PDB-4c3m: Structure of wildtype PII from S. elongatus at medium resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c3m

タイトル

Structure of wildtype PII from S. elongatus at medium resolution

要素

NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.149 Å

データ登録者

Zeth, K. / Forchhammer, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis and Target-Specific Modulation of Adp Sensing by the Synechococcus Elongatus Pii Signaling Protein.
著者: Zeth, K. / Fokina, O. / Forchhammer, K.

履歴

登録	2013年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c3m.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c3m.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c3m_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c3m_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	4c3m_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	4c3m_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c3kC 4c3lC 4affS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ce8-1 5m6q-2 5kkx-2 1v3r-d 4gjz-d 3dfe-2 5l9n-1 3dfe-1 1o67-1 5m6q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

B: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

C: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II

37.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.418, 73.418, 95.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:36 OR RESSEQ 55:108 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:36 OR RESSEQ 55:107 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:36 OR RESSEQ 55:108 )

#1: タンパク質	NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II / PII SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN 分子量: 12409.347 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3F4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 100 MM HEPES, 20% PEG8000, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→95 Å / Num. obs: 16722 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AFF

4aff

解像度: 2.149→63.582 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	836	5 %
R_work	0.2098	-	-
obs	0.2111	16721	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.149→63.582 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2063	0	0	60	2123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	2782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.032	794
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	348

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	3	C	688	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1489-2.2836	0.3477	136	0.2756	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2836-2.4599	0.3129	138	0.2728	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4599-2.7075	0.3078	137	0.2465	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7075-3.0992	0.2424	137	0.2448	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0992-3.9046	0.2364	140	0.2132	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9046-63.6097	0.1978	148	0.1772	2781	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0311	2.1289	-2.9498	3.6192	0.3862	7.1011	-1.0229	1.3906	0.4028	-1.0474	0.7755	-0.0792	-0.6538	-0.6205	-0.007	0.6493	-0.2622	-0.0866	0.5985	0.0162	0.2996	-21.9012	29.3022	-4.8848
2	2.3243	-1.3513	1.2795	8.1634	1.5131	8.9389	0.1987	0.8548	-0.4542	-0.9891	0.0434	0.1376	-0.2918	0.2659	-0.3279	0.4394	-0.2276	-0.0539	0.4885	-0.0315	0.4357	-16.1013	27.9597	0.1019
3	1.7057	1.4559	-0.2812	3.6531	0.9571	5.6827	-0.4818	1.2162	-0.6969	-0.8316	0.3785	0.1394	0.017	-0.2952	0.0779	0.432	-0.1803	-0.0361	0.6398	-0.1299	0.3648	-23.8215	23.7372	-3.5783
4	3.5358	3.8412	-1.2482	4.6866	-0.3654	2.5507	-0.4001	0.4465	0.9991	0.4422	0.1302	2.7033	0.0126	-0.8933	-0.0943	0.3489	-0.0265	0.1599	0.5126	-0.0775	0.745	-30.5887	36.1224	14.9002
5	2.2398	0.2904	-0.3631	4.9699	-0.4944	1.7176	0.4113	-1.041	0.2109	1.0923	-0.256	-0.0785	-0.1958	0.733	-0.0974	0.5343	-0.2136	0.0576	0.5736	-0.0793	0.3014	-16.3197	35.8497	19.2498
6	5.4281	-2.1805	-2.7731	0.8674	1.0937	2.2699	0.1995	-1.2439	-0.0899	1.4895	0.1875	0.5179	-1.4128	-0.1652	-0.7238	0.9938	-0.3453	0.1689	0.8891	0.0521	0.2601	-14.235	29.3281	25.5367
7	5.1591	3.2542	0.1733	5.534	-1	6.1833	-0.7231	0.9853	0.5333	-0.8177	0.4891	0.8008	-0.7473	0.2131	-1.1428	-0.161	-0.4937	0.1583	0.5009	0.1165	0.3746	-14.1579	34.8506	6.0798
8	6.8184	0.9994	-1.9719	4.4733	-0.1714	4.048	0.4486	-0.6205	0.5848	0.5349	-0.2415	0.1135	-0.4703	0.1055	-0.3075	0.368	-0.1634	0.1046	0.404	-0.079	0.2556	-22.0549	35.0277	17.58
9	6.6229	-1.0622	-0.3481	1.3635	0.472	0.1624	0.2343	-2.878	-2.0384	1.7234	-0.072	-0.0508	0.477	-0.2116	-0.3049	0.7817	-0.1559	-0.2382	0.7408	0.4636	0.783	-14.0921	13.6649	22.5868
10	2.8819	1.7669	-0.0042	2.9483	0.17	2.5272	0.0771	-0.0726	-1.2298	-0.1192	0.1221	-0.8558	0.5265	0.4697	-0.2099	0.5061	0.0659	-0.1221	0.3863	-0.1261	0.8612	-7.7606	13.4994	9.8895
11	1.9714	0.2108	-1.1315	2.4438	-2.4906	5.8073	0.4088	0.7646	-1.4765	0.7031	-0.1957	-0.9941	1.9127	-0.0449	-0.8975	0.8671	0.0825	-0.2756	0.6838	-0.2679	0.9175	-12.1554	9.4219	2.7891
12	6.7718	4.4126	4.4969	3.5618	3.6015	3.6247	0.5314	-0.3604	0.5567	0.2018	0.4884	-1.0096	-0.0265	0.5151	-0.3585	0.3273	-0.0636	0.0736	0.5735	-0.059	0.5547	-7.3478	26.6901	12.1892
13	0.5903	-0.75	-0.4018	1.7368	-0.625	2.0104	0.0552	0.0427	-1.9848	0.0496	0.2482	-1.0105	0.8521	0.2677	-0.0583	0.5242	0.0251	-0.1027	0.3279	0.0351	1.0698	-12.6012	12.31	11.9053
14	3.1662	-1.7205	-0.5164	2.3135	0.2461	0.0884	-0.2667	-0.7135	-0.9899	0.8308	-0.0558	-1.2359	0.7889	0.7067	-0.2769	0.7745	-0.0035	-0.3524	0.7288	0.3796	1.0284	-2.2557	15.3175	22.7638
15	2.0026	-2.2006	0.7108	3.0497	-1.9059	3.0601	0.5263	-0.6182	-1.5842	0.3924	-0.2334	-0.6176	0.375	0.523	-0.2474	0.3151	-0.0512	-0.0569	0.3738	0.1604	0.6012	-18.0979	16.9371	16.0827
16	4.6856	1.2669	-1.6145	2.4478	-2.7206	3.3743	-0.0985	0.9149	-1.284	-0.9987	0.1202	-0.4483	1.0592	-0.0539	0.1677	0.5963	-0.1947	0.0516	0.6524	-0.2334	0.6676	-25.5924	14.9951	-4.0016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 23 THROUGH 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 56 THROUGH 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 96 THROUGH 109 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 22 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 23 THROUGH 28 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 29 THROUGH 55 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 56 THROUGH 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 96 THROUGH 107 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 22 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 23 THROUGH 28 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 29 THROUGH 55 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 56 THROUGH 81 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 82 THROUGH 89 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 90 THROUGH 95 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 96 THROUGH 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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