PDB-4c5y: Crystal structure of A. niger ochratoxinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c5y

タイトル

Crystal structure of A. niger ochratoxinase

要素

OCHRATOXINASE

キーワード

HYDROLASE / METAL-DEPENDENT AMIDOHYDROLASE / OCHRATOXIN A HYDROLYSIS / AMIDOHYDROLASE SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

ochratoxin A catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Dobritzsch, D. / Wang, H. / Schneider, G. / Yu, S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of Ochratoxinase, a Novel Mycotoxin Degrading Enzyme.
著者: Dobritzsch, D. / Wang, H. / Schneider, G. / Yu, S.

履歴

登録	2013年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c5y.cif.gz	337 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c5y.ent.gz	277.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/4c5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c5zC 4c60C 4c65C 2qs8S 2r8c PDB 未公開エントリS 3be7S 3feqS 3mtwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c5z-1 4c60-2 4c65-1 3be7-d 3dug-d 4c60-1 3mtw-2 4c65-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

ヘテロ分子

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

ヘテロ分子

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

ヘテロ分子

A: OCHRATOXINASE

B: OCHRATOXINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
375 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.240, 183.240, 78.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 45 - 480 / Label seq-ID: 3 - 438

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.1101, 0.9939, 0.000983), (0.9939, -0.1101, -0.000319), (-0.000209, 0.001012, -1)
ベクター: -91.07, 101.8, -74.08)

#1: タンパク質	OCHRATOXINASE / PROLIDASE 分子量: 46689.828 Da / 分子数: 2 断片: EXTRACELLULAR, N-TERMINALLY TRUNCATED ISOFORM, RESIDUES 43-480 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 42 RESIDUES TRUNCATED AT N-TERMINUS / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株: UVK143 / プラスミド: PGAPT-OTASE / 発現宿主: ASPERGILLUS NIGER (黒麹菌) / 株 (発現宿主): AP4 参照: UniProt: A2R2V4, Xaa-Pro dipeptidase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CRYSTALLIZED EXTRACELLULAR ISOFORM IS N-TERMINALLY TRUNCATED BY 42 AMINO ACIDS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9 詳細: 12% (W/V) PEG 3000, 0.1 M BICINE PH 9.0, 0.2 M TRI-POTASSIUM CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→72.5 Å / Num. obs: 26324 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3BE7, 3FEQ, 2R8C, 3MTW, 2QS8

2r8c
PDB 未公開エントリ

解像度: 3→67.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 34.251 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED RESIDUES A 43,A 44, B 43,B 44, B 349-351. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED. RESIDUES 334-353 ADOPT DUAL CONFORMATIONS IN BOTH ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22583	1341	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18801	-	-	-
obs	0.18999	24926	95.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→67.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6516	0	4	31	6551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6671
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.968	9036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.992	3	14649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.223	5	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.079	24.176	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.607	15	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.746	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.515	3.278	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.515	3.278	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.529	4.915	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.529	4.915	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.737	3.466	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.736	3.466	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.768	5.116	4700
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.385	31.321	28521
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.383	31.322	28517
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 25431 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	99	-
R_work	0.306	1845	-
obs	-	-	97.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9512	1.091	-0.1876	1.6707	-0.3266	2.285	0.0714	-0.1006	0.0032	0.192	-0.1981	0.2309	0.3203	-0.5297	0.1267	0.268	-0.1853	0.0871	0.2225	-0.1106	0.1776	-33.463	64.6994	-21.0411
2	1.315	-0.5487	0.0941	0.2564	0.2824	3.8384	0.0264	0.0088	-0.3239	0.0131	-0.0293	0.1326	0.4308	-0.034	0.0029	0.1093	-0.0375	0.0779	0.0269	-0.0348	0.2339	-7.8217	78.7333	-23.5361
3	3.7435	0.0969	1.6656	3.9726	-1.5472	2.3903	-0.0118	-0.2464	-0.287	0.2984	-0.0148	-0.2152	0.3053	-0.019	0.0266	0.265	-0.0353	0.0763	0.1118	-0.0456	0.0978	-9.675	69.5905	-8.3875
4	0.0321	0.1485	0.0365	1.3009	0.3831	0.1188	-0.3354	0.117	-0.0303	-0.1215	0.7268	-0.6943	0.0436	0.2991	-0.3914	1.2237	0.0796	-0.0031	1.0807	-0.0138	1.0508	-3.932	52.456	-22.1802
5	1.8718	1.9214	1.0445	2.0472	1.1087	2.5044	-0.1723	0.0651	0.0319	-0.2205	0.07	0.1401	0.2866	-0.3268	0.1023	0.1777	-0.1472	0.0013	0.2399	-0.034	0.2186	-30.648	61.0789	-52.9616
6	0.0338	-0.0393	-0.3071	1.3489	0.3148	3.2004	-0.0414	0.0398	0.007	-0.0415	0.016	0.3151	-0.0731	-0.5084	0.0254	0.0851	-0.0004	0.0121	0.1415	-0.0855	0.2608	-14.1735	85.6053	-50.4812
7	4.8614	-0.908	1.4046	2.9208	-1.3801	2.1916	-0.0887	-0.0401	0.3535	-0.074	0.1069	0.4944	-0.0099	-0.3876	-0.0182	0.1159	-0.0754	-0.0053	0.1442	-0.0259	0.1546	-25.3495	84.9079	-63.8227
8	2.9033	-2.8559	-3.2551	6.5538	2.9951	3.6611	0.7416	0.2896	0.4764	0.0348	-0.2001	-0.4685	-0.8715	-0.3325	-0.5415	0.3964	0.0169	0.0382	0.5139	-0.0185	0.3606	-37.5137	94.4963	-56.6414
9	2.4729	0.4611	0.6626	1.7472	-0.0213	2.5269	0.0863	-0.1317	-0.3746	0.1883	-0.1958	0.117	0.6841	-0.1573	0.1096	0.3695	-0.2248	0.1128	0.208	-0.0486	0.139	-25.1375	57.3153	-11.6758
10	2.125	2.1367	0.6535	4.3195	-0.3143	3.4693	0.1181	0.1422	0.0273	0.2195	-0.3539	0.5034	0.282	-0.5185	0.2359	0.2619	-0.2464	0.1029	0.4819	-0.1945	0.2626	-39.189	62.6029	-29.836
11	1.9186	0.985	-0.4966	1.8376	-0.4996	2.2974	-0.1088	0.1798	0.1017	-0.076	0.1619	0.4864	0.2111	-0.6237	-0.0531	0.1345	-0.1563	-0.0356	0.3192	-0.0299	0.2584	-37.0182	70.0953	-62.1757
12	4.5694	2.2011	-1.047	1.623	0.996	4.2476	-0.1121	0.1321	0.0346	0.1869	-0.0623	0.0982	0.5949	-0.2581	0.1743	0.3436	-0.1968	0.0567	0.2125	-0.0443	0.234	-32.8747	55.5209	-44.0898

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	186 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	255 - 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	334 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	45 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	184 - 256
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	257 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	347 - 355
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	355 - 448
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	449 - 480
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	356 - 449
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	450 - 480

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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