PDB-4c3b: HRSV M2-1, P21 crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c3b

タイトル

HRSV M2-1, P21 crystal form

要素

MATRIX PROTEIN 2-1

キーワード

VIRAL PROTEIN / HRSV / M2-1

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of viral transcription / Respiratory syncytial virus genome transcription / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus genome replication / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / viral transcription / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / virion component ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Tanner, S.J. / Ariza, A. / Richard, C.A. / Wu, W. / Trincao, J. / Hiscox, J.A. / Carroll, M.W. / Silman, N.J. / Eleouet, J.F. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Essential Transcription Antiterminator M2-1 Protein of Human Respiratory Syncytial Virus and Implications of its Phosphorylation.
著者: Tanner, S.J. / Ariza, A. / Richard, C. / Kyle, H.F. / Dods, R.L. / Blondot, M. / Wu, W. / Trincao, J. / Trinh, C.H. / Hiscox, J.A. / Carroll, M.W. / Silman, N.J. / Eleouet, J. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.

履歴

登録	2013年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c3b.cif.gz	540.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c3b.ent.gz	445.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4c3b_validation.pdf.gz	572.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c3b_full_validation.pdf.gz	602 KB	表示
XML形式データ	4c3b_validation.xml.gz	89 KB	表示
CIF形式データ	4c3b_validation.cif.gz	118 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/4c3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c3dC 4c3eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c3e-2 4c3d-2 4c3e-1 1wpt-1 6g0y-d 1hnu-2 6lvp-d 1vea-1 3trr-2 3i27-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MATRIX PROTEIN 2-1

B: MATRIX PROTEIN 2-1

C: MATRIX PROTEIN 2-1

D: MATRIX PROTEIN 2-1

E: MATRIX PROTEIN 2-1

F: MATRIX PROTEIN 2-1

G: MATRIX PROTEIN 2-1

H: MATRIX PROTEIN 2-1

I: MATRIX PROTEIN 2-1

J: MATRIX PROTEIN 2-1

K: MATRIX PROTEIN 2-1

L: MATRIX PROTEIN 2-1

M: MATRIX PROTEIN 2-1

N: MATRIX PROTEIN 2-1

O: MATRIX PROTEIN 2-1

P: MATRIX PROTEIN 2-1

ヘテロ分子

363 kDa, 16 ポリマー
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1

I: MATRIX PROTEIN 2-1

J: MATRIX PROTEIN 2-1

K: MATRIX PROTEIN 2-1

L: MATRIX PROTEIN 2-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 4 ポリマー
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2

M: MATRIX PROTEIN 2-1

N: MATRIX PROTEIN 2-1

O: MATRIX PROTEIN 2-1

P: MATRIX PROTEIN 2-1

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90.7 kDa, 4 ポリマー
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3

A: MATRIX PROTEIN 2-1

B: MATRIX PROTEIN 2-1

C: MATRIX PROTEIN 2-1

D: MATRIX PROTEIN 2-1

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90.7 kDa, 4 ポリマー
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4

