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万見
- PDB-4c69: ATP binding to murine voltage-dependent anion channel 1 (mVDAC1). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c69
タイトルATP binding to murine voltage-dependent anion channel 1 (mVDAC1).
要素VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BICELLE / OUTER MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyruvate metabolism / negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / neuron-neuron synaptic transmission / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / regulation of mitophagy / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / mitochondrial permeability transition pore complex ...Pyruvate metabolism / negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / neuron-neuron synaptic transmission / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / regulation of mitophagy / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / mitochondrial permeability transition pore complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity / Ub-specific processing proteases / phosphatidylcholine binding / positive regulation of type 2 mitophagy / oxysterol binding / cholesterol binding / lipid transport / porin activity / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / epithelial cell differentiation / learning / myelin sheath / chemical synaptic transmission / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / apoptotic process / synapse / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.277 Å
データ登録者Paz, A. / Colletier, J.P. / Abramson, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Simulations Illuminate the Mechanism of ATP Transport Through Vdac1.
著者: Choudhary, O.P. / Paz, A. / Adelman, J.L. / Colletier, J. / Abramson, J. / Grabe, M.
履歴
登録2013年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 1.32014年7月16日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "XA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 19-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 20-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,43510
ポリマ－32,1961
非ポリマー3,2399
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.152, 58.369, 66.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 1 / VDAC-1 / MVDAC1 / OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE PROTEIN PORIN 1 / PLASMALEMMAL PORIN / VOLTAGE- ...VDAC-1 / MVDAC1 / OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE PROTEIN PORIN 1 / PLASMALEMMAL PORIN / VOLTAGE-DEPENDENT ANION-SELECTIVE CHANNEL PROTEIN 5 / VDAC-5 / MVDAC5


分子量: 32195.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q60932
#2: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 18-20% MPD, 0.1 M TRISHCL (PH 8.5), 10% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 16915 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.21 / 冗長度: 3.64 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.13
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EMN

3emn


解像度: 2.277→19.497 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ATP MOLECULE WAS DOCKED BASED ON DENSITES GENERATED BY A FO-FO MAP OF THE DIFFERENCE BETWEEN THE ATP SOAKED DATASET AND A NATIVE ONE. THE FINAL HIGH B-FACTORS FOR THE REFINED ATP STRONGLY ...詳細: THE ATP MOLECULE WAS DOCKED BASED ON DENSITES GENERATED BY A FO-FO MAP OF THE DIFFERENCE BETWEEN THE ATP SOAKED DATASET AND A NATIVE ONE. THE FINAL HIGH B-FACTORS FOR THE REFINED ATP STRONGLY SUGGEST THAT THE BINDING SITE IS A LOW-AFFINITY ONE IN WHICH ATP VIBRATES CONSIDERABLY AROUND ITS EQUILIBRIUM POSITION. THE COORDINATES REPRESENT THE MOST PROBABLE LOCATION OF THE ATP.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2611 863 5 %
Rwork0.2037 --
obs0.2066 17142 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.277→19.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 143 54 2368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1093241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.647919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2773-2.41970.33851430.28432478X-RAY DIFFRACTION91
2.4197-2.60620.33331410.26892732X-RAY DIFFRACTION100
2.6062-2.86770.30791530.22852745X-RAY DIFFRACTION100
2.8677-3.2810.25231280.20972785X-RAY DIFFRACTION100
3.281-4.12720.2551530.19142744X-RAY DIFFRACTION99
4.1272-19.49720.24181450.18962795X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4061-0.24520.18085.4804-5.31067.6273-0.06070.0267-0.0521-0.37060.47210.62040.5731-0.3032-0.48960.3154-0.01090.04030.34120.02580.365511.762734.578622.4671
29.77784.3368-0.20844.2960.35892.73650.825-1.0044-0.17041.1055-0.66030.17260.42460.8523-0.25370.74620.07720.10340.92860.00540.480.961430.77015.9695
36.05336.5841-1.72429.1497-4.75848.0015-0.20490.5035-0.3574-0.2760.4004-0.717-0.6684-0.17790.01620.6360.1480.12550.9072-0.06240.63366.575427.68063.5657
44.7795-0.2899-1.069410.2138-2.1454.29940.4110.8085-0.5104-0.57150.03190.3066-0.0669-0.3671-0.19860.37880.1108-0.13350.7764-0.02760.43985.232117.30538.1724
58.81940.7704-5.65184.7612-2.67384.20330.32981.0092-0.1719-0.4208-0.1468-0.1012-0.1868-1.5288-0.23220.4821-0.0148-0.02670.6437-0.0640.33017.712612.698118.3581
63.94960.35060.59094.9488-2.38524.14720.35361.62590.5904-0.7480.2217-0.35510.00280.1364-0.30170.48320.1374-0.06330.92290.0120.521115.367915.565212.6682
77.5201-1.9626-0.42515.93084.99925.1960.08250.8241-0.5295-0.5404-0.05050.2052-0.4832-0.1162-0.38580.46560.0265-0.00360.30490.05890.300118.462817.449724.459
86.4576-1.8462-1.50257.06750.00674.2361-0.23910.1742-0.54850.14110.2557-0.31980.210.9167-0.25280.417-0.0261-0.06720.4931-0.03930.38924.108423.429127.3603
97.8626-6.03820.8348.2987-0.61984.8738-0.1486-0.1051-0.29280.1090.32980.1701-0.2769-0.2037-0.16630.4871-0.0287-0.04960.2827-0.01760.329316.912437.591429.9222
102.8208-0.00382.62983.1349-0.96062.511-0.27390.1296-0.2791-0.07830.23680.034-0.2225-0.17970.0360.57360.02420.09730.3775-0.06580.340817.947744.852425.0357
113.39962.36174.37744.95792.23935.6124-0.67960.2029-0.2022-0.65020.08060.3942-0.4235-0.69760.50080.62440.09440.08950.41940.01290.30547.972649.158518.1068
128.57630.62636.84333.16373.75019.0689-0.4380.63060.8814-0.09890.08850.2943-0.7789-0.10030.25910.64120.02420.01890.39410.1080.35676.121848.548610.0813
134.07842.41332.9584.53122.08975.62070.01431.37640.7105-0.06340.63910.3904-1.25230.4812-0.63860.96810.00240.09060.9233-0.0180.57318.431546.66485.7004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN X AND (RESID 1 THROUGH 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN X AND (RESID 26 THROUGH 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN X AND (RESID 49 THROUGH 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN X AND (RESID 65 THROUGH 88 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN X AND (RESID 89 THROUGH 103 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN X AND (RESID 104 THROUGH 120 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN X AND (RESID 121 THROUGH 146 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN X AND (RESID 147 THROUGH 174 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN X AND (RESID 175 THROUGH 199 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN X AND (RESID 200 THROUGH 225 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN X AND (RESID 226 THROUGH 241 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN X AND (RESID 242 THROUGH 267 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN X AND (RESID 268 THROUGH 283 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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