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万見
- PDB-4c1y: Crystal Structure of Fucose binding lectin from Aspergillus Fumig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c1y
タイトルCrystal Structure of Fucose binding lectin from Aspergillus Fumigatus (AFL) in complex with b-methylfucoside
要素(FUCOSE-SPECIFIC LECTIN ...) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / FUCOSIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl beta-L-fucopyranoside / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Houser, J. / Komarek, J. / Kostlanova, N. / Lahmann, M. / Cioci, G. / Varrot, A. / Imberty, A. / Wimmerova, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into Aspergillus Fumigatus Lectin Specificity: Afl Binding Sites are Functionally Non-Equivalent.
著者: Houser, J. / Komarek, J. / Cioci, G. / Varrot, A. / Imberty, A. / Wimmerova, M.
履歴
登録2013年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
B: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
C: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
D: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,05427
ポリマ－137,9414
非ポリマー3,11323
水2,450136
1
A: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
B: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,93118
ポリマ－68,9792
非ポリマー1,95216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PQS
2
C: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
D: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1249
ポリマ－68,9632
非ポリマー1,1617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-17.3 kcal/mol
Surface area28200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.211, 90.335, 189.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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FUCOSE-SPECIFIC LECTIN ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA


分子量: 34497.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (アスペルギルス・フミガーツス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q4WW81
#2: タンパク質 FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA


分子量: 34481.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (アスペルギルス・フミガーツス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q4WW81

-
糖 , 1種, 12分子

#3: 糖
ChemComp-MFB / methyl beta-L-fucopyranoside / BETA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-beta-L-galactopyranoside / methyl beta-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルβ-L-フコピラノシド / メチル基


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-b-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 147分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M CACL2, 25% PEG4K, 0.1M TRIS, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→47.29 Å / Num. obs: 56864 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.14
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AGI

4agi


解像度: 2.23→48.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 9.545 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31339 2993 5 %RANDOM
Rwork0.24255 ---
obs0.24611 56864 99.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.964 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3---2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9754 0 203 136 10093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0210230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.93713944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.791321205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.30851252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0423.702470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.163151445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2721554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.682.6725020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.682.6725019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6824.0026268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5412.8335210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.229→2.286 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 215 -
Rwork0.351 4095 -
obs--97.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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