E: MATRIX PROTEIN 2-1

F: MATRIX PROTEIN 2-1

G: MATRIX PROTEIN 2-1

H: MATRIX PROTEIN 2-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.853, 141.616, 141.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	1	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
1	2	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	2	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
1	3	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	3	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
1	4	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	4	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
1	5	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	5	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
1	6	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	6	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
1	7	PRO	PRO	ASN	ASN	A	A	-3 - 174	2 - 179
2	7	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	8	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	3 - 173	8 - 178
2	8	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	3 - 173	8 - 178
1	9	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	3 - 173	8 - 178
2	9	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	3 - 173	8 - 178
1	10	ARG	ARG	ASN	ASN	A	A	4 - 174	9 - 179
2	10	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	11	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	11	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	12	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	12	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	13	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	13	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	14	ARG	ARG	ASN	ASN	A	A	3 - 174	8 - 179
2	14	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	3 - 174	8 - 179
1	15	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	4 - 173	9 - 178
2	15	ARG	ARG	ILE	ILE	P	P	4 - 173	9 - 178
1	16	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
2	16	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
1	17	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
2	17	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
1	18	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
2	18	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
1	19	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
2	19	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
1	20	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
2	20	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
1	21	PRO	PRO	ASN	ASN	B	B	-3 - 174	2 - 179
2	21	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	22	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	3 - 173	8 - 178
2	22	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	3 - 173	8 - 178
1	23	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	3 - 173	8 - 178
2	23	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	3 - 173	8 - 178
1	24	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	4 - 174	9 - 179
2	24	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	25	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	4 - 173	9 - 178
2	25	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	26	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	4 - 173	9 - 178
2	26	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	27	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	4 - 173	9 - 178
2	27	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	28	ARG	ARG	ASN	ASN	B	B	3 - 174	8 - 179
2	28	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	3 - 174	8 - 179
1	29	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	4 - 173	9 - 178
2	29	ARG	ARG	ILE	ILE	P	P	4 - 173	9 - 178
1	30	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
2	30	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
1	31	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
2	31	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
1	32	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
2	32	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
1	33	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
2	33	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
1	34	PRO	PRO	ASN	ASN	C	C	-3 - 174	2 - 179
2	34	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	35	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	3 - 174	8 - 179
2	35	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
1	36	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	3 - 174	8 - 179
2	36	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
1	37	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	4 - 173	9 - 178
2	37	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	4 - 173	9 - 178
1	38	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	4 - 174	9 - 179
2	38	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	39	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	4 - 174	9 - 179
2	39	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	40	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	4 - 174	9 - 179
2	40	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	41	ARG	ARG	ILE	ILE	C	C	3 - 173	8 - 178
2	41	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	42	ARG	ARG	ASN	ASN	C	C	4 - 174	9 - 179
2	42	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	43	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
2	43	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
1	44	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
2	44	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
1	45	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
2	45	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
1	46	PRO	PRO	ASN	ASN	D	D	-3 - 174	2 - 179
2	46	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	47	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	47	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
1	48	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	3 - 174	8 - 179
2	48	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
1	49	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	4 - 173	9 - 178
2	49	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	4 - 173	9 - 178
1	50	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	50	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	51	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	4 - 173	9 - 178
2	51	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	52	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	52	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	53	ARG	ARG	ILE	ILE	D	D	3 - 173	8 - 178
2	53	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	54	ARG	ARG	ASN	ASN	D	D	4 - 174	9 - 179
2	54	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	55	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
2	55	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
1	56	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
2	56	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
1	57	PRO	PRO	ASN	ASN	E	E	-3 - 174	2 - 179
2	57	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	58	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	3 - 174	8 - 179
