PDB-4c4u: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c4u

タイトル

Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus E12Q mutant in the reduced form

要素

SUPEROXIDE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OXYGEN DETOXIFICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide reductase / superoxide reductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.583 Å

データ登録者

Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Understanding the Role of Key Residues in the Superoxide Reductase Molecular Mechanism, Exploring Archaeoglobus Fulgidus Sor Structure
著者: Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P. / Romao, C.V.

履歴

登録	2013年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c4u.cif.gz	757.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c4u.ent.gz	637.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c4u_validation.pdf.gz	547.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c4u_full_validation.pdf.gz	573.9 KB	表示
XML形式データ	4c4u_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	4c4u_validation.cif.gz	94.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/4c4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bffC 4bfjC 4bfkC 4c4bC 4bglS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bff-4 4bff-2 4bff-3 4bfk-d 4bff-1 4bgl-d 2gtc-d 1dqi-d 4pa4-1 6mge-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SUPEROXIDE REDUCTASE

B: SUPEROXIDE REDUCTASE

C: SUPEROXIDE REDUCTASE

D: SUPEROXIDE REDUCTASE

E: SUPEROXIDE REDUCTASE

F: SUPEROXIDE REDUCTASE

G: SUPEROXIDE REDUCTASE

H: SUPEROXIDE REDUCTASE

I: SUPEROXIDE REDUCTASE

J: SUPEROXIDE REDUCTASE

K: SUPEROXIDE REDUCTASE

L: SUPEROXIDE REDUCTASE

M: SUPEROXIDE REDUCTASE

N: SUPEROXIDE REDUCTASE

O: SUPEROXIDE REDUCTASE

P: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

220 kDa, 16 ポリマー
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1

E: SUPEROXIDE REDUCTASE

F: SUPEROXIDE REDUCTASE

G: SUPEROXIDE REDUCTASE

H: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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2

I: SUPEROXIDE REDUCTASE

J: SUPEROXIDE REDUCTASE

K: SUPEROXIDE REDUCTASE

L: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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3

M: SUPEROXIDE REDUCTASE

N: SUPEROXIDE REDUCTASE

O: SUPEROXIDE REDUCTASE

P: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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4

A: SUPEROXIDE REDUCTASE

B: SUPEROXIDE REDUCTASE

C: SUPEROXIDE REDUCTASE

D: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.158, 108.317, 188.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND CHAIN B AND CHAIN C AND CHAIN...
2	1	1	CHAIN P

#1: タンパク質	SUPEROXIDE REDUCTASE / SOR 分子量: 13711.564 Da / 分子数: 16 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / プラスミド: PT7-7/NAFE12QA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: O29903, superoxide reductase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 AND 12% PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→47.9 Å / Num. obs: 64229 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	PROGRAM PACKAGE	データ削減
XDS	PROGRAM PACKAGE	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BGL

4bgl

解像度: 2.583→47.947 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.17 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED WITH TORSION ANGLE NCS RESTRAINTS. SEE HEADD JJ, ECHOLS N, AFONINE PV, GROSSE- KUNSTLEVE RW, CHEN VB, MORIARTY NW, RICHARDSON DC, RICHARDSON JS, ADAMS PD. USE OF ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3164	3249	5.1 %
R_work	0.2481	-	-
obs	0.2516	64094	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.583→47.947 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15216	0	16	262	15494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	15744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.401	21472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.465	5456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2720

