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Yorodumi- PDB-4bff: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus i... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4bff | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus in the reduced form | ||||||
Components | SUPEROXIDE REDUCTASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / OXYGEN DETOXIFICATION | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (archaea) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V. | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Understanding the Role of Key Residues in the Superoxide Reductase Molecular Mechanism, Exploring Archaeoglobus Fulgidus Sor Structure Authors: Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2010 Title: Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Analysis of Archaeoglobus Fulgidus Neelaredoxin. Authors: Bandeiras, T.M. / Romao, C.V. / Rodrigues, J.V. / Teixeira, M. / Matias, P.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4bff.cif.gz | 795.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4bff.ent.gz | 665.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4bff.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4bff_validation.pdf.gz | 495.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4bff_full_validation.pdf.gz | 503.1 KB | Display | |
| Data in XML | 4bff_validation.xml.gz | 82.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 4bff_validation.cif.gz | 117.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/4bff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/4bff | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4bfjC ![]() 4bfkC ![]() 4c4bC ![]() 4c4uC ![]() 4bglS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13712.549 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (archaea) / Plasmid: PT7AFNLR / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.57 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 4.6 Details: 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 0.2M AMMONIUM SULPHATE AND 20% (V/V) PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→48.11 Å / Num. obs: 130629 / % possible obs: 90.4 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.3 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4BGL Resolution: 2→48.11 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.37 / Phase error: 28.91 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 33.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.11 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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