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- PDB-4c7w: Crystal structure of Mouse Hepatitis virus strain S Hemagglutinin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7w
タイトルCrystal structure of Mouse Hepatitis virus strain S Hemagglutinin- esterase in complex with 4-O-acetylated sialic acid
要素HEMAGGLUTININ-ESTERASE
キーワードHYDROLASE / RECEPTOR DESTROYING / RECEPTOR BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin-esterase / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-SIO / Hemagglutinin-esterase / Hemagglutinin-esterase
類似検索 - 構成要素
生物種MURINE HEPATITIS VIRUS (マウス肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zeng, Q.H. / Huizinga, E.G.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: The Murine Coronavirus Hemagglutinin-Esterase Receptor-Binding Site: A Major Shift in Ligand Specificity Through Modest Changes in Architecture.
著者: Langereis, M.A. / Zeng, Q. / Heesters, B.A. / Huizinga, E.G. / De Groot, R.J.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ-ESTERASE
B: HEMAGGLUTININ-ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,56919
ポリマ－87,0072
非ポリマー6,56217
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-31.3 kcal/mol
Surface area41440 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.566, 106.590, 135.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ-ESTERASE


分子量: 43503.355 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-403 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MURINE HEPATITIS VIRUS (マウス肝炎ウイルス)
株: S / プラスミド: PCD5- MHV-S-HE-T-FC / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: O55252, UniProt: P31614*PLUS, sialate O-acetylesterase

-
糖 , 5種, 14分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-SIO / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,9-di-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 407.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H25NO11
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 78分子

#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.6
詳細: 0.2 M KH2PO4, 0.2 M SODIUM MALONATE, 15% (W/V) PEG3350 AND 5% (W/V) GLYCEROL, pH 3.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月11日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→54.5 Å / Num. obs: 46670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C7L

4c7l


解像度: 2.5→83.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 14.042 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24877 2356 5.1 %RANDOM
Rwork0.21371 ---
obs0.21546 44251 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→83.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5441 0 426 75 5942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2292.0268284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86439585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3195682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64824.103273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8215854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.381522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5011.53425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0761.51390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96925502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77132646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2014.52782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 183 -
Rwork0.308 3203 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5911-1.86660.09274.17540.38982.50870.07340.41410.1231-1.08580.25940.54640.0568-0.2536-0.33280.3421-0.1527-0.20820.14290.11780.215-44.3717-29.90227.3419
22.75992.28753.74711.97933.13125.1409-0.62150.050.2954-0.69180.12040.3679-0.9261-0.03550.50110.4651-0.0518-0.18270.37440.10990.3356-42.8515-20.09320.8157
339.379626.1397-2.311821.6723-10.615419.2294-0.86021.5185-1.1749-0.90570.7869-0.78880.70480.38260.07320.3337-0.0202-0.01570.1632-0.02880.2246-33.9625-25.76261.1876
42.6830.523-0.53962.0843-0.31751.94760.08070.17750.4972-0.2081-0.0144-0.2239-0.37480.1921-0.06640.1338-0.02390.07560.0460.05230.1671-22.0123-7.18698.6741
546.696111.389619.87634.9085-0.455923.80940.05041.28540.2542-0.2243-0.0618-0.43220.15591.26520.01140.3353-0.12460.36360.48450.09160.9347-0.16690.30271.1663
61.3591-0.3539-0.46360.80890.23812.70340.1161-0.11130.5645-0.0090.0113-0.4004-0.45520.3379-0.12740.1117-0.0750.04630.0891-0.04490.3469-14.3223-8.393313.6592
74.41112.2429-0.44134.5327-0.55531.40310.099-0.03930.5687-0.02560.0040.1552-0.2495-0.0569-0.1030.0720.02540.03840.01450.0050.0874-29.8942-11.012815.8935
84.27141.38651.22657.96331.28390.4799-0.06291.2379-0.5912-0.35390.2887-0.83510.00020.3594-0.22580.15760.02950.0870.3732-0.14670.1543-30.3933-31.118811.1516
91.08172.2113-1.07125.8285-2.41821.1718-0.130.1754-0.0198-0.35390.23030.40630.2523-0.2526-0.10030.2034-0.1198-0.05860.26110.07510.2279-47.9453-45.959820.2232
108.64493.19592.00465.37120.96543.25260.0372-0.9806-0.01110.8001-0.10150.07440.37680.02650.06430.23780.04340.02160.25410.08360.0608-33.8691-39.484340.5188
112.12620.59610.76385.23181.84432.44650.1055-0.7633-0.33641.01860.0527-0.2720.40990.0557-0.15820.31490.0524-0.1260.45130.0320.1419-21.0242-31.177346.4766
122.47612.23291.557415.51878.30215.9104-0.0143-0.9254-0.00561.2384-0.14030.1431-0.0211-0.33130.15460.41740.1166-0.02490.4704-0.11660.1968-24.9792-14.047945.4483
131.52920.47120.42041.9217-0.05721.45770.0052-0.38840.30080.46030.0129-0.5061-0.37260.2934-0.0180.2487-0.0299-0.08860.315-0.15590.2935-12.9642-11.159537.0678
144.30631.1822-2.65360.6508-1.50683.767-0.0374-0.7470.17210.51560.00870.0838-1.1209-0.42880.02870.86390.2680.15850.6515-0.28310.244-35.3792-24.559239.078
153.26490.5794-1.36176.1092-1.09251.98490.0466-0.3876-0.19650.2445-0.08430.40730.3058-0.23240.03770.2014-0.04180.08750.27010.09510.1078-45.6691-44.208734.1012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A58 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4A114 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5A218 - 226
6X-RAY DIFFRACTION6A227 - 270
7X-RAY DIFFRACTION6A802
8X-RAY DIFFRACTION7A271 - 306
9X-RAY DIFFRACTION8A315 - 334
10X-RAY DIFFRACTION9A348 - 410
11X-RAY DIFFRACTION10B25 - 44
12X-RAY DIFFRACTION11B66 - 105
13X-RAY DIFFRACTION12B106 - 140
14X-RAY DIFFRACTION13B141 - 305
15X-RAY DIFFRACTION13B802
16X-RAY DIFFRACTION14B314 - 332
17X-RAY DIFFRACTION15B351 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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