PDB-4c3e: HRSV M2-1 mutant S58D S61D, P21 crystal

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 4c3e
• タイトル: HRSV M2-1 mutant S58D S61D, P21 crystal
• 要素: MATRIX M2-1
• キーワード: VIRAL PROTEIN

機能・相同性

分子機能:

symbiont-mediated activation of host NF-kappaB cascade / regulation of viral transcription / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / transcription antitermination / virion component / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding

ドメイン・相同性:

Pneumovirus matrix protein 2 (M2), zinc-binding domain / Pneumovirus matrix 2-1 / Pneumovirus matrix protein 2 (M2) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha

構成要素:

Protein M2-1

• 生物種: HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
• データ登録者: Tanner, S.J. / Ariza, A. / Richard, C.A. / Wu, W. / Trincao, J. / Hiscox, J.A. / Carroll, M.W. / Silman, N.J. / Eleouet, J.F. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.
• 引用: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014; タイトル: Crystal Structure of the Essential Transcription Antiterminator M2-1 Protein of Human Respiratory Syncytial Virus and Implications of its Phosphorylation.; 著者: Tanner, S.J. / Ariza, A. / Richard, C. / Kyle, H.F. / Dods, R.L. / Blondot, M. / Wu, W. / Trincao, J. / Trinh, C.H. / Hiscox, J.A. / Carroll, M.W. / Silman, N.J. / Eleouet, J. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.

履歴

登録	2013年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

集合体

登録構造単位

A: MATRIX M2-1

B: MATRIX M2-1

C: MATRIX M2-1

D: MATRIX M2-1

E: MATRIX M2-1

F: MATRIX M2-1

G: MATRIX M2-1

H: MATRIX M2-1

I: MATRIX M2-1

J: MATRIX M2-1

K: MATRIX M2-1

L: MATRIX M2-1

M: MATRIX M2-1

N: MATRIX M2-1

O: MATRIX M2-1

P: MATRIX M2-1

ヘテロ分子

概要:

• 364 kDa, 16 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	363,571	32
ポリマ－	362,525	16
非ポリマー	1,047	16
水	7,116	395

1

B: MATRIX M2-1

H: MATRIX M2-1

I: MATRIX M2-1

L: MATRIX M2-1

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 90.9 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	90,893	8
ポリマ－	90,631	4
非ポリマー	262	4
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	13660 Å2
ΔGint	-43.3 kcal/mol
Surface area	32740 Å2
手法	PISA

2

D: MATRIX M2-1

J: MATRIX M2-1

K: MATRIX M2-1

M: MATRIX M2-1

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 90.9 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	90,893	8
ポリマ－	90,631	4
非ポリマー	262	4
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	13680 Å2
ΔGint	-43.3 kcal/mol
Surface area	32560 Å2
手法	PISA

3

A: MATRIX M2-1

C: MATRIX M2-1

E: MATRIX M2-1

F: MATRIX M2-1

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 90.9 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	90,893	8
ポリマ－	90,631	4
非ポリマー	262	4
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	13530 Å2
ΔGint	-43.5 kcal/mol
Surface area	34790 Å2
手法	PISA

4

G: MATRIX M2-1

N: MATRIX M2-1

O: MATRIX M2-1

P: MATRIX M2-1

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 90.9 kDa, 4 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	90,893	8
ポリマ－	90,631	4
非ポリマー	262	4
水	72	4

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	13380 Å2
ΔGint	-43.2 kcal/mol
Surface area	34990 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.680, 141.600, 142.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P1211

