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- PDB-4c47: Salmonella enterica trimeric lipoprotein SadB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c47
タイトルSalmonella enterica trimeric lipoprotein SadB
要素INNER MEMBRANE LIPOPROTEIN
キーワードCELL ADHESION / BACTERIAL ADHESION / MEMBRANE TRAFFICKING / MEMBRANE INSERTION / AUTOTRANSPORT / POLAR CORE RESIDUES
機能・相同性Lipoprotein YajI-like / Lipoprotein YajI-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3251) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / plasma membrane / Inner membrane lipoprotein SadB
機能・相同性情報
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.448 Å
データ登録者Grin, I. / Linke, D. / Hartmann, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: A Trimeric Lipoprotein Assists in Trimeric Autotransporter Biogenesis in Enterobacteria.
著者: Grin, I. / Hartmann, M.D. / Sauer, G. / Hernandez Alvarez, B. / Schutz, M. / Madlung, J. / Macek, B. / Felipe-Lopez, A. / Hensel, M. / Lupas, A. / Linke, D.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INNER MEMBRANE LIPOPROTEIN
B: INNER MEMBRANE LIPOPROTEIN
C: INNER MEMBRANE LIPOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1973
ポリマ－71,1973
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area29630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.450, 118.450, 159.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 INNER MEMBRANE LIPOPROTEIN / LIPOPROTEIN SADB


分子量: 23732.359 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 23-227 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM STR. LT2 (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL65
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 20% (W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→39.5 Å / Num. obs: 30586 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.04 % / Biso Wilson estimate: 63.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 3.93 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.448→39.52 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 28.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 1530 5 %
Rwork0.2043 --
obs0.2061 30586 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.448→39.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4499 0 0 28 4527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7426186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7051725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4482-2.52730.31181380.29822620X-RAY DIFFRACTION98
2.5273-2.61760.29911400.28052654X-RAY DIFFRACTION100
2.6176-2.72230.3411380.26322618X-RAY DIFFRACTION100
2.7223-2.84620.29831390.26242650X-RAY DIFFRACTION100
2.8462-2.99620.31921410.25552673X-RAY DIFFRACTION100
2.9962-3.18390.31661380.25912624X-RAY DIFFRACTION100
3.1839-3.42960.28791390.23982639X-RAY DIFFRACTION100
3.4296-3.77450.23461400.21292663X-RAY DIFFRACTION100
3.7745-4.320.24341380.18852632X-RAY DIFFRACTION100
4.32-5.44050.20221400.16252645X-RAY DIFFRACTION100
5.4405-39.52470.18961390.17512638X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.40720.42441.06584.48163.8134.0396-0.16720.5709-0.41940.6247-0.44750.8105-1.2541-0.14060.15231.3282-0.0533-0.02241.0843-0.43591.362812.791580.5787130.4142
21.6376-1.5298-1.85335.6062.34477.843-0.3557-0.30880.28730.25-0.23890.5713-0.4564-0.01660.28520.6149-0.0409-0.0590.6506-0.26541.202813.754768.6657110.085
32.36120.36580.54532.45551.60555.8119-0.3815-0.10340.575-0.344-0.06430.2749-0.36930.18510.41180.519-0.0425-0.01270.3949-0.09280.810514.281453.912985.3441
40.8364-0.3053-0.93283.16253.82754.40360.17150.1314-0.20790.0963-0.27070.18780.49720.02260.23250.8138-0.02580.02960.61750.00110.731212.170640.301561.5955
53.2741.7324-1.76586.85971.83764.33050.09770.14670.8524-0.243-0.0710.077-0.645-0.0741-0.1550.57350.1556-0.10050.29670.02750.77422.841444.379338.13
68.6876-3.4764-2.69142.60232.11413.1662-0.39190.2146-1.21440.28510.18210.79260.3467-0.27650.17240.51720.09050.01420.4398-0.01811.0689-6.865834.595844.6728
73.9811-0.96370.74015.7285-1.96336.1383-0.1811-0.3253-0.82810.7289-0.08830.08680.98380.47450.33710.96970.16590.01390.3607-0.01820.979117.779916.18750.3731
84.87710.3513-3.43510.0081-0.22392.4733-0.2746-0.15950.00121.29750.3271-0.2839-0.23611.0073-0.14991.18320.071-0.19850.5667-0.07021.112232.557253.822756.7807
96.93042.63042.2034.44445.61627.2304-0.0842-1.4970.79170.87820.12150.5956-1.08860.3590.30620.99810.2840.01091.0815-0.29471.154-10.540449.800161.5495
104.46530.7663-1.46182.9623-3.05453.2555-0.4325-0.56850.44710.2319-0.6175-0.8034-0.53120.6933-0.04962.38570.006-0.09471.17420.29650.955717.296815.163472.0641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESSEQ 23:35) OR (CHAIN B AND RESSEQ 24:35) OR (CHAIN C AND RESSEQ 23:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESSEQ 36:55) OR (CHAIN B AND RESSEQ 36:55) OR (CHAIN C AND RESSEQ 36:55)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESSEQ 56:75) OR (CHAIN B AND RESSEQ 56:75) OR (CHAIN C AND RESSEQ 56:75)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESSEQ 76:92) OR (CHAIN B AND RESSEQ 76:92) OR (CHAIN C AND RESSEQ 76:92)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESSEQ 93:150) OR (CHAIN A AND RESSEQ 167:2139)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESSEQ 93:150) OR (CHAIN B AND RESSEQ 167:213)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESSEQ 93:150) OR (CHAIN C AND RESSEQ 167:215)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESSEQ 151:166)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESSEQ 151:166)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESSEQ 151:166)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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