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- PDB-4c1p: Geobacillus thermoglucosidasius GH family 52 xylosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c1p
タイトルGeobacillus thermoglucosidasius GH family 52 xylosidase
要素BETA-XYLOSIDASE
キーワードHYDROLASE / GH52 / XYLOBIOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 52 / Glycosyl hydrolase family 52 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS THERMOGLUCOSIDASIUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.634 Å
データ登録者Espina, G. / Eley, K. / Schneider, T.R. / Crennell, S.J. / Danson, M.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A Novel Beta-Xylosidase Structure from Geobacillus Thermoglucosidasius: The First Crystal Structure of a Glycoside Hydrolase Family Gh52 Enzyme Reveals Unpredicted Similarity to Other ...タイトル: A Novel Beta-Xylosidase Structure from Geobacillus Thermoglucosidasius: The First Crystal Structure of a Glycoside Hydrolase Family Gh52 Enzyme Reveals Unpredicted Similarity to Other Glycoside Hydrolase Folds
著者: Espina, G. / Eley, K. / Pompidor, G. / Schneider, T.R. / Crennell, S.J. / Danson, M.J.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6114
ポリマ－82,2001
非ポリマー4113
水5,513306
1
A: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-XYLOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2228
ポリマ－164,3992
非ポリマー8236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area7090 Å2
ΔGint-62.8 kcal/mol
Surface area44780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.369, 105.335, 194.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BETA-XYLOSIDASE


分子量: 82199.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CONTAINS XYLOBIOSE, ENZYME SUBSTRATE
由来: (組換発現) GEOBACILLUS THERMOGLUCOSIDASIUS (バクテリア)
株: TM242 / 解説: TMO RENEWABLES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A067XG64*PLUS, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BETA-D-XYLOBIOPYRANOSE (BXP): THIS CONTAINS THE COMPLETE BXP INCLUDING O1A
配列の詳細TM242 IS A PROPRIETARY STRAIN BELONGING TO TMO RENEWABLES. OTHER G. THERMOGLUCOSIDASIUS XYLOSIDASE ...TM242 IS A PROPRIETARY STRAIN BELONGING TO TMO RENEWABLES. OTHER G. THERMOGLUCOSIDASIUS XYLOSIDASE SEQUENCES IN THE DATABASES WILL BE SIMILAR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
解説: STRUCTURE SOLVED BY RIGID BODY REFINEMENT OF NATIVE STRUCTURE INTO THESE DATA
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10MG/ML BETA-XYLOSIDASE IN 50MM TRIS-HCL PH8, 150MM NACL, 100MM XYLOSE WAS MIXED EQUIVOLUME WITH 0.1M MES PH6, 0.4M AMMONIUM SULPHATE, 25% 3350. CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOUR ...詳細: 10MG/ML BETA-XYLOSIDASE IN 50MM TRIS-HCL PH8, 150MM NACL, 100MM XYLOSE WAS MIXED EQUIVOLUME WITH 0.1M MES PH6, 0.4M AMMONIUM SULPHATE, 25% 3350. CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD., pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 22164 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 24.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.64→2.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE STRUCTURE

解像度: 2.634→27.311 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 1169 5.3 %
Rwork0.1823 --
obs0.1852 22136 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.634→27.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5613 0 27 306 5946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8057986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4612147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031036
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6338-2.75350.3441370.25522273X-RAY DIFFRACTION87
2.7535-2.89860.29171210.22792585X-RAY DIFFRACTION96
2.8986-3.07990.30171400.21722620X-RAY DIFFRACTION98
3.0799-3.31740.24161450.19472657X-RAY DIFFRACTION100
3.3174-3.65050.22421520.18982645X-RAY DIFFRACTION99
3.6505-4.17710.22961600.1742670X-RAY DIFFRACTION100
4.1771-5.25660.2041630.13622714X-RAY DIFFRACTION100
5.2566-27.31250.19081510.15562803X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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