PDB-4c5n: Structure of the pyridoxal kinase from Staphylococcus aureus in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c5n

タイトル

Structure of the pyridoxal kinase from Staphylococcus aureus in complex with AMP-PCP and pyridoxal

要素

PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / RIBOKINASE

機能・相同性

Ribokinase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-PXL / 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / :

機能・相同性情報

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Nodwell, M. / Alte, F. / Sieber, S.A. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: A Subfamily of Bacterial Ribokinases Utilizes a Hemithioacetal for Pyridoxal Phosphate Salvage.
著者: Nodwell, M.B. / Koch, M.F. / Alte, F. / Schneider, S. / Sieber, S.A.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	4c5jSC 4c5kC 4c5lC 4c5mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c5m-1 3ibq-2 4c5k-1 4c5j-1 1vi9-2 5ilg-d 2i5b-2 6k90-d 3zs7-1 1td2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

C: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

D: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

D: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

C: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.190, 100.660, 168.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.9986, 0.0088, -0.0515), (-0.0117, 0.9983, -0.0567), (0.0509, 0.0572, 0.9971)	4.5086, -1.3277, 43.351
2	given	(-0.9952, -0.0108, -0.0977), (0.0063, -0.9989, 0.0464), (-0.0981, 0.0455, 0.9941)	-35.3184, -0.5133, 40.3711
3	given	(-0.986, -0.007, -0.1665), (0.0072, -1, -0.0004), (-0.1665, -0.0016, 0.986)	-23.6436, -1.6405, -1.9464

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE / PYRIDOXAL KINASE 分子量: 29811.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: MU50 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C8MK44, pyridoxal kinase

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非ポリマー , 5種, 328分子

#2: 化合物	ChemComp-PXL / 3-HYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLISONICOTINALDEHYDE / PYRIDOXAL / ピリドキサ-ル分子量: 167.162 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉NO₃
#3: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-UEG / 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / 2-メチル-3-オキシラト-4,5-ビス(ヒドロキシメチル)ピリジニウム分子量: 169.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	FIRST AMINOACID IS A GLY INSTEAD OF MET DUE TO REMOVAL OF THE AFFINITY TAG

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 50MM HEPES PH7.6, 2M NH4SO4

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48.26 Å / Num. obs: 107272 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C5J

