PDB-4bze: Crystal structure of galactose mutarotase GalM from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bze

タイトル

Crystal structure of galactose mutarotase GalM from Bacillus subtilis

要素

ALDOSE 1-EPIMERASE

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

aldose 1-epimerase / aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / glucose metabolic process / carbohydrate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Vanden Broeck, A. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Duez, C. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Galactose Mutarotase Galm from Bacillus Subtilis
著者: Vanden Broeck, A. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Duez, C. / Charlier, P.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bze.cif.gz	273.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bze.ent.gz	223.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bze_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bze_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	4bze_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	4bze_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwxS 4bzf 4bzg 4bzh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bzf-1 3mwx-1 6x7o-d 4bzh-1 5oy1-d 6f7r-d 4bzg-1 4jih-d 3sfh-d 4iis-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALDOSE 1-EPIMERASE

B: ALDOSE 1-EPIMERASE

ヘテロ分子

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALDOSE 1-EPIMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ALDOSE 1-EPIMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.340, 82.906, 123.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2107- HOH
2	1	A-2217- HOH
3	1	A-2219- HOH
4	1	B-2008- HOH

#1: タンパク質	ALDOSE 1-EPIMERASE / GALACTOSE MUTAROTASE 分子量: 37274.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌) 遺伝子: GALM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P39840, aldose 1-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→42.4 Å / Num. obs: 57834 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MWX

3mwx

解像度: 2→41.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.629 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23983	2932	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19514	-	-	-
obs	0.19747	54861	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5222	0	19	312	5553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.939	7333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.832	5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.601	24.791	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.599	15	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.215	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	214	-
R_work	0.248	3714	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3047	-0.4331	-0.2742	1.4852	-0.3034	1.4431	0.0559	-0.0574	-0.0475	-0.136	-0.0722	-0.2187	-0.0974	0.2237	0.0163	0.0909	0.0124	0.0435	0.0944	0.0232	0.2067	4.4547	20.6277	-17.4057
2	0.8948	0.4281	-0.4961	0.6936	-0.3918	0.7592	0.0531	0.0509	-0.1135	-0.0574	-0.022	-0.036	0.0843	0.028	-0.0312	0.1133	0.0259	0.0069	0.0392	-0.0051	0.1775	-11.2106	9.8923	-11.4937
3	0.6693	0.0796	0.0252	0.8482	0.1901	0.3951	0.0157	0.0115	-0.0035	-0.0278	-0.0117	0.0135	0.0129	0.0213	-0.0039	0.0915	0.0084	0.0023	0.0543	0.0137	0.1489	-13.6996	17.9425	-7.2484
4	3.3922	-0.6369	-0.2423	1.5574	0.2245	0.4829	0.1407	-0.1962	0.1207	0.1509	-0.1489	0.0093	0.0788	0.0454	0.0082	0.1222	-0.0199	0.0144	0.0728	0.0061	0.126	-10.7453	26.3158	5.5208
5	0.6768	0.0995	-0.3049	0.499	0.1021	0.1967	0.0355	-0.0082	0.0317	0.0071	-0.0327	-0.0006	0.0156	0.0131	-0.0027	0.1092	0.0059	-0.0016	0.0589	0.0111	0.1732	-13.1759	22.4923	-4.8764
6	6.5578	7.108	3.1811	13.8433	4.5528	3.795	0.0357	-0.1581	0.1814	0.2365	0.2504	-0.151	-0.5185	-0.044	-0.2862	0.1899	0.0332	0.0576	0.0469	0.0046	0.1914	-0.4721	35.0568	-9.4511
7	0.081	0.2718	0.3278	1.9979	0.5147	2.9973	-0.0278	-0.0029	-0.0141	-0.1201	-0.0257	0.1915	0.0684	-0.3549	0.0535	0.1895	-0.0309	0.0731	0.1275	-0.0326	0.1309	-2.8654	20.1998	-46.0368
8	1.8535	0.5874	-1.3256	0.5379	-0.404	0.9544	-0.2328	-0.1186	-0.2507	-0.3206	0.0142	-0.1639	0.1684	0.0679	0.2186	0.3899	0.0621	0.1231	0.0907	-0.0545	0.1564	18.3031	6.8167	-53.7663
9	1.2635	-1.5095	-1.4801	1.864	1.3788	4.5788	-0.0872	-0.1319	0.0536	0.0661	0.1334	-0.0928	-0.019	0.2082	-0.0462	0.1836	-0.0159	0.0866	0.0804	0.0493	0.1311	6.1126	22.2414	-36.4195
10	0.9826	-0.3515	-0.1562	1.1166	-0.3174	0.7149	-0.0649	0.0344	0.0528	-0.1562	0.0084	-0.1259	0.1555	0.0747	0.0565	0.2457	0.0114	0.1073	0.0709	0.0036	0.0765	15.0356	19.1596	-53.3351
11	1.7233	0.4701	-0.7571	0.728	-0.6171	0.6619	-0.12	0.2136	0.2773	-0.3931	-0.0281	-0.2375	0.2327	-0.0468	0.148	0.3528	0.0264	0.1052	0.1532	0.0704	0.2405	11.0114	27.5674	-62.0104
12	0.9209	-0.3291	-0.7215	0.8655	0.2201	0.8365	-0.0668	-0.0428	0.1584	-0.3624	0.0364	-0.2579	0.0812	-0.0331	0.0304	0.2533	0.0203	0.1105	0.0886	-0.01	0.1657	16.3974	21.0921	-55.1818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	127 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	220 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	241 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	318 - 323
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	64 - 105
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	106 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	123 - 221
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	222 - 271
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	272 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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