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- PDB-4c26: Solution NMR structure of the HicA toxin from Burkholderia pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c26
タイトルSolution NMR structure of the HicA toxin from Burkholderia pseudomallei
要素HICA
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical protein. / HicA mRNA interferase family / HicA superfamily / HicA toxin of bacterial toxin-antitoxin, / Metal Transport, Frataxin; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Addiction module toxin, HicA family
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
手法溶液NMR / TORSION-ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING
データ登録者Butt, A. / Higman, V.A. / Williams, C. / Crump, M.P. / Hemsley, C. / Harmer, N. / Titball, R.W.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: The Hica Toxin from Burkholderia Pseudomallei Has a Role in Persister Cell Formation.
著者: Butt, A. / Higman, V.A. / Williams, C. / Crump, M.P. / Hemsley, C.M. / Harmer, N. / Titball, R.W.
履歴
登録2013年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Atomic model / Other
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HICA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3281
ポリマ－7,3281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 HICA


分子量: 7327.580 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
株: K96243 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q63NA6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N NOESY
22115N TOCSY
331HNHA
441HSQC
55113C HSQC
66113C NOESY
771AROM NOESY
881(H)CCH TOCSY
991HNCA
10101HNCO
111112D NOESY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% H2O/10% D2O
290% H2O/10% D2O
390% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1170 mM7.41.0 atm298.0 K
2170 mM7.41.0 atm298.0 K
3170 mM7.41.0 atm293.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3RIEPING W., HABECK M., BARDIAUX B., BERNARD A., MALLIAVIN T.E., NILGES M.精密化
ARIA2.3構造決定
CcpNmr Analysis2.2構造決定
DANGLE構造決定
精密化手法: TORSION-ANGLE DYNAMICS SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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