+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c7k | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 11b-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type I in complex with inhibitor | ||||||
![]() | CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CNS PENETRATION / STRUCTURE-BASED DESIGN | ||||||
機能・相同性 | ![]() 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goldberg, F.W. / Dossetter, A.G. / Scott, J.S. / Robb, G.R. / Boyd, S. / Groombridge, S.D. / Kemmitt, P.D. / Sjogren, T. / Morentin Gutierrez, P. / de Schoolmeester, J. ...Goldberg, F.W. / Dossetter, A.G. / Scott, J.S. / Robb, G.R. / Boyd, S. / Groombridge, S.D. / Kemmitt, P.D. / Sjogren, T. / Morentin Gutierrez, P. / de Schoolmeester, J. / Swales, J.G. / Turnbull, A.V. / Wild, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Optimization of Brain Penetrant 11Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type I Inhibitors and in Vivo Testing in Diet- Induced Obese Mice. 著者: Goldberg, F.W. / Dossetter, A.G. / Scott, J.S. / Robb, G.R. / Boyd, S. / Groombridge, S.D. / Kemmitt, P.D. / Sjogren, T. / Gutierrez, P.M. / Deschoolmeester, J. / Swales, J.G. / Turnbull, A.V. / Wild, M.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 183.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29648.395 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 24-292 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→49.63 Å / Num. obs: 74883 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 87.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BB5 解像度: 1.91→49.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9055 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8536 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.194 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.16 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→49.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
|