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万見
- PDB-4c3z: Nucleotide-free crystal structure of nucleotide-binding domain 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c3z
タイトルNucleotide-free crystal structure of nucleotide-binding domain 1 from human MRP1 supports a general-base catalysis mechanism for ATP hydrolysis.
要素MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ATP-BINDING CASSETTE TRANSPORTERS / MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN 1 / GENERAL-BASE MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingolipid translocation / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / ABC-type vitamin B12 transporter activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / sphingolipid transporter activity / cobalamin transport / leukotriene transport / glutathione transmembrane transport ...sphingolipid translocation / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / ABC-type vitamin B12 transporter activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / sphingolipid transporter activity / cobalamin transport / leukotriene transport / glutathione transmembrane transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / leukotriene metabolic process / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / heme catabolic process / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / Paracetamol ADME / xenobiotic transport / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Heme degradation / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / lateral plasma membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / cell chemotaxis / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / transmembrane transport / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chaptal, V. / Gueguen-Chaignon, V. / Magnard, S. / Falson, P. / Di Pietro, A. / Baubichon-Cortay, H.
引用ジャーナル: Biochem.Pharm. / 年: 2014
タイトル: Nucleotide-Free Crystal Structure of Nucleotide-Binding Domain 1 from Human Abcc1 Supports a 'General-Base Catalysis' Mechanism for ATP Hydrolysis.
著者: Chaptal, V. / Magnard, S. / Gueguen-Chaignon, V. / Falson, P. / Di Pietro, A. / Baubichon-Cortay, H.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6097
ポリマ－29,0331
非ポリマー5766
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.299, 64.299, 65.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 MULTIDRUG RESISTANCE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / ATP-BINDING CASSETTE SUB-FAMILY C MEMBER 1 / LEUKOTRIENE C(4) TRANSPORTER / LTC4 TRANSPORTER / ...ATP-BINDING CASSETTE SUB-FAMILY C MEMBER 1 / LEUKOTRIENE C(4) TRANSPORTER / LTC4 TRANSPORTER / NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN 1


分子量: 29032.789 Da / 分子数: 1 / 断片: NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN, RESIDUES 628-881 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33527
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3.350, 0.2M AMSO4, 0.1M BISTRIS PH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.42 Å / Num. obs: 17692 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 37.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBZ

2cbz


解像度: 2.1→42.423 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 865 4.9 %
Rwork0.1636 --
obs0.1651 17635 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 30 81 1869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1782464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.096655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.23180.26951490.22062808X-RAY DIFFRACTION99
2.2318-2.40410.25981570.20032749X-RAY DIFFRACTION100
2.4041-2.6460.22751480.17522809X-RAY DIFFRACTION100
2.646-3.02870.21941210.17092801X-RAY DIFFRACTION100
3.0287-3.81550.19611500.15152815X-RAY DIFFRACTION100
3.8155-42.43140.1551400.1522788X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.59720.24920.75525.11040.71063.89840.18480.46980.1306-1.0654-0.42330.7553-0.2838-0.59510.28710.39680.1166-0.12160.3602-0.06490.2819-11.6595-21.004-18.2695
24.7013.32832.66.95992.79435.271-0.1673-0.12040.3092-0.0419-0.25070.094-0.57840.02210.19790.29640.0462-0.04180.1945-0.01360.1931-1.7923-8.48690.4595
320.38311.08246.68180.19546.31410.10480.0637-0.26780.1329-0.129-0.28210.78370.3059-0.1050.2568-0.0056-0.00250.2695-0.01250.2459-3.5728-33.5798-9.1196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 641:712)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 713:823)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 824:871)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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