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	A
2	14	O
1	15	A
2	15	P
1	16	B
2	16	C
1	17	B
2	17	D
1	18	B
2	18	E
1	19	B
2	19	F
1	20	B
2	20	G
1	21	B
2	21	H
1	22	B
2	22	I
1	23	B
2	23	J
1	24	B
2	24	K
1	25	B
2	25	L
1	26	B
2	26	M
1	27	B
2	27	N
1	28	B
2	28	O
1	29	B
2	29	P
1	30	C
2	30	D
1	31	C
2	31	E
1	32	C
2	32	F
1	33	C
2	33	G
1	34	C
2	34	H
1	35	C
2	35	I
1	36	C
2	36	J
1	37	C
2	37	K
1	38	C
2	38	L
1	39	C
2	39	M
1	40	C
2	40	N
1	41	C
2	41	O
1	42	C
2	42	P
1	43	D
2	43	E
1	44	D
2	44	F
1	45	D
2	45	G
1	46	D
2	46	H
1	47	D
2	47	I
1	48	D
2	48	J
1	49	D
2	49	K
1	50	D
2	50	L
1	51	D
2	51	M
1	52	D
2	52	N
1	53	D
2	53	O
1	54	D
2	54	P
1	55	E
2	55	F
1	56	E
2	56	G
1	57	E
2	57	H
1	58	E
2	58	I
1	59	E
2	59	J
1	60	E
2	60	K
1	61	E
2	61	L
1	62	E
2	62	M
1	63	E
2	63	N
1	64	E
2	64	O
1	65	E
2	65	P
1	66	F
2	66	G
1	67	F
2	67	H
1	68	F
2	68	I
1	69	F
2	69	J
1	70	F
2	70	K
1	71	F
2	71	L
1	72	F
2	72	M
1	73	F
2	73	N
1	74	F
2	74	O
1	75	F
2	75	P
1	76	G
2	76	H
1	77	G
2	77	I
1	78	G
2	78	J
1	79	G
2	79	K
1	80	G
2	80	L
1	81	G
2	81	M
1	82	G
2	82	N
1	83	G
2	83	O
1	84	G
2	84	P
1	85	H
2	85	I
1	86	H
2	86	J
1	87	H
2	87	K
1	88	H
2	88	L
1	89	H
2	89	M
1	90	H
2	90	N
1	91	H
2	91	O
1	92	H
2	92	P
1	93	I
2	93	J
1	94	I
2	94	K
1	95	I
2	95	L
1	96	I
2	96	M
1	97	I
2	97	N
1	98	I
2	98	O
1	99	I
2	99	P
1	100	J
2	100	K
1	101	J
2	101	L
1	102	J
2	102	M
1	103	J
2	103	N
1	104	J
2	104	O
1	105	J
2	105	P
1	106	K
2	106	L
1	107	K
2	107	M
1	108	K
2	108	N
1	109	K
2	109	O
1	110	K
2	110	P
1	111	L
2	111	M
1	112	L
2	112	N
1	113	L
2	113	O
1	114	L
2	114	P
1	115	M
2	115	N
1	116	M
2	116	O
1	117	M
2	117	P
1	118	N
2	118	O
1	119	N
2	119	P
1	120	O
2	120	P

