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- PDB-4c0a: Arf1(Delta1-17)in complex with BRAG2 Sec7-PH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c0a
タイトルArf1(Delta1-17)in complex with BRAG2 Sec7-PH domain
要素
  • ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
  • IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Intra-Golgi traffic / Glycosphingolipid transport / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / COPI-mediated anterograde transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation ...Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Intra-Golgi traffic / Glycosphingolipid transport / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / COPI-mediated anterograde transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / regulation of receptor internalization / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / dendritic spine development / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / neuron projection / postsynaptic density / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / lipid binding / GTP binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. ...IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Annexin V; domain 1 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 1 / IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Aizel, K. / Biou, V. / Navaza, J. / Duarte, L. / Campanacci, V. / Cherfils, J. / Zeghouf, M.
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2013
タイトル: Integrated conformational and lipid-sensing regulation of endosomal ArfGEF BRAG2.
著者: Aizel, K. / Biou, V. / Navaza, J. / Duarte, L.V. / Campanacci, V. / Cherfils, J. / Zeghouf, M.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / reflns / reflns_shell
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
E: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
F: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
G: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
H: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,02112
ポリマ－252,9288
非ポリマー2,0934
水00
1
B: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
G: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7553
ポリマ－63,2322
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-18.4 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
2
A: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
H: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7553
ポリマ－63,2322
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area24970 Å2
手法PISA
3
D: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
E: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7553
ポリマ－63,2322
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
4
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
F: IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7553
ポリマ－63,2322
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-14.1 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.980, 65.780, 196.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.13, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質
IQ MOTIF AND SEC7 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / ADP-RIBOSYLATION FACTORS GUANINE NUCLEOTIDE-EXCHANGE PROTEIN 100 / ADP-RIBOSYLATION FACTORS GUANINE ...ADP-RIBOSYLATION FACTORS GUANINE NUCLEOTIDE-EXCHANGE PROTEIN 100 / ADP-RIBOSYLATION FACTORS GUANINE NUCLEOTIDE-EXCHANGE PROTEIN 2 / BREFELDIN-RESISTANT ARF-GEF 2 PROTEIN / BRAG2


分子量: 44409.500 Da / 分子数: 4 / 断片: SEC7 AND PH DOMAIN, RESIDUES 390-763 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q6DN90
#2: タンパク質
ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 / ARF1


分子量: 18822.455 Da / 分子数: 4 / 断片: DELTA17 ARF1, RESIDUES 18-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GDP-3P LIGAND / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: P84080
#3: 化合物
ChemComp-G3D / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3
配列の詳細ARF1 WAS DELETED FROM ITS 17 FIRST AMINO ACIDS IN THE STRUCTURE ISOFORM 2 AND IN THE STRUCTURE ...ARF1 WAS DELETED FROM ITS 17 FIRST AMINO ACIDS IN THE STRUCTURE ISOFORM 2 AND IN THE STRUCTURE SEQUENCE REMAINS A PART OF THE CLEAVED 6-HISTAG GAMGSGIP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.15 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES PH 6 AND 16% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→42.8 Å / Num. obs: 67437 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 61.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 3.16 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Rsym value: 0.735 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R8S AND 3QWM

1r8s

3qwm


解像度: 3.3→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9122 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.549
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 1757 5 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2013 35125 99.28 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.5765 Å20 Å26.0514 Å2
2--1.1759 Å20 Å2
3---10.4006 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.715 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16794 0 128 0 16922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0117243HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3223254HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6370SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes495HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2494HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17243HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2171SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20192SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 132 5.02 %
Rwork0.2184 2496 -
all0.2203 2628 -
obs--99.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1772-1.3937-0.61312.8080.89122.4836-0.0768-0.04650.06360.13940.2202-0.06080.1137-0.1259-0.1433-0.1974-0.0330.0669-0.0858-0.0214-0.151-65.6304-13.0234-79.584
21.28371.3726-0.24364.0736-1.17091.77230.0090.1357-0.0214-0.2457-0.07930.02060.27120.06830.0703-0.02520.0846-0.0349-0.1771-0.0022-0.2916-14.9652-13.7905-21.0681
39.1464-1.74671.86577.04860.29538.0708-0.29520.4641-0.15750.0176-0.10360.098-0.1190.16790.3989-0.341-0.0654-0.0629-0.2537-0.0125-0.178814.4861-28.1776-38.0779
46.78070.82812.35265.7527-1.22865.0991-0.1724-0.40590.4909-0.0143-0.1261-0.0983-0.12950.27140.2985-0.24870.07970.0254-0.0923-0.0383-0.2432-10.4385-30.2623-54.9273
51.2175-1.2543-0.87463.05811.25842.7888-0.0849-0.0084-0.00880.00170.01380.0610.1976-0.03770.071-0.2129-0.0802-0.0105-0.08130.0396-0.1994-22.8974-46.0897-75.4601
60.53790.8383-0.22452.2419-1.07911.91630.0320.0574-0.11110.1809-0.0742-0.26090.00990.12880.0422-0.03170.06620.01-0.11610.0084-0.121229.4824-46.5683-20.7294
77.33250.03081.76147.7117-2.23915.6048-0.48640.66630.3965-0.25960.32450.89650.1505-0.30670.1618-0.2836-0.2692-0.2268-0.18060.2028-0.1988-28.88474.4235-40.0151
812.8822-0.89090.05023.18474.40944.7945-0.067-1.141.15080.19820.6242-1.07350.02060.4215-0.5573-0.55970.2346-0.2794-0.2364-0.28050.411-53.05284.2422-59.8144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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