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- PDB-4c5d: Crystal structure of Bcl-xL in complex with benzoylurea compound (42) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c5d
タイトルCrystal structure of Bcl-xL in complex with benzoylurea compound (42)
要素BCL-2-LIKE PROTEIN 1
キーワードAPOPTOSIS / BCL-2
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X0R / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roy, M.J. / Brady, R.M. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: De-Novo Designed Library of Benzoylureas as Inhibitors of Bcl-Xl: Synthesis, Structural and Biochemical Characterization.
著者: Brady, R.M. / Vom, A. / Roy, M.J. / Toovey, N. / Smith, B.J. / Moss, R.M. / Hazis, E. / Huang, D.C.S. / Parisot, J.P. / Yang, H. / Street, I.P. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. / Baell, J.B. / Lessene, G.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,26420
ポリマ－35,8362
非ポリマー2,42818
水1,820101
1
A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,52840
ポリマ－71,6724
非ポリマー4,85636
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area19350 Å2
ΔGint-210.9 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.138, 64.138, 132.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2045-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BCL-2-LIKE PROTEIN 1 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 17917.959 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-26,83-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-X0R / (R)-3-(4-BROMOBENZYLTHIO)-2-(3-(3-((2,4-DIFLUOROPHENYL)ETHYNYL)BENZOYL)-3-PROPYLUREIDO)PROPANOIC ACID / (R)-2-[3-プロピル-3-[3-[(2,4-ジフルオロフェニル)エチニル]ベンゾイル]ウレイド]-3-[(4-ブ(以下略)


分子量: 615.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25BrF2N2O4S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
解説: LIGAND WAS REMOVED FROM STARTING MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT. INITIAL REFINEMENT INCLUDED ONE ROUND OF SIMULATED ANNEALING.
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES PH 6.5, 25% (V/V) ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.956591
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日 / 詳細: BEAMLINE OPTICS
放射モノクロメーター: BEAMLINE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956591 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14561 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 30.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 11.27
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 7.88 % / Rmerge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C52

4c52


解像度: 2.3→44.125 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 752 5.2 %
Rwork0.1661 --
obs0.1699 14557 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2333 0 148 101 2582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3063412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.619882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3002-2.47770.29371460.22912666X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.72710.26561510.21522704X-RAY DIFFRACTION100
2.7271-3.12160.29791590.18172744X-RAY DIFFRACTION100
3.1216-3.93250.23311560.14362761X-RAY DIFFRACTION100
3.9325-44.13340.19431400.14452930X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.6892 Å / Origin y: -20.8476 Å / Origin z: -32.4325 Å
111213212223313233
T0.1503 Å2-0.0148 Å2-0.0201 Å2-0.1892 Å2-0.0141 Å2--0.2278 Å2
L0.721 °20.2364 °2-0.8664 °2-0.4601 °2-0.3972 °2--2.8094 °2
S-0.0332 Å °0.0347 Å °-0.068 Å °0.0036 Å °-0.0328 Å °-0.0212 Å °0.1329 Å °-0.141 Å °0.0688 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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