2	58	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
1	59	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	3 - 174	8 - 179
2	59	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
1	60	ARG	ARG	ILE	ILE	E	E	4 - 173	9 - 178
2	60	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	4 - 173	9 - 178
1	61	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	61	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	62	ARG	ARG	ILE	ILE	E	E	4 - 173	9 - 178
2	62	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	63	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	63	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	64	ARG	ARG	ILE	ILE	E	E	3 - 173	8 - 178
2	64	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	65	ARG	ARG	ASN	ASN	E	E	4 - 174	9 - 179
2	65	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	66	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
2	66	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
1	67	PRO	PRO	ASN	ASN	F	F	-3 - 174	2 - 179
2	67	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	68	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	3 - 174	8 - 179
2	68	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
1	69	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	3 - 174	8 - 179
2	69	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
1	70	ARG	ARG	ILE	ILE	F	F	4 - 173	9 - 178
2	70	ARG	ARG	ILE	ILE	K	K	4 - 173	9 - 178
1	71	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	71	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	72	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	72	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	73	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	73	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	74	ARG	ARG	ILE	ILE	F	F	3 - 173	8 - 178
2	74	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	75	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	4 - 174	9 - 179
2	75	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	76	PRO	PRO	ASN	ASN	G	G	-3 - 174	2 - 179
2	76	PRO	PRO	ASN	ASN	H	H	-3 - 174	2 - 179
1	77	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	3 - 173	8 - 178
2	77	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	3 - 173	8 - 178
1	78	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	3 - 173	8 - 178
2	78	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	3 - 173	8 - 178
1	79	ARG	ARG	ASN	ASN	G	G	4 - 174	9 - 179
2	79	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	80	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	80	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	81	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	81	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	82	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	82	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	83	ARG	ARG	ASN	ASN	G	G	3 - 174	8 - 179
2	83	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	3 - 174	8 - 179
1	84	ARG	ARG	ILE	ILE	G	G	4 - 173	9 - 178
2	84	ARG	ARG	ILE	ILE	P	P	4 - 173	9 - 178
1	85	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	3 - 174	8 - 179
2	85	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
1	86	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	3 - 174	8 - 179
2	86	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
1	87	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	87	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	88	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	88	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	89	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	4 - 173	9 - 178
2	89	ARG	ARG	ILE	ILE	M	M	4 - 173	9 - 178
1	90	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	90	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	91	ARG	ARG	ILE	ILE	H	H	3 - 173	8 - 178
2	91	ARG	ARG	ILE	ILE	O	O	3 - 173	8 - 178
1	92	ARG	ARG	ASN	ASN	H	H	4 - 174	9 - 179
2	92	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	93	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
2	93	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
1	94	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	94	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	95	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	95	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	96	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	96	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	97	ARG	ARG	ILE	ILE	I	I	4 - 173	9 - 178
2	97	ARG	ARG	ILE	ILE	N	N	4 - 173	9 - 178
1	98	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	3 - 174	8 - 179
2	98	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	3 - 174	8 - 179
1	99	ARG	ARG	ASN	ASN	I	I	4 - 174	9 - 179
2	99	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	100	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	100	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
1	101	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
2	101	ARG	ARG	ILE	ILE	L	L	4 - 173	9 - 178
1	102	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	102	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	103	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	4 - 174	9 - 179
2	103	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	104	ARG	ARG	ASN	ASN	J	J	3 - 174	8 - 179
2	104	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	3 - 174	8 - 179
1	105	ARG	ARG	ILE	ILE	J	J	4 - 173	9 - 178
2	105	ARG	ARG	ILE	ILE	P	P	4 - 173	9 - 178
1	106	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	106	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
1	107	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	107	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	108	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	108	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	109	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	109	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	4 - 174	9 - 179
1	110	ARG	ARG	ASN	ASN	K	K	4 - 174	9 - 179
2	110	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	111	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
2	111	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
1	112	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
2	112	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	113	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
2	113	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	4 - 174	9 - 179
1	114	ARG	ARG	ASN	ASN	L	L	4 - 174	9 - 179
2	114	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	115	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
2	115	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
1	116	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
2	116	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	4 - 174	9 - 179
1	117	ARG	ARG	ASN	ASN	M	M	4 - 174	9 - 179
2	117	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	118	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
2	118	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	4 - 174	9 - 179
1	119	ARG	ARG	ASN	ASN	N	N	4 - 174	9 - 179
2	119	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179
1	120	ARG	ARG	ASN	ASN	O	O	4 - 174	9 - 179
2	120	ARG	ARG	ASN	ASN	P	P	4 - 174	9 - 179

