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- PDB-4c3l: Structure of wildtype PII from S. elongatus at high resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c3l
タイトルStructure of wildtype PII from S. elongatus at high resolution
要素NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta ...Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zeth, K. / Forchhammer, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis and Target-Specific Modulation of Adp Sensing by the Synechococcus Elongatus Pii Signaling Protein.
著者: Zeth, K. / Fokina, O. / Forchhammer, K.
履歴
登録2013年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Data collection / Other
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32014年4月16日Group: Database references
改定 1.42014年12月3日Group: Data collection
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6393
ポリマ－12,4091
非ポリマー2302
水1,15364
1
A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子

A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子

A: NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9179
ポリマ－37,2283
非ポリマー6896
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-43.6 kcal/mol
Surface area13310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.693, 65.693, 49.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1108-

PG4

21A-2010-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NITROGEN REGULATORY PROTEIN P-II / PII SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN / PII


分子量: 12409.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3F4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100 MM HEPES, 20% PEG8000, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→33 Å / Num. obs: 16524 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 27.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AFF

4aff


解像度: 1.6→32.846 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 826 5 %
Rwork0.1918 --
obs0.1924 16524 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数660 0 14 64 738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.484925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.757268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007113
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.70030.33941350.30422565X-RAY DIFFRACTION100
1.7003-1.83150.24331360.24552586X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-2.01580.2441360.1962569X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.30740.20711370.17892613X-RAY DIFFRACTION100
2.3074-2.90690.24531390.2022630X-RAY DIFFRACTION100
2.9069-32.85340.17471430.17922735X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5787-3.3255-2.74758.50513.51277.8658-0.2494-0.76340.3460.93530.2204-0.01090.1513-0.1846-0.0890.25930.0436-0.01050.3393-0.03970.317722.431118.81556.234
28.7873-1.7503-2.72133.5834-0.10572.8454-0.4363-1.3786-0.16041.71780.83250.83360.205-0.9890.52590.65380.09450.27380.78420.11210.702416.957111.218413.96
35.202-2.5453-1.18367.20141.57014.77710.0661-0.71520.90271.49350.0436-0.193-0.8177-0.1039-0.1730.50320.0294-0.01150.4289-0.03870.317327.065924.111315.3636
45.323-2.3325-1.32044.10833.5979.8491-0.0593-0.43830.03920.43730.19180.0790.03060.1497-0.14670.20280.00210.00860.20640.02150.201224.758516.89577.8917
56.7548-2.5616-2.13655.07790.86564.1645-0.0473-0.0626-0.55350.04760.09320.49650.4826-0.46250.01730.2113-0.025-0.00250.24940.03740.445514.912513.52372.371
61.75191.51750.60822.5462-1.01082.17660.3344-0.33850.30770.3099-0.18760.1873-0.324-0.4512-0.42680.22370.00040.0140.2583-0.02720.225620.392222.26063.8933
74.262-2.75621.01958.0595-2.02064.0039-0.1135-0.1527-0.11870.33360.1488-0.02210.0807-0.1704-0.17170.1893-0.0111-0.01780.1444-0.05520.27233.92922.27671.7686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 13 THROUGH 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 29 THROUGH 55 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 56 THROUGH 66 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 67 THROUGH 84 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 85 THROUGH 95 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 96 THROUGH 106 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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