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- PDB-4c55: Crystal structure of serum-derived human IgG4 Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c55
タイトルCrystal structure of serum-derived human IgG4 Fc
要素IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / IGG / ANTIBODY / IMMUNOGLOBULIN / IGG1
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis ...IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Davies, A.M. / Rispens, T. / Ooijevaar-deHeer, P. / Gould, H.J. / Jefferis, R. / Aalberse, R.C. / Sutton, B.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Determinants of Unique Properties of Human Igg4-Fc
著者: Davies, A.M. / Rispens, T. / Ooijevaar-Deheer, P. / Gould, H.J. / Jefferis, R. / Aalberse, R.C. / Sutton, B.J.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
B: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9679
ポリマ－49,2852
非ポリマー3,6827
水1,29772
1
A: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5885
ポリマ－24,6431
非ポリマー1,9454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: IG GAMMA-4 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3794
ポリマ－24,6431
非ポリマー1,7373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.298, 80.738, 99.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 IG GAMMA-4 CHAIN C REGION / IGG4


分子量: 24642.734 Da / 分子数: 2 / 断片: FC FRAGMENT, RESIDUES 110-327 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01861

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-6-deoxy-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1479.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 77分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 % / 解説: RPIM VALUES OF 0.032 OVERALL AND 0.696 OUTER SHELL
結晶化pH: 6.5 / 詳細: MES PH6.5. 18-20% PEG 20 000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器日付: 2010年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→80.74 Å / Num. obs: 25471 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 60.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
XDSIN XIA2 PACKAGEデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C54

4c54


解像度: 2.35→49.595 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1279 5 %
Rwork0.1879 --
obs0.1903 25411 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 232 72 3488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1234843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.3511354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.44410.37841500.31612613X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.55530.33711370.2842662X-RAY DIFFRACTION100
2.5553-2.690.32731280.26372653X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.85860.31311500.24642624X-RAY DIFFRACTION100
2.8586-3.07920.29031420.24122676X-RAY DIFFRACTION100
3.0792-3.38910.30771420.21442683X-RAY DIFFRACTION100
3.3891-3.87930.24021410.19012689X-RAY DIFFRACTION100
3.8793-4.88680.20661380.1472722X-RAY DIFFRACTION100
4.8868-49.6060.18181510.15742810X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.26740.2972-1.30453.3312-0.57851.84470.06830.8704-0.1613-0.4145-0.14210.34390.0287-0.28130.08470.4028-0.001-0.14710.479-0.18630.468970.196194.9015-2.8645
25.561-1.51281.17654.2956-1.2575.2028-0.3957-0.4933-0.11930.85980.0570.6331-0.356-0.25690.30130.52040.01480.19060.4418-0.07420.424368.229288.675428.2899
35.97340.7622-0.51356.45730.14886.9494-0.51830.9358-0.4366-0.43910.02010.49690.3757-0.40320.43050.4672-0.0090.08890.6118-0.06360.45789.023369.328911.5839
44.68461.3438-0.80134.1476-1.9274.7422-0.2660.2597-0.6177-0.2184-0.5013-0.0871.39120.58090.87240.7253-0.08190.25190.77620.15570.662991.220863.905412.7598
57.11441.4092.72235.98611.74967.967-0.22320.3158-0.7004-0.6397-0.20130.21410.9021-0.01680.41150.7951-0.03760.19680.6780.04560.546594.179364.70942.6308
64.0410.6956-0.63713.38112.34673.3541-0.50710.73540.1936-1.0174-0.14190.44190.54231.03780.22871.0009-0.04590.16530.83340.09180.435798.203171.4977-0.1868
76.53050.1275-0.72491.8312-0.08781.9109-0.4182-0.6172-0.63240.94990.19890.56260.0353-0.00190.16990.70360.08780.38060.4280.09830.814377.789378.495330.9394
84.4307-1.22160.15652.5128-0.56893.6287-0.1097-0.3535-0.91980.69130.02540.71680.03350.05770.10820.50480.02670.23550.53130.05820.630777.576874.179527.2717
90.6451-0.74510.02991.22950.61720.9874-0.6516-0.4746-1.14560.5471-0.17961.6987-0.1243-0.2058-0.3760.35440.02170.59630.69510.14611.225369.186373.016830.9495
107.8060.5969-1.6980.71831.00833.11670.1399-0.8978-1.0611.6390.34830.682-0.19990.31250.00130.70850.12190.35220.74190.32680.739481.40769.539634.7366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 237 THROUGH 346
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 347 THROUGH 444
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 238 THROUGH 251
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 252 THROUGH 264
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 265 THROUGH 315
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 316 THROUGH 336
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESID 337 THROUGH 361
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESID 362 THROUGH 403
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESID 404 THROUGH 418
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESID 419 THROUGH 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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