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- PDB-4bff: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bff | ||||||
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Title | Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus in the reduced form | ||||||
![]() | SUPEROXIDE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXYGEN DETOXIFICATION | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Understanding the Role of Key Residues in the Superoxide Reductase Molecular Mechanism, Exploring Archaeoglobus Fulgidus Sor Structure Authors: Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2010 Title: Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Analysis of Archaeoglobus Fulgidus Neelaredoxin. Authors: Bandeiras, T.M. / Romao, C.V. / Rodrigues, J.V. / Teixeira, M. / Matias, P.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 82.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 117.4 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4bfjC ![]() 4bfkC ![]() 4c4bC ![]() 4c4uC ![]() 4bglS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13712.549 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.57 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 Details: 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 0.2M AMMONIUM SULPHATE AND 20% (V/V) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→48.11 Å / Num. obs: 130629 / % possible obs: 90.4 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4BGL Resolution: 2→48.11 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.37 / Phase error: 28.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→48.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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