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- PDB-4c00: Crystal structure of TamA from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c00
タイトルCrystal structure of TamA from E. coli
要素TRANSLOCATION AND ASSEMBLY MODULE TAMA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / YTFM / POLYPEPTIDE TRANSPORT-ASSOCIATED / AUTOTRANSPORTER BIOGENESIS / AUTOTRANSPORTER ASSEMBLY / OUTER MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TAM protein secretion complex / protein localization to outer membrane / protein secretion / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) ...TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Translocation and assembly module subunit TamA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gruss, F. / Zaehringer, F. / Jakob, R.P. / Burmann, B.M. / Hiller, S. / Maier, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Structural Basis of Autotransporter Translocation by Tama
著者: Gruss, F. / Zaehringer, F. / Jakob, R.P. / Burmann, B.M. / Hiller, S. / Maier, T.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSLOCATION AND ASSEMBLY MODULE TAMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,97422
ポリマ－62,9031
非ポリマー11,07121
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.470, 261.060, 57.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 TRANSLOCATION AND ASSEMBLY MODULE TAMA / AUTOTRANSPORTER ASSEMBLY FACTOR TAMA


分子量: 62902.551 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): OMP3 / 参照: UniProt: P0ADE4
#2: 化合物
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE (MC3): LIPIDS IN STRUCTURE WERE BUILT AS FRAGMENTS OF ...1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE (MC3): LIPIDS IN STRUCTURE WERE BUILT AS FRAGMENTS OF DMPC, WHICH WAS USED IN BICELLE CRYSTALLIZATION
配列の詳細WITHOUT N-TERMINAL SIGNAL SEQUENCE (AA. 1-21),COMPRISES AA. 22-577,ADDITIONAL N-TERMINAL GLY-ILE-GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: IMIDAZOLE PH 6.0, NA ACETATE, TRIS, NACL, BETA-OG, DMPC, CHAPSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→74 Å / Num. obs: 55995 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.29 % / Biso Wilson estimate: 41.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.74
反射 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / 冗長度: 7.04 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2QDZ AND 4BZA

2qdz
PDB 未公開エントリ

4bza


解像度: 2.25→74.269 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: POTRA DOMAIN 1 AND C-TERMINUS EXHIBIT HIGHER FLEXIBILITY RESP. DISORDER. STRUCTURE OF ISOLATED POTRA DOMAINS FROM PDB 4BZA GUIDED MODEL BUILDING OF POTRA DOMAIN 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1946 3.5 %
Rwork0.1898 --
obs0.1907 55920 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→74.269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4333 0 428 226 4987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9566587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.021952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2501-2.30630.33711470.27363570X-RAY DIFFRACTION93
2.3063-2.36870.28491120.24263687X-RAY DIFFRACTION96
2.3687-2.43840.28991420.23033748X-RAY DIFFRACTION97
2.4384-2.51710.22731370.21393812X-RAY DIFFRACTION98
2.5171-2.60710.23181480.19493853X-RAY DIFFRACTION100
2.6071-2.71150.20151140.1933841X-RAY DIFFRACTION99
2.7115-2.83490.23131420.19023846X-RAY DIFFRACTION99
2.8349-2.98440.24921550.18963831X-RAY DIFFRACTION99
2.9844-3.17130.22111350.18273883X-RAY DIFFRACTION99
3.1713-3.41620.21311450.17753889X-RAY DIFFRACTION99
3.4162-3.760.18231440.16753901X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.3040.20051220.17483946X-RAY DIFFRACTION99
4.304-5.42230.1791480.16793993X-RAY DIFFRACTION100
5.4223-74.30930.23431550.21614174X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0668-0.09320.03240.1353-0.04640.01560.41280.31670.3816-0.1713-0.3198-0.3467-0.42910.0167-0.14361.7225-0.373-0.28921.31520.18441.6972-7.850216.7902-6.1972
22.77561.57550.1781.14580.4370.4594-0.12550.1731-0.3451-0.05820.02390.42060.3665-0.33730.15221.1239-0.53010.01760.83860.14451.628910.974212.610119.5325
32.391.1019-0.52975.3806-0.60171.28040.042-0.1142-0.7544-0.12840.17440.14840.861-0.3276-0.18930.619-0.1353-0.1160.42310.02480.616337.53431.350219.756
42.0726-0.87870.12020.7208-0.42770.7510.09150.0707-0.0616-0.02660.00650.0537-0.0285-0.1424-0.09860.2798-0.0062-0.01180.3586-0.0390.290825.557667.502814.0638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 25 THROUGH 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 104 THROUGH 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 189 THROUGH 263)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 264 THROUGH 577 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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