PDB-4c6s: Crystal structure of the TIR domain from the Arabidopsis Thaliana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c6s

タイトル

Crystal structure of the TIR domain from the Arabidopsis Thaliana disease resistance protein RRS1

要素

PROBABLE WRKY TRANSCRIPTION FACTOR 52

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PLANT TIR DOMAIN / SIGNAL TRANSDUCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ nucleosidase activity / ADP binding / defense response / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Wan, L. / Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Bernoux, M. / Ma, Y. / Segonzac, C. / Ve, T. / Sarris, P. / Ericsson, D.J. / Saucet, S.B. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Assembly and Function of a Heterodimeric Plant Immune Receptor.
著者: Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Sarris, P.F. / Segonzac, C. / Ve, T. / Ma, Y. / Saucet, S.B. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Winzor, D.J. / Zhang, X. / ...

履歴

登録	2013年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c6s.cif.gz	74.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c6s.ent.gz	56.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c6s_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c6s_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	4c6s_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	4c6s_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c6rC 4c6tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jpw-d 2zou-d 3jpy-d 6z1t-1 3udb-6 6z1t-2 4ihz-d 5sv3-2 3twk-1 6nl1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: PROBABLE WRKY TRANSCRIPTION FACTOR 52

ヘテロ分子

17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROBABLE WRKY TRANSCRIPTION FACTOR 52

ヘテロ分子

A: PROBABLE WRKY TRANSCRIPTION FACTOR 52

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.265, 71.265, 66.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2004- HOH
2	1	A-2055- HOH

#1: タンパク質	PROBABLE WRKY TRANSCRIPTION FACTOR 52 / DISEASE RESISTANCE PROTEIN RRS1 / DISEASE RESISTANCE PROTEIN SLH1 / PROTEIN SENSITIVE TO LOW ...DISEASE RESISTANCE PROTEIN RRS1 / DISEASE RESISTANCE PROTEIN SLH1 / PROTEIN SENSITIVE TO LOW HUMIDITY 1 / RESISTANCE TO RALSTONIA SOLANACEARUM 1 PROTEIN / WRKY DNA-BINDING PROTEIN 52 分子量: 17121.316 Da / 分子数: 1 / 断片: TOLL/INTERLEUKIN-1 RECEPTOR DOMAIN, RESIDUES 7-153 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9FH83, UniProt: P0DKH5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M BIS-TRIS PH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537,1.3776

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9537	1
2	1.3776	1

反射

解像度: 1.75→71.24 Å / Num. obs: 17927 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 26.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 32.3

反射シェル

解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
AutoSol	in	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: RPS4 TIR

解像度: 1.751→35.632 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1981	884	4.9 %
R_work	0.1821	-	-
obs	0.1829	17875	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→35.632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1146	0	29	55	1230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	1600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.087	438
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	179
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7506-1.8603	0.2394	138	0.2345	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8603-2.0039	0.2148	162	0.1979	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0039-2.2055	0.2441	136	0.1815	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2055-2.5246	0.2227	146	0.1798	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5246-3.1804	0.2098	143	0.1871	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1804-35.6397	0.1687	159	0.1728	3000	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3304	-4.6031	-2.8809	6.0467	3.1312	3.0373	-0.3553	0.0218	0.5434	0.0063	0.2728	-0.9336	-0.2549	0.4742	0.1834	0.2171	0.0181	0.0655	0.3697	0.0402	0.3358	25.6677	49.0786	65.9457
2	3.7965	1.9004	3.168	8.2144	-0.0944	3.2864	-0.0613	0.5043	0.7785	-0.2531	-0.2323	-0.0705	-1.1584	0.3271	0.2071	0.3144	0.0055	-0.0086	0.2247	0.0374	0.3076	18.8052	59.9884	75.7545
3	6.0702	-5.3625	-6.8901	5.1734	6.7678	8.9102	-0.1517	-0.1457	-0.0343	0.3013	0.2447	-0.447	0.2652	0.5396	-0.0853	0.1631	-0.0039	-0.0116	0.2362	0.007	0.2144	25.1101	47.9354	77.5068
4	5.0879	2.0016	-0.33	1.6233	1.7653	4.2577	-0.1037	0.5988	1.1018	-0.4352	-0.2211	-1.0411	-0.4586	0.2386	0.2458	0.1647	-0.053	0.0399	0.315	0.095	0.2917	23.8022	56.101	68.1836
5	4.2352	1.6513	-2.0099	1.8677	0.1802	4.993	-0.0419	0.933	0.5564	-0.3698	0.1479	-0.2372	-0.3603	0.274	-0.1763	0.2913	0.0118	0.0465	0.479	0.126	0.3061	21.8913	56.1857	61.9024
6	6.2792	0.8642	-2.3457	5.4554	-3.1324	2.4777	-0.2079	0.3755	0.8375	-0.1153	0.3008	0.2111	-0.5354	-0.2209	-0.092	0.2705	0.0266	-0.0629	0.284	0.0505	0.3467	6.9346	58.7797	66.1426
7	7.6871	6.2676	6.9962	2.0125	2.9895	7.7549	0.14	1.4744	-0.4937	-1.3966	0.2753	-1.4193	0.9024	1.8708	0.1377	0.5577	0.0264	0.0753	0.8347	0.1471	0.2988	17.2398	52.7362	55.9449
8	6.5434	-0.7783	-0.1719	4.9585	-0.3303	7.7747	0.0566	0.9288	-0.175	-0.9044	0.0399	-0.3798	0.1117	0.0418	-0.0091	0.2709	-0.0221	0.0566	0.2764	-0.0193	0.199	16.4456	46.3662	64.0965
9	3.6417	-0.4457	2.8955	1.6184	-1.1407	4.182	-0.0534	-0.262	-0.1794	0.0653	0.1623	0.137	0.112	-0.6039	-0.1021	0.1598	0.0059	0.0261	0.3023	0.0067	0.1941	5.4919	47.9182	71.2918
10	7.7934	-3.3294	-4.6477	6.4249	2.5884	6.3065	-0.2694	0.4019	-0.5244	-0.1223	0.0502	-0.0885	0.7381	0.1059	0.2154	0.2351	0.0225	0.032	0.1762	-0.0127	0.2321	20.4988	39.1329	73.6286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 8 THROUGH 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 16 THROUGH 22 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 23 THROUGH 34 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 35 THROUGH 46 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 47 THROUGH 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 82 THROUGH 90 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 91 THROUGH 101 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 102 THROUGH 130 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 131 THROUGH 149 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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