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	P	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5826-2.6211	0.3844	128	0.3347	2545	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6211-2.6621	0.4282	137	0.322	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6621-2.7057	0.3734	139	0.3073	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7057-2.7524	0.3938	125	0.3136	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7524-2.8024	0.3984	142	0.2934	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8024-2.8563	0.3496	169	0.2974	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8563-2.9146	0.352	138	0.3025	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9146-2.978	0.3427	119	0.3032	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.978-3.0472	0.4019	124	0.2859	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0472-3.1234	0.3479	152	0.2683	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1234-3.2079	0.3479	130	0.2714	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2079-3.3022	0.3629	150	0.2676	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3022-3.4088	0.2922	144	0.254	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4088-3.5306	0.3315	134	0.2545	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5306-3.6719	0.3482	141	0.2528	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6719-3.8389	0.3524	156	0.2417	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8389-4.0412	0.3142	146	0.2322	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0412-4.2943	0.2389	152	0.1986	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2943-4.6256	0.2319	143	0.1882	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6256-5.0906	0.2424	147	0.1791	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0906-5.8262	0.2895	137	0.2058	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8262-7.3361	0.2838	140	0.2247	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3361-47.9552	0.2564	156	0.2273	2815	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.406	-0.7218	-0.3235	3.2111	0.3743	1.3723	0.0877	-0.0582	0.2188	-0.3264	0.2179	-0.3541	-0.3093	-0.0346	-0.1391	0.4826	0.1317	-0.0618	0.2062	0.0372	0.6845	11.4683	-14.6223	-12.9974
2	1.4947	-1.8318	-0.6329	2.4448	0.9687	0.4613	0.143	-0.1126	0.1701	-0.0859	0.1696	-0.1237	-0.0034	-0.0399	-0.0648	0.2557	0.003	0.0798	0.1916	0.1089	0.4322	25.7964	-23.0965	-4.0509
3	0.9424	-0.568	-0.4244	1.6287	1.0468	1.0527	0.05	-0.2244	0.1403	-0.0729	-0.1469	-0.0623	-0.0651	0.0272	0.0517	0.2025	0.0534	0.0159	-0.0032	0.0434	0.3931	10.3609	-22.621	-1.4304
4	1.1783	0.1675	0.5373	0.4226	-0.7265	2.3191	0.2443	0.161	-0.0227	-0.2161	-0.2334	-0.0182	-0.0346	0.4898	0.094	0.3474	-0.0302	-0.1154	0.0703	0.0815	0.1744	17.8454	-24.8244	-9.5624
5	0.364	0.0496	0.3876	2.7776	-0.8093	1.4913	0.0876	-0.222	-0.012	0.0995	-0.1647	-0.194	0.0026	0.1323	0.0419	0.5944	-0.1724	-0.0393	0.3697	0.2854	0.6714	20.3194	-41.7596	16.3715
6	2.9551	0.437	0.0465	2.1524	-1.2077	3.2162	-0.0388	0.1094	0.6409	0.1227	0.0435	0.0186	-0.3518	-0.1383	0.0325	0.1801	0.0448	-0.1177	0.5568	-0.033	0.4633	22.1862	-22.2484	13.9076
7	1.5	-1.0958	-0.6846	1.5694	0.6265	1.3388	0.0164	-0.1533	-0.0094	0.166	0.1387	-0.3936	0.1788	0.2005	-0.055	0.2227	0.1333	-0.0185	0.1905	0.2127	0.5504	15.7678	-32.2046	9.5932
8	0.0411	-0.1131	0.1051	0.669	-0.3725	0.2848	0.0387	0.0322	-0.0331	-0.2172	0.0131	-0.0418	0.1083	0.0118	0.0156	0.2007	0.126	-0.0342	0.1089	0.2617	0.5501	23.6215	-40.9326	-7.4948
9	1.3353	-0.2295	0.0098	0.4589	0.6516	1.1622	0.1715	-0.2301	-0.0071	0.1164	-0.2447	0.0647	-0.0148	-0.062	0.0401	0.4111	-0.0705	0.0469	0.1281	0.0138	0.3966	14.1265	-20.6956	11.9095
10	0.045	-0.0554	-0.1009	1.09	0.2136	0.1877	0.033	-0.1182	-0.0752	0.263	0.1305	0.1019	0.1233	-0.0978	0.0305	0.2733	0.087	-0.0689	0.2688	0.3223	0.5533	15.1309	-35.8453	14.0022
11	1.4407	0.1495	0.1928	0.0999	0.1794	1.4693	-0.0679	0.2422	-0.5226	-0.4369	0.1894	-0.2176	0.0964	-0.0909	-0.0979	0.4582	-0.0081	0.0895	0.3178	0.0952	0.5937	9.2655	-40.5075	-22.1939
12	0.271	-0.0585	0.5157	2.9012	0.2847	2.9469	0.0082	-0.1663	-0.2006	0.393	-0.0976	0.5332	-0.0506	-0.6238	0.0706	0.3186	-0.0265	0.0641	0.6037	0.1886	0.8557	-10.5281	-37.9025	-11.7638
13	1.406	-1.6262	0.0527	2.4896	0.0559	0.5769	0.17	0.2136	-0.2205	-0.3026	-0.2278	0.1259	0.2712	0.0876	-0.0087	0.2152	0.1311	0.0422	0.1765	0.1561	0.6824	3.1682	-36.2421	-11.5891
14	0.0342	-0.0724	-0.01	0.5104	-0.0975	0.0457	-0.0161	-0.0388	-0.1972	-0.1708	-0.0114	0.0181	0.163	0.0376	-0.0756	0.2656	-0.0617	0.0784	0.0207	0.1259	0.6362	11.6823	-51.5964	-2.6
15	0.2561	-0.0081	-0.0341	0.4988	-0.0845	0.2067	-0.1393	0.0218	0.0203	-0.0493	0.0214	0.1491	0.0701	-0.09	-0.3034	0.3796	-0.0355	0.0594	0.1503	0.2123	0.3075	-0.8842	-33.7235	-14.0244
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精密化 TLSグループ

