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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c3c | ||||||
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タイトル | Thaumatin refined against hatrx data for time-point 1 | ||||||
![]() | THAUMATIN-1 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / RADIATION DAMAGE / TIME-RESOLVED CRYSTALLOGRAPHY / HATRX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yorke, B.A. / Beddard, G.S. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Time-Resolved Crystallography Using the Hadamard Transform. 著者: Yorke, B.A. / Beddard, G.S. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2blrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE HATRX METHOD |
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結晶化 | 詳細: 0.05 M ADA PH 6.8, 0.6 M NA/K TARTRATE, 20% GLYCEROL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96863 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→57.8 Å / Num. obs: 21755 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / % possible all: 85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BLR 解像度: 1.8→45.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 1.932 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.574 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.89 Å
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拘束条件 |
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