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ILE	ILE	A	A	2 - 173	7 - 178
2	1	SER	SER	ILE	ILE	B	B	2 - 173	7 - 178
1	2	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	-1 - 173	4 - 178
2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	-1 - 173	4 - 178
1	3	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	3 - 173	8 - 178
2	3	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	3 - 173	8 - 178
1	4	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 174	4 - 179
2	4	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
1	5	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 174	4 - 179
2	5	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
1	6	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 174	4 - 179
2	6	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
1	7	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	7	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	4 - 173	9 - 178
1	8	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	8	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
1	9	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	9	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
1	10	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	3 - 173	8 - 178
2	10	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	3 - 173	8 - 178
1	11	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	11	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	12	ARG	ARG	ASN	ASN	A	A	4 - 174	9 - 179
2	12	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	13	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	-2 - 174	3 - 179
2	13	LEU	LEU	ASN	ASN	N	N	-2 - 174	3 - 179
1	14	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 174	4 - 179
2	14	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
1	15	GLY	GLY	ASN	ASN	A	A	-1 - 174	4 - 179
2	15	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179
1	16	SER	SER	ILE	ILE	B	B	2 - 173	7 - 178
2	16	SER	SER	ILE	ILE	C	C	2 - 173	7 - 178
1	17	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	3 - 173	8 - 178
2	17	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	3 - 173	8 - 178
1	18	SER	SER	ASN	ASN	B	B	2 - 174	7 - 179
2	18	SER	SER	ASN	ASN	E	E	2 - 174	7 - 179
1	19	SER	SER	ASN	ASN	B	B	2 - 174	7 - 179
2	19	SER	SER	ASN	ASN	F	F	2 - 174	7 - 179
1	20	SER	SER	ASN	ASN	B	B	2 - 174	7 - 179
2	20	SER	SER	ASN	ASN	G	G	2 - 174	7 - 179
1	21	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	4 - 174	9 - 179
2	21	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
1	22	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	4 - 174	9 - 179
2	22	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
1	23	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	4 - 173	9 - 178
2	23	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
1	24	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	3 - 174	8 - 179
2	24	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	3 - 174	8 - 179
1	25	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	4 - 174	9 - 179
2	25	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	26	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	4 - 174	9 - 179
2	26	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	27	SER	SER	ILE	ILE	B	B	2 - 173	7 - 178
2	27	SER	SER	ILE	ILE	N	N	2 - 173	7 - 178
1	28	SER	SER	ASN	ASN	B	B	2 - 174	7 - 179
2	28	SER	SER	ASN	ASN	O	O	2 - 174	7 - 179
1	29	SER	SER	ASN	ASN	B	B	2 - 174	7 - 179
2	29	SER	SER	ASN	ASN	P	P	2 - 174	7 - 179
1	30	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	3 - 173	8 - 178
2	30	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	3 - 173	8 - 178
1	31	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 174	4 - 179
2	31	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
1	32	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 174	4 - 179
2	32	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
1	33	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 174	4 - 179
2	33	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
1	34	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	4 - 173	9 - 178
2	34	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	4 - 173	9 - 178
1	35	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	4 - 173	9 - 178
2	35	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
1	36	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	4 - 173	9 - 178
2	36	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
1	37	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	3 - 173	8 - 178
2	37	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	3 - 173	8 - 178
1	38	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	4 - 173	9 - 178
2	38	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	39	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	4 - 174	9 - 179
2	39	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	40	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 174	4 - 179
2	40	GLY	GLY	ASN	ASN	N	N	-1 - 174	4 - 179
1	41	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 174	4 - 179
2	41	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
1	42	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	-1 - 174	4 - 179
2	42	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179
1	43	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	43	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	3 - 174	8 - 179
1	44	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	44	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	3 - 174	8 - 179
1	45	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	45	ARG	ARG	ASN	ASN	G	G	3 - 174	8 - 179
1	46	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	46	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
1	47	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	47	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
1	48	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	4 - 173	9 - 178
2	48	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
1	49	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	49	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	3 - 174	8 - 179
1	50	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	50	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	51	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	51	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	52	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	3 - 173	8 - 178
2	52	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	3 - 173	8 - 178
1	53	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	3 - 173	8 - 178
2	53	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	54	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	54	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	3 - 174	8 - 179
1	55	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
2	55	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
1	56	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
2	56	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
1	57	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	57	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
1	58	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	58	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
1	59	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	59	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
1	60	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	3 - 174	8 - 179
2	60	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	3 - 174	8 - 179
1	61	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	61	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	62	ARG	ARG	ILE	ILE	E	E	4 - 173	9 - 178
2	62	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	63	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
2	63	GLY	GLY	ASN	ASN	N	N	-1 - 174	4 - 179
1	64	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
2	64	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
1	65	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	-1 - 174	4 - 179
2	65	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179
1	66	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
2	66	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
1	67	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	67	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
1	68	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	68	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
1	69	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	69	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
1	70	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	3 - 174	8 - 179
2	70	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	3 - 174	8 - 179
1	71	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	71	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	72	ARG	ARG	ILE	ILE	F	F	4 - 173	9 - 178
2	72	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	73	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
2	73	GLY	GLY	ASN	ASN	N	N	-1 - 174	4 - 179
1	74	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
2	74	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
1	75	GLY	GLY	ASN	ASN	F	F	-1 - 174	4 - 179
2	75	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179
1	76	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	76	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	4 - 173	9 - 178
1	77	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	77	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
1	78	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	78	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
1	79	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	3 - 173	8 - 178
2	79	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	3 - 173	8 - 178
1	80	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	80	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	81	ARG	ARG	ASN	ASN	G	G	4 - 174	9 - 179
2	81	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	82	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
2	82	GLY	GLY	ASN	ASN	N	N	-1 - 174	4 - 179
1	83	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
2	83	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
1	84	GLY	GLY	ASN	ASN	G	G	-1 - 174	4 - 179
2	84	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179
1	85	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	85	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
1	86	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	86	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
1	87	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	87	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	88	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	88	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	89	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	89	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	90	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	4 - 173	9 - 178
2	90	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	91	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	4 - 173	9 - 178
2	91	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	4 - 173	9 - 178
1	92	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	92	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	93	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	93	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
1	94	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
2	94	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	4 - 173	9 - 178
1	95	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	95	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	96	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	96	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	97	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
2	97	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	98	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
2	98	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	4 - 173	9 - 178
1	99	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	99	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	100	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	100	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	101	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	101	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	102	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	102	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	103	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
2	103	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	104	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
2	104	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	4 - 173	9 - 178
1	105	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	105	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	106	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	106	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	107	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	107	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	108	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	3 - 173	8 - 178
2	108	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	3 - 173	8 - 178
1	109	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	3 - 173	8 - 178
2	109	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	110	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	3 - 174	8 - 179
2	110	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	3 - 174	8 - 179
1	111	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
2	111	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	112	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
2	112	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	113	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
2	113	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	4 - 173	9 - 178
1	114	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
2	114	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	115	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
2	115	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	116	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
2	116	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	4 - 174	9 - 179
1	117	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
2	117	ARG	ARG	ILE	ILE	P	P	4 - 173	9 - 178
1	118	GLY	GLY	ASN	ASN	N	N	-1 - 174	4 - 179
2	118	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
1	119	GLY	GLY	ASN	ASN	N	N	-1 - 174	4 - 179
2	119	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179
1	120	GLY	GLY	ASN	ASN	O	O	-1 - 174	4 - 179
2	120	GLY	GLY	ASN	ASN	P	P	-1 - 174	4 - 179