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7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 25 THROUGH 70 )
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14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 71 THROUGH 90 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 91 THROUGH 124 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 2 THROUGH 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESID 35 THROUGH 63 )
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20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESID 16 THROUGH 34 )
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN F AND (RESID 16 THROUGH 24 )
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN F AND (RESID 71 THROUGH 124 )
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31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN G AND (RESID 86 THROUGH 124 )
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN H AND (RESID 16 THROUGH 34 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN H AND (RESID 35 THROUGH 57 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN H AND (RESID 58 THROUGH 70 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN H AND (RESID 71 THROUGH 113 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN H AND (RESID 114 THROUGH 124 )
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN I AND (RESID 16 THROUGH 34 )
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN I AND (RESID 58 THROUGH 70 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN I AND (RESID 71 THROUGH 90 )
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN I AND (RESID 102 THROUGH 124 )
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48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN J AND (RESID 48 THROUGH 70 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN J AND (RESID 71 THROUGH 80 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN J AND (RESID 81 THROUGH 110 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN J AND (RESID 111 THROUGH 124 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN K AND (RESID 2 THROUGH 16 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN K AND (RESID 17 THROUGH 24 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN K AND (RESID 25 THROUGH 33 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN K AND (RESID 34 THROUGH 47 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN K AND (RESID 48 THROUGH 70 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN K AND (RESID 71 THROUGH 90 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN K AND (RESID 91 THROUGH 124 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN L AND (RESID 2 THROUGH 15 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN L AND (RESID 16 THROUGH 23 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN L AND (RESID 24 THROUGH 34 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN L AND (RESID 35 THROUGH 70 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN L AND (RESID 71 THROUGH 113 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN L AND (RESID 114 THROUGH 124 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN M AND (RESID 2 THROUGH 15 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN M AND (RESID 16 THROUGH 34 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN M AND (RESID 35 THROUGH 63 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN M AND (RESID 64 THROUGH 90 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN M AND (RESID 91 THROUGH 101 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN M AND (RESID 102 THROUGH 113 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN M AND (RESID 114 THROUGH 124 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN N AND (RESID 2 THROUGH 15 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	CHAIN N AND (RESID 16 THROUGH 24 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	CHAIN N AND (RESID 25 THROUGH 34 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	CHAIN N AND (RESID 35 THROUGH 47 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	CHAIN N AND (RESID 48 THROUGH 70 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	CHAIN N AND (RESID 71 THROUGH 90 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	CHAIN N AND (RESID 91 THROUGH 101 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	CHAIN N AND (RESID 102 THROUGH 124 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	CHAIN O AND (RESID 2 THROUGH 16 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	CHAIN O AND (RESID 17 THROUGH 33 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	CHAIN O AND (RESID 34 THROUGH 47 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	CHAIN O AND (RESID 48 THROUGH 57 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	CHAIN O AND (RESID 58 THROUGH 70 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	CHAIN O AND (RESID 71 THROUGH 124 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	CHAIN P AND (RESID 2 THROUGH 15 )
87	X-RAY DIFFRACTION	87	CHAIN P AND (RESID 16 THROUGH 34 )
88	X-RAY DIFFRACTION	88	CHAIN P AND (RESID 35 THROUGH 47 )
89	X-RAY DIFFRACTION	89	CHAIN P AND (RESID 48 THROUGH 90 )
90	X-RAY DIFFRACTION	90	CHAIN P AND (RESID 91 THROUGH 114 )
91	X-RAY DIFFRACTION	91	CHAIN P AND (RESID 115 THROUGH 124 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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