PDB-4c0p: Unliganded Transportin 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c0p

タイトル

Unliganded Transportin 3

要素

TRANSPORTIN-3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / NUCLEAR IMPORT / HEAT REPEAT / TNPO3

機能・相同性

機能・相同性情報

annulate lamellae / nuclear import signal receptor activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Maertens, G.N. / Cook, N.J. / Hare, S. / Cherepanov, P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Nuclear Import of Splicing Factors by Human Transportin 3.
著者: Maertens, G.N. / Cook, N.J. / Wang, W. / Hare, S. / Gupta, S.S. / Oztop, I. / Lee, K. / Pye, V.E. / Cosnefroy, O. / Snijders, A.P. / Kewalramani, V.N. / Fassati, A. / Engelman, A. / Cherepanov, P.

履歴

登録	2013年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c0p.cif.gz	689.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c0p.ent.gz	567.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c0p_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c0p_full_validation.pdf.gz	525.1 KB	表示
XML形式データ	4c0p_validation.xml.gz	113.1 KB	表示
CIF形式データ	4c0p_validation.cif.gz	150.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c0oC 4c0qC 2x19S 2xwuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bsm-d 4ow2-1 4ow2-2 344 3bif-1 4fgv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSPORTIN-3

B: TRANSPORTIN-3

C: TRANSPORTIN-3

D: TRANSPORTIN-3

ヘテロ分子

418 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRANSPORTIN-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRANSPORTIN-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TRANSPORTIN-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: TRANSPORTIN-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.198, 104.019, 124.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.64, 97.88, 104.48
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.96263, 0.01746, -0.27025), (0.00426, -0.99682, -0.07957), (-0.27078, -0.07775, 0.9595)	-31.16096, -18.83201, 57.43454
2	given	(-0.8722, -0.48913, 0.00404), (-0.4891, 0.8722, 0.00713), (-0.00701, 0.00424, -0.99997)	-47.69779, 40.47414, 63.21891
3	given	(0.84657, 0.46581, 0.25755), (0.4645, -0.88281, 0.06984), (0.2599, 0.0605, -0.96374)	14.68144, -60.13893, 4.54737

#1: タンパク質	TRANSPORTIN-3 / IMPORTIN-12 / IMP12 / TRANSPORTIN-SR / TRANSPORTIN 3 / TRN-SR 分子量: 104281.148 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: C511A MUTATION ENGINEERED TO IMPROVE CRYSTAL PACKING 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETSUMO-TNPO3(C511A) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 LAC I / 参照: UniProt: Q9Y5L0
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
配列の詳細	C511A MUTATION ENGINEERED TO IMPROVE CRYSTAL PACKING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 詳細: 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M NABR, 10 MM DTT, 2 MM EDTA, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9394
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9394 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 96311 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 78.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2X19, 2XWU

2x19

2xwu

解像度: 2.95→38.17 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	4834	5 %
R_work	0.2358	-	-
obs	0.2373	95818	98.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→38.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28261	0	32	0	28293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	28849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.771	39159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.123	10637
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	4601
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4985

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-2.9835	0.4427	159	0.4167	3110	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9835-3.0186	0.4045	142	0.3548	2969	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0186-3.0554	0.3695	181	0.3311	3072	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0554-3.0941	0.3167	168	0.2945	2993	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0941-3.1347	0.3159	159	0.2922	3039	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1347-3.1777	0.3176	157	0.2863	3022	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1777-3.223	0.3415	161	0.2991	3068	X-RAY DIFFRACTION	99
3.223-3.2711	0.3335	145	0.2679	3075	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2711-3.3222	0.3026	148	0.266	3055	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3222-3.3766	0.3269	159	0.2799	3054	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3766-3.4348	0.315	155	0.271	3075	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4348-3.4973	0.3342	165	0.2596	3039	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4973-3.5645	0.2673	158	0.2542	3058	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5645-3.6372	0.2921	168	0.2598	3009	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6372-3.7162	0.3124	179	0.2598	3076	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7162-3.8026	0.3332	153	0.2514	2991	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8026-3.8976	0.3025	163	0.2538	3047	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8976-4.0028	0.2887	183	0.2279	3022	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0028-4.1205	0.2557	159	0.2254	3010	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1205-4.2533	0.2558	173	0.2262	2982	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2533-4.4051	0.2798	151	0.2285	3063	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4051-4.5812	0.2621	179	0.2228	3037	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5812-4.7894	0.2683	154	0.221	3054	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7894-5.0413	0.2607	172	0.2046	2998	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0413-5.3564	0.2313	163	0.2146	3058	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3564-5.7687	0.2716	135	0.2288	3069	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7687-6.3468	0.2382	172	0.2258	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3468-7.2597	0.2341	154	0.2092	3055	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2597-9.1258	0.1615	166	0.1875	3017	X-RAY DIFFRACTION	98
9.1258-38.173	0.2203	153	0.2125	2817	X-RAY DIFFRACTION	91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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