4c5j

解像度: 1.75→48.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 6.545 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25333	5340	5 %	RANDOM
R_work	0.20427	-	-	-
obs	0.2067	101932	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.636 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8109	0	207	313	8629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	8592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.938	1.993	11719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	18657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.724	5	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.96	26.179	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.456	15	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.804	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.241	1.404	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.241	1.404	4315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.788	2.095	5390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.122	1.708	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.748→1.793 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	400	-
R_work	0.327	7254	-
obs	-	-	97.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9929	-0.1996	-0.0301	1.4918	0.0204	0.7791	-0.0483	-0.0269	-0.064	0.2357	0.0091	0.2106	-0.0132	-0.033	0.0392	0.1347	-0.0032	0.0691	0.072	0.0078	0.1054	-18.1375	-4.8867	41.5021
2	1.297	0.0899	-0.8251	3.22	0.2321	1.2756	-0.012	-0.1609	-0.1679	0.3307	-0.0539	0.1975	0.0671	0.0599	0.0659	0.0671	-0.0339	0.0692	0.0824	0.0142	0.1595	-24.332	-22.0009	41.4476
3	6.1464	0.9916	-1.5791	4.4479	-0.0824	2.2092	-0.2341	0.0051	-0.3169	-0.2603	0.0427	-0.0646	0.166	0.075	0.1914	0.0769	-0.0228	0.048	0.0595	-0.056	0.1865	-19.5752	-28.2144	28.9042
4	1.1251	-0.0662	-0.4717	1.5296	-0.156	0.6772	-0.0785	0.1352	-0.1849	-0.061	0.0113	0.0347	0.1182	0.016	0.0672	0.0642	-0.0085	0.0333	0.0785	-0.0265	0.0949	-11.5644	-15.5342	26.53
5	1.004	0.1128	-0.1691	1.2328	0.197	1.0227	0.008	-0.1127	-0.0669	0.1812	-0.0345	0.0835	0.0517	-0.0049	0.0266	0.1142	-0.0107	-0.002	0.0846	0.0025	0.0829	-24.8668	-5.7421	0.4538
6	1.2445	-0.4175	-0.4785	3.4462	0.0384	1.5411	-0.0518	-0.2291	-0.1753	0.4212	-0.0363	0.1257	0.1428	0.1699	0.0881	0.1161	-0.0062	0.0123	0.0807	0.0177	0.1086	-27.4841	-24.0786	-0.6342
7	8.1545	-1.6944	-1.4846	5.4007	0.1043	3.3008	0.2365	-0.0329	-0.1047	-0.0674	-0.1995	-0.2328	0.4508	0.4045	-0.0369	0.1476	0.0287	-0.046	0.0869	0.0011	0.0857	-23.6229	-26.3387	-7.6242
8	1.0925	0.4881	0.1216	1.5057	0.0294	0.2106	0.0251	0.0965	-0.1342	-0.1134	-0.0551	-0.101	0.1336	0.0534	0.03	0.1206	0.0172	0.0103	0.079	-0.0196	0.0808	-18.4273	-18.0308	-14.9715
9	0.663	0.1989	-0.0879	0.826	-0.1258	0.6536	0.0327	-0.0927	0.0181	0.1067	-0.0503	-0.02	-0.0322	0.0472	0.0176	0.0849	-0.007	-0.0168	0.0931	-0.0038	0.0642	-16.6659	5.5109	-0.03
10	2.1478	-0.0237	0.1398	2.1986	-0.0288	3.0941	0.0243	-0.2432	-0.042	0.1826	-0.0481	-0.0635	-0.2459	0.0914	0.0238	0.0822	-0.059	-0.0313	0.1135	0.0189	0.0669	-7.6911	16.8638	0.6555
11	1.8832	0.1907	1.2511	1.5052	0.0593	2.1846	-0.0553	-0.0743	0.1805	-0.1621	-0.0412	0.0116	-0.1862	-0.0463	0.0965	0.0764	-0.0224	-0.0201	0.0532	0.0114	0.0796	-15.9907	28.5743	-10.8112
12	1.3771	0.297	0.2808	1.4596	-0.2309	0.8644	-0.0199	0.0529	0.0575	-0.1447	-0.0009	0.0678	-0.0816	-0.0087	0.0208	0.1072	-0.0036	-0.0244	0.0778	-0.0001	0.0536	-22.1383	13.6593	-16.4299
13	0.7068	0.4576	-0.1654	1.6183	-0.1907	0.6174	-0.0074	-0.0472	0.0378	0.264	-0.0264	0.0497	-0.0668	0.0373	0.0338	0.1428	-0.0015	0.0233	0.0647	0.0045	0.0531	-11.8098	4.6309	42.7831
14	1.3256	-0.2523	0.4649	3.3947	-0.1128	1.2969	0.0083	-0.1317	0.0643	0.4011	-0.0488	0.049	-0.0216	-0.0956	0.0406	0.1509	-0.044	0.0222	0.1163	-0	0.0677	-6.9055	19.8244	42.4444
15	3.4374	-0.0198	0.4469	2.6296	0.2228	1.669	-0.0017	0.0355	0.1928	0.0604	-0.0422	0.0976	-0.0754	-0.0681	0.0439	0.1132	-0.0128	0.0432	0.1055	0.0129	0.0799	-9.1335	27.6474	32.6039
16	0.9213	0.2915	0.1564	2.019	-0.0408	0.3773	-0.0297	0.0069	0.0432	-0.1024	0.0193	0.1979	-0.0511	-0.0661	0.0104	0.1105	-0.0288	0.0005	0.0923	0.0098	0.0562	-15.9262	14.8869	26.1869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 199
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	200 - 276
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	97 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	184 - 276
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 86
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	87 - 137
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	138 - 203
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	204 - 276
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 88
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	89 - 156
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	157 - 194
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	195 - 276

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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