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
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15
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58
59
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109
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112
113
114
115
116
117
118
119
120

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P
MATRIX M2-1 / ENVELOPE-ASSOCIATED 22 KDA PROTEIN / HRSV M2-1

詳細:

分子量: 22657.799 Da / 分子数: 16 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス)
株: A2 / プラスミド: PGEX-6P / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P04545

#2: 化合物

A-201 B-201 C-201 D-201 E-201 F-201 G-201 H-201 I-201 J-201 K-201 L-201 M-201 N-201 O-201 P-201
ChemComp-ZN / ZINC ION

詳細:

分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#3: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.53 ų/Da / 溶媒含有率: 51.38 % / 解説: NONE
• 結晶化: pH: 8.5 ; 詳細: 20 % (V/V) PEG MME 2000, 0.2 M TRIMETHYLAMINE N-OXIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9889
• 検出器: タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月10日 / 詳細: MIRRORS
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.9889 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.4→78.12 Å / Num. obs: 138151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1
• 反射 シェル: 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→78.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 7.35 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.354 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.23769	6851	5 %	RANDOM
Rwork	0.20347	-	-	-
obs	0.20515	131263	99.96 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.588 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	2.32 Å2	0 Å2	0.08 Å2
2-	-	-0.97 Å2	0 Å2
3-	-	-	-1.35 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→78.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21315	0	16	395	21726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	21963
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	21870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.959	29596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.505	3	50281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.486	5	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.937	23.932	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.091	15	4335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.708	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	24476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.612	4.534	10602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.611	4.534	10601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.911	6.769	13216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.755	5.35	11361
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10351	0.04
1	2	B	10351	0.04
2	1	A	10460	0.04
2	2	C	10460	0.04
3	1	A	10372	0.03
3	2	D	10372	0.03
4	1	A	9736	0.04
4	2	E	9736	0.04
5	1	A	9745	0.04
5	2	F	9745	0.04
6	1	A	10169	0.04
6	2	G	10169	0.04
7	1	A	10088	0.04
7	2	H	10088	0.04
8	1	A	10077	0.04
8	2	I	10077	0.04
9	1	A	10295	0.02
9	2	J	10295	0.02
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LS精密化 シェル

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