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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c3j | ||||||
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タイトル | Structure of 14-subunit RNA polymerase I at 3.35 A resolution, crystal form C2-90 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of cell size / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of cell size / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / peroxisome / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez-Tornero, C. / Moreno-Morcillo, M. / Rashid, U.J. / Taylor, N.M.I. / Ruiz, F.M. / Gruene, T. / Legrand, P. / Steuerwald, U. / Muller, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Crystal Structure of the 14-Subunit RNA Polymerase I 著者: Fernandez-Tornero, C. / Moreno-Morcillo, M. / Rashid, U.J. / Taylor, N.M.I. / Ruiz, F.M. / Gruene, T. / Legrand, P. / Steuerwald, U. / Muller, C.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c3j.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4c3j.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c3j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE I SUBUNIT ... , 7種, 7分子 ABDGIMN
#1: タンパク質 | 分子量: 186676.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P10964, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 135910.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P22138, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 14585.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P50106, DNA-directed RNA polymerase |
#7: タンパク質 | 分子量: 36264.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P46669, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 13676.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P32529, DNA-directed RNA polymerase |
#13: タンパク質 | 分子量: 46721.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: Q01080, DNA-directed RNA polymerase |
#14: タンパク質 | 分子量: 26933.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P47006, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I AND III SUBUNIT ... , 2種, 2分子 CK
#3: タンパク質 | 分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P07703, DNA-directed RNA polymerase |
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#11: タンパク質 | 分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P28000, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: STRAIN SC1613, ALIAS YPR110C, PROVIDED BY CELLZOME AG IN HEIDELBERG, GERMANY, MODIFIED TO EXPRESS ENDOGENOUS AC40 FUSED WITH A C-TERMINAL TAP-TAG. 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株: SC1613 / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase |
-非ポリマー , 1種, 7分子
#15: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 10% MPD, 0.1M TRIS HCL, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月2日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.35→80 Å / Num. obs: 112047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 124.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.48 |
反射 シェル | 解像度: 3.35→3.44 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9242 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.393
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原子変位パラメータ | Biso mean: 135.05 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.888 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.35→49.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.35→3.44 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -53.3901 Å / Origin y: -68.0187 Å / Origin z: 69.7886 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { *|* } |