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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c25 | ||||||
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タイトル | L-fuculose 1-phosphate aldolase | ||||||
![]() | L-FUCULOSE PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | LYASE / FUCOSE PROCESSING | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Higgins, M.A. / Suits, M.D.L. / Marsters, C. / Boraston, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Analysis of Fucose-Processing Enzymes from Streptococcus Pneumoniae. 著者: Higgins, M.A. / Suits, M.D. / Marsters, C. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23545.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TIGR4 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q97N89, UniProt: A0A0H2US48*PLUS, L-fuculose-phosphate aldolase |
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-非ポリマー , 7種, 109分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
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![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NI / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-13P / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | POLYPEPTID |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: SPFCSA AT A CONCENTRATION OF 14 MG PER ML, BUFFERED IN 20 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 5 MM DITHIOTHREITOL (DTT) WAS CRYSTALLIZED BY MIXING EQUAL VOLUMES WITH A SOLUTION OF 4% (V PER V) GLYCEROL, ...詳細: SPFCSA AT A CONCENTRATION OF 14 MG PER ML, BUFFERED IN 20 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 5 MM DITHIOTHREITOL (DTT) WAS CRYSTALLIZED BY MIXING EQUAL VOLUMES WITH A SOLUTION OF 4% (V PER V) GLYCEROL, 1.50 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM TRIS-HCL (PH 8.5) AND 8 MM ZINC CHLORIDE. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月1日 / 詳細: RH COATED |
放射 | モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→40 Å / Num. obs: 15800 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FUA 解像度: 2.03→80.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.778 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.475 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→80.25 Å
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拘束条件 |
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