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	MATRIX PROTEIN 2-1 / HRSV M2-1 / ENVELOPE-ASSOCIATED 22 KDA PROTEIN 分子量: 22601.779 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS (ウイルス) 株: A2 / プラスミド: PGEX-6P / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P04545
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE INITIAL AMINO ACIDS ARE THE REMNANT OF REMOVING AN N- TERMINAL GST TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 10 / 詳細: 30 % (V/V) PEG 400, 0.1 M CAPS PH 10

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.2819
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→140.88 Å / Num. obs: 75535 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.95→3.01 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→140.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 18.336 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25458	3797	5 %	RANDOM
R_work	0.20538	-	-	-
obs	0.20787	71711	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.85 Å²	0 Å²	1.51 Å²
2-	-	-3.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→140.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21486	0	16	178	21680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	21825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	21813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.965	29346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.097	3	50161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.962	5	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.857	24.056	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.294	15	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.302	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	3361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	24100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	4963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.489	6.512	10612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.487	6.512	10611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.987	9.738	13213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.045	7.23	11213
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10029	0.02
1	2	B	10029	0.02
2	1	A	10212	0.02
2	2	C	10212	0.02
3	1	A	10234	0.02
3	2	D	10234	0.02
4	1	A	10233	0.02
4	2	E	10233	0.02
5	1	A	10197	0.02
5	2	F	10197	0.02
6	1	A	10170	0.02
6	2	G	10170	0.02
7	1	A	10217	0.02
7	2	H	10217	0.02
8	1	A	9731	0.02
8	2	I	9731	0.02
9	1	A	9976	0.01
9	2	J	9976	0.01
10	1	A	9954	0.01
10	2	K	9954	0.01
11	1	A	9909	0.02
11	2	L	9909	0.02
12	1	A	9917	0.02
12	2	M	9917	0.02
13	1	A	9637	0.03
13	2	N	9637	0.03
14	1	A	10013	0.01
14	2	O	10013	0.01
15	1	A	9906	0.02
15	2	P	9906	0.02
16	1	B	10101	0.03
16	2	C	10101	0.03
17	1	B	10132	0.02
17	2	D	10132	0.02
18	1	B	10137	0.02
18	2	E	10137	0.02
19	1	B	10088	0.03
19	2	F	10088	0.03
20	1	B	10064	0.02
20	2	G	10064	0.02
21	1	B	10131	0.02
21	2	H	10131	0.02
22	1	B	9779	0.01
22	2	I	9779	0.01
23	1	B	9865	0.01
23	2	J	9865	0.01
24	1	B	9761	0.03
24	2	K	9761	0.03
25	1	B	9806	0
25	2	L	9806	0
26	1	B	9807	0
26	2	M	9807	0
27	1	B	9715	0.02
27	2	N	9715	0.02
28	1	B	9900	0.02
28	2	O	9900	0.02
29	1	B	9735	0.02
29	2	P	9735	0.02
30	1	C	10781	0.03
30	2	D	10781	0.03
31	1	C	10786	0.03
31	2	E	10786	0.03
32	1	C	11090	0.01
32	2	F	11090	0.01
33	1	C	10173	0.01
