133	-13.9802	-11.6516	5.5351
3	2.1572	-0.4438	1.3035	1.326	0.0424	3.0324	0.3266	0.0173	-0.2397	0.0681	0.0153	0.0025	0.4415	0.1522	-0.1043	0.2123	0.0643	-0.0851	0.1993	-0.046	0.2304	-7.3889	-22.3178	-13.8678
4	2.2796	0.0534	1.6836	2.038	-0.1103	1.3203	0.4625	0.2694	-0.2591	-0.6224	-0.1008	-0.6781	0.5431	0.3579	-0.1515	0.4698	0.1418	-0.0655	0.3276	-0.0448	0.3936	1.5398	-26.9262	-16.6312
5	2.4829	-0.648	0.5786	4.0054	-0.5461	2.9665	0.1462	0.0793	-0.1466	0.0339	0.0095	0.1843	0.4048	0.0228	-0.1625	0.215	0.0342	-0.0349	0.2052	0.0127	0.1353	-12.9481	-19.6685	-19.7087
6	2.1531	-0.9996	0.2108	2.6296	0.738	2.4203	0.1412	-0.143	-0.3256	0.2075	0.1112	0.2035	0.5212	0.1171	-0.1525	0.2857	0.0168	-0.0578	0.2378	-0.0059	0.2157	-7.0084	-23.7138	-10.1254
7	1.1527	0.865	0.1331	3.7017	-2.0139	2.9696	0.048	-0.0526	-0.122	-0.0065	-0.0179	-0.0097	-0.1194	-0.1642	-0.0475	0.2189	0.027	-0.0603	0.2288	-0.0119	0.2179	-30.83	-25.9178	-47.737
8	4.1332	-0.7392	-0.3303	1.6385	0.9072	4.8648	-0.0068	0.2143	-0.0379	-0.4386	-0.0249	0.1568	-0.1004	0.306	-0.136	0.5544	0.0844	-0.0959	0.3842	0.0183	0.2739	-30.6822	-23.2356	-59.2085
9	3.3259	0.552	0.183	9.2254	-5.2923	5.1988	-0.0213	0.2799	-0.2223	-0.4386	0.2603	0.9143	0.1595	-0.6997	-0.2929	0.3048	0.0644	-0.091	0.3302	-0.0832	0.3568	-41.8042	-27.1674	-49.1035
10	0.8898	1.0178	0.0603	0.9306	0.268	0.8246	0.0006	0.0623	0.1157	0.0637	-0.0494	-0.0885	-0.338	-0.081	0.0244	0.2938	0.0764	-0.0565	0.1516	-0.0223	0.2706	-22.2866	-9.3461	-45.1431
11	5.1248	1.1801	1.1804	3.7676	-0.6808	3.7739	0.1123	-0.7614	-0.4003	-0.2769	0.1449	-0.5726	0.1209	0.2158	-0.1894	0.2479	-0.0338	-0.0074	0.2377	-0.051	0.2024	-14.7434	-26.5454	-32.9942
12	0.771	0.2002	-0.3452	1.969	2.7124	6.5124	0.2792	0.0432	-0.3794	0.0545	0.0077	-0.1936	1.2647	0.2511	0.4455	0.2309	0.0274	0.0424	0.2848	0.0147	0.2544	-11.1629	-19.1821	-43.9006
13	4.0293	0.1764	0.1598	2.6363	-0.4823	5.0469	0.0193	-0.0058	-0.0109	-0.2465	-0.1054	-0.616	0.245	0.4933	0.0963	0.2863	-0.0087	0.0387	0.3144	0.0888	0.3771	-3.8737	-12.6341	-43.7609
14	2.8943	2.1365	0.0496	5.6197	1.0488	3.5171	0.0544	-0.0722	-0.1733	0.7733	0.0611	-0.0198	0.1734	-0.2715	0.1354	0.1701	0.0248	-0.0603	0.1861	0.0023	0.1384	-20.8361	-23.6006	-28.6362
15	1.3292	0.6268	-1.6874	3.0615	-2.1312	3.6592	0.6929	-0.8508	0.1958	0.6195	-0.7437	-0.0372	-0.6863	0.5987	0.1416	0.179	-0.0318	-0.0595	0.3523	0.0055	0.1338	-13.7343	-10.9534	-32.537
16	3.0014	0.9009	-0.0481	2.1268	-0.9592	2.2229	-0.0193	0.1984	0.3111	-0.1887	-0.0526	0.3153	-0.2363	-0.1191	0.0293	0.2565	0.0715	-0.0241	0.2196	0.0045	0.1463	-18.4767	-14.7006	-42.5172
17	4.5021	-0.7895	-1.343	5.5064	-0.508	2.1672	-0.2512	-0.1933	-0.0219	-0.2849	0.2477	-0.0157	0.0072	-0.1658	-0.0862	0.3633	0.0051	0.0263	0.354	0.0168	0.4605	2.3656	-1.3599	-22.4411
18	5.6542	1.5201	-0.5283	1.6215	-2.1531	3.4361	-0.21	0.7	0.0748	0.0819	0.5358	-1.5495	0.7573	0.8676	-0.037	0.2669	0.0935	0.0547	0.4597	-0.0862	0.541	5.795	-11.5966	-19.7162

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 86 THROUGH 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 102 THROUGH 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 140 THROUGH 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 171 THROUGH 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 205 THROUGH 238 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 64 THROUGH 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 78 THROUGH 94 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 95 THROUGH 122 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 123 THROUGH 139 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 140 THROUGH 154 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 155 THROUGH 171 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 172 THROUGH 189 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 190 THROUGH 204 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 205 THROUGH 238 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 14 THROUGH 20 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESID 21 THROUGH 29 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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