[日本語] English
万見
- PDB-4c48: Crystal structure of AcrB-AcrZ complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c48
タイトルCrystal structure of AcrB-AcrZ complex
要素
  • ACRIFLAVINE RESISTANCE PROTEIN B
  • DARPIN
  • UNCHARACTERIZED MEMBRANE PROTEIN YBHT
キーワードTRANSPORT PROTEIN / DRUG EFFLUX / TRANSMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / cell outer membrane / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2480 / : / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2480 / : / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Ankyrin repeat-containing domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Du, D. / James, N. / Klimont, E. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the AcrAB-TolC multidrug efflux pump.
著者: Dijun Du / Zhao Wang / Nathan R James / Jarrod E Voss / Ewa Klimont / Thelma Ohene-Agyei / Henrietta Venter / Wah Chiu / Ben F Luisi /
要旨: The capacity of numerous bacterial species to tolerate antibiotics and other toxic compounds arises in part from the activity of energy-dependent transporters. In Gram-negative bacteria, many of ...The capacity of numerous bacterial species to tolerate antibiotics and other toxic compounds arises in part from the activity of energy-dependent transporters. In Gram-negative bacteria, many of these transporters form multicomponent 'pumps' that span both inner and outer membranes and are driven energetically by a primary or secondary transporter component. A model system for such a pump is the acridine resistance complex of Escherichia coli. This pump assembly comprises the outer-membrane channel TolC, the secondary transporter AcrB located in the inner membrane, and the periplasmic AcrA, which bridges these two integral membrane proteins. The AcrAB-TolC efflux pump is able to transport vectorially a diverse array of compounds with little chemical similarity, thus conferring resistance to a broad spectrum of antibiotics. Homologous complexes are found in many Gram-negative species, including in animal and plant pathogens. Crystal structures are available for the individual components of the pump and have provided insights into substrate recognition, energy coupling and the transduction of conformational changes associated with the transport process. However, how the subunits are organized in the pump, their stoichiometry and the details of their interactions are not known. Here we present the pseudo-atomic structure of a complete multidrug efflux pump in complex with a modulatory protein partner from E. coli. The model defines the quaternary organization of the pump, identifies key domain interactions, and suggests a cooperative process for channel assembly and opening. These findings illuminate the basis for drug resistance in numerous pathogenic bacterial species.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACRIFLAVINE RESISTANCE PROTEIN B
B: DARPIN
C: UNCHARACTERIZED MEMBRANE PROTEIN YBHT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,66513
ポリマ－137,0113
非ポリマー4,65410
水63135
1
A: ACRIFLAVINE RESISTANCE PROTEIN B
B: DARPIN
C: UNCHARACTERIZED MEMBRANE PROTEIN YBHT
ヘテロ分子

A: ACRIFLAVINE RESISTANCE PROTEIN B
B: DARPIN
C: UNCHARACTERIZED MEMBRANE PROTEIN YBHT
ヘテロ分子

A: ACRIFLAVINE RESISTANCE PROTEIN B
B: DARPIN
C: UNCHARACTERIZED MEMBRANE PROTEIN YBHT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,99539
ポリマ－411,0339
非ポリマー13,96330
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
Buried area44080 Å2
ΔGint-263.6 kcal/mol
Surface area170090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.010, 145.010, 538.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ACRIFLAVINE RESISTANCE PROTEIN B / ACRB


分子量: 113388.898 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-1047 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 解説: NOVAGEN / Variant: NOVABLUE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPIN


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 解説: NOVAGEN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 10分子 C

#3: タンパク質・ペプチド UNCHARACTERIZED MEMBRANE PROTEIN YBHT / ACRZ


分子量: 5304.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. W3110
発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: P0AAW9
#4: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 2種, 36分子

#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 % / 解説: CHAIN A
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALLISATION SOLUTION 100 MM HEPES, PH 7.5, 10 MM MGCL2 AND 12% (W/V) PEG 3350. SAMPLE BUFFER 10 MM HEPES PH: 7.5, 50 MM SODIUM CHLORIDE, 0.03% DDM N-DODECYL BETA-D-MALTOPYRANOSIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 33271 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.3→3.46 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DX5

4dx5


解像度: 3.3→29.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 31.407 / SU ML: 0.518 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.59 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. PORTIONS OF ACRB AND DARPIN WERE DISORDERED AND WERE MODELLED STEREOCHEMICALLY. THE N AND C TERMINI OF ACRZ ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. PORTIONS OF ACRB AND DARPIN WERE DISORDERED AND WERE MODELLED STEREOCHEMICALLY. THE N AND C TERMINI OF ACRZ ARE NOT AS WELL ORGANISED AS THE CENTRAL REGION AND HAVE HIGHER B FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 1656 5 %RANDOM
Rwork0.28142 ---
obs0.28343 31614 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.041 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å21.22 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----3.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9259 0 96 35 9390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.97512903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.786321557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.81251226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56924.823367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.149151560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3781538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 123 -
Rwork0.34 2254 -
obs--99.96 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る