33	2	G	10173	0.01
34	1	C	10800	0.03
34	2	H	10800	0.03
35	1	C	9792	0.01
35	2	I	9792	0.01
36	1	C	10105	0.03
36	2	J	10105	0.03
37	1	C	10458	0.02
37	2	K	10458	0.02
38	1	C	10055	0.02
38	2	L	10055	0.02
39	1	C	10102	0.02
39	2	M	10102	0.02
40	1	C	9715	0.03
40	2	N	9715	0.03
41	1	C	10545	0.04
41	2	O	10545	0.04
42	1	C	10036	0.01
42	2	P	10036	0.01
43	1	D	10819	0.01
43	2	E	10819	0.01
44	1	D	10770	0.03
44	2	F	10770	0.03
45	1	D	10197	0
45	2	G	10197	0
46	1	D	10449	0.04
46	2	H	10449	0.04
47	1	D	9791	0.01
47	2	I	9791	0.01
48	1	D	10135	0.01
48	2	J	10135	0.01
49	1	D	10404	0.02
49	2	K	10404	0.02
50	1	D	10093	0
50	2	L	10093	0
51	1	D	10106	0
51	2	M	10106	0
52	1	D	9747	0.02
52	2	N	9747	0.02
53	1	D	10544	0.01
53	2	O	10544	0.01
54	1	D	10062	0
54	2	P	10062	0
55	1	E	10768	0.03
55	2	F	10768	0.03
56	1	E	10197	0.01
56	2	G	10197	0.01
57	1	E	10451	0.04
57	2	H	10451	0.04
58	1	E	9794	0.01
58	2	I	9794	0.01
59	1	E	10142	0.01
59	2	J	10142	0.01
60	1	E	10414	0.02
60	2	K	10414	0.02
61	1	E	10092	0
61	2	L	10092	0
62	1	E	10103	0
62	2	M	10103	0
63	1	E	9751	0.02
63	2	N	9751	0.02
64	1	E	10556	0.01
64	2	O	10556	0.01
65	1	E	10058	0.01
65	2	P	10058	0.01
66	1	F	10167	0.02
66	2	G	10167	0.02
67	1	F	10786	0.04
67	2	H	10786	0.04
68	1	F	9780	0.02
68	2	I	9780	0.02
69	1	F	10083	0.03
69	2	J	10083	0.03
70	1	F	10430	0.02
70	2	K	10430	0.02
71	1	F	10041	0.03
71	2	L	10041	0.03
72	1	F	10085	0.03
72	2	M	10085	0.03
73	1	F	9712	0.03
73	2	N	9712	0.03
74	1	F	10524	0.04
74	2	O	10524	0.04
75	1	F	10024	0.02
75	2	P	10024	0.02
76	1	G	10177	0.01
76	2	H	10177	0.01
77	1	G	9765	0.01
77	2	I	9765	0.01
78	1	G	9924	0.01
78	2	J	9924	0.01
79	1	G	9896	0.01
79	2	K	9896	0.01
80	1	G	9870	0
80	2	L	9870	0
81	1	G	9876	0
81	2	M	9876	0
82	1	G	9634	0.03
82	2	N	9634	0.03
83	1	G	9962	0.01
83	2	O	9962	0.01
84	1	G	9867	0
84	2	P	9867	0
85	1	H	9794	0.01
85	2	I	9794	0.01
86	1	H	10104	0.02
86	2	J	10104	0.02
87	1	H	10220	0.03
87	2	K	10220	0.03
88	1	H	10055	0.01
88	2	L	10055	0.01
89	1	H	10032	0.01
89	2	M	10032	0.01
90	1	H	9744	0.02
90	2	N	9744	0.02
91	1	H	10169	0.04
91	2	O	10169	0.04
92	1	H	9976	0.01
92	2	P	9976	0.01
93	1	I	9799	0.02
93	2	J	9799	0.02
94	1	I	9726	0.02
94	2	K	9726	0.02
95	1	I	9735	0.01
95	2	L	9735	0.01
96	1	I	9739	0.01
96	2	M	9739	0.01
97	1	I	9655	0.03
97	2	N	9655	0.03
98	1	I	9805	0.02
98	2	O	9805	0.02
99	1	I	9734	0.01
99	2	P	9734	0.01
100	1	J	10013	0.01
100	2	K	10013	0.01
101	1	J	10043	0.01
101	2	L	10043	0.01
102	1	J	10076	0.01
102	2	M	10076	0.01
103	1	J	9759	0.01
103	2	N	9759	0.01
104	1	J	10166	0
104	2	O	10166	0
105	1	J	9967	0.02
105	2	P	9967	0.02
106	1	K	10028	0.02
106	2	L	10028	0.02
107	1	K	10070	0.01
107	2	M	10070	0.01
108	1	K	9703	0.03
108	2	N	9703	0.03
109	1	K	10458	0.02
109	2	O	10458	0.02
110	1	K	10065	0.01
110	2	P	10065	0.01
111	1	L	10105	0
111	2	M	10105	0
112	1	L	9768	0.02
112	2	N	9768	0.02
113	1	L	10087	0.01
113	2	O	10087	0.01
114	1	L	10041	0.01
114	2	P	10041	0.01
115	1	M	9765	0.02
115	2	N	9765	0.02
116	1	M	10130	0.01
116	2	O	10130	0.01
117	1	M	10076	0
117	2	P	10076	0
118	1	N	9760	0.01
118	2	O	9760	0.01
119	1	N	9693	0.03
119	2	P	9693	0.03
120	1	O	10052	0.01
120	2	P	10052	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	254	-
R_work	0.319	5192	-
obs	-	-	98.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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