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- PDB-4c1k: Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-D-arabino- heptu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c1k
タイトルCrystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-D-arabino- heptulosonate 7-phosphate synthase
要素2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
キーワードTRANSFERASE / SHIKIMATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / : / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CARBONATE ION / PHOSPHOENOLPYRUVATE / 2-dehydro-3-deoxyphosphoheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Nazmi, A.R. / Schofield, L.R. / Dobson, R.C.J. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Destabilization of the Homotetrameric Assembly of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase from the Hyperthermophile Pyrococcus Furiosus Enhances Enzymatic Activity
著者: Nazmi, A.R. / Schofield, L.R. / Dobson, R.C.J. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
C: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
D: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
E: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
F: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,97225
ポリマ－175,5646
非ポリマー2,40819
水7,494416
1
E: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
F: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子

E: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
F: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,13518
ポリマ－117,0434
非ポリマー2,09314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14880 Å2
ΔGint-163.3 kcal/mol
Surface area33330 Å2
手法PISA
2
A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
B: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
C: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
D: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,40516
ポリマ－117,0434
非ポリマー1,36212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13880 Å2
ΔGint-105.5 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.449, 79.670, 144.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2030-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOHEPTONATE ALDOLASE / 3-DEOXY-D-ARABINO-2 HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE / DAH7PS / DAHPS


分子量: 29260.713 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
参照: UniProt: Q8U0A9, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

-
非ポリマー , 6種, 435分子

#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN SOLUTION WAS MIXED 1:1 WITH CRYSTALIZATION SLUTION CONTAINING 100 MICROMCDCL2, 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M BTP, PH 6.5, 20% PEG3350. DROP SIZE WAS 2 MICRO L AND PROTEIN CONCENTRATION ...詳細: PROTEIN SOLUTION WAS MIXED 1:1 WITH CRYSTALIZATION SLUTION CONTAINING 100 MICROMCDCL2, 0.2M SODIUM CITRATE, 0.1M BTP, PH 6.5, 20% PEG3350. DROP SIZE WAS 2 MICRO L AND PROTEIN CONCENTRATION WAS 6.5 MG/ML IN 20 MM BTP, 40 MM KCL, PH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.97948
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→19.67 Å / Num. obs: 97252 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.15→19.67 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZCO

1zco


解像度: 2.15→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.583 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23088 4859 5 %RANDOM
Rwork0.18859 ---
obs0.19072 92353 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.13 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12336 0 112 416 12864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01912754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.98517225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.784328811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.77651586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67824.358553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08152329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.211579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 351 -
Rwork0.278 6618 -
obs--96.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5616-0.00660.10760.2510.08730.37280.0170.05940.11760.01110.0342-0.004-0.0841-0.0768-0.05130.05920.0390.00060.04770.04610.13139.2769-22.6287-49.0954
20.5188-0.13090.02020.39560.09570.6368-0.04620.0433-0.05570.00740.04140.02970.107-0.15330.00490.0467-0.055-0.0160.07580.01480.0995.7921-54.5741-59.3979
30.32880.09410.12840.2164-0.0420.7829-0.0243-0.0194-0.04750.02470.04480.0010.20830.0117-0.02050.13730.0271-0.01090.01980.02450.133128.6164-64.1713-33.8533
40.40780.0671-0.10750.2883-0.14470.50890.0243-0.07340.06690.02770.02520.0017-0.0580.1183-0.04950.0688-0.0083-0.01850.0501-0.02750.129239.334-32.2812-32.486
50.41290.1366-0.03790.4776-0.07090.44460.01010.05960.0285-0.06390.02380.01060.022-0.0597-0.0340.11520.0001-0.01090.01560.01310.0871-11.254-40.4339-12.4756
60.5557-0.0637-0.11520.4856-0.0640.3631-0.04070.0659-0.0858-0.0738-0.00680.04010.0801-0.04350.04750.1588-0.032-0.00030.016-0.02640.1268-14.8362-75.7287-8.0336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 262
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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