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- PDB-4bxr: Structure of the wild-type TCP10 domain of Danio rerio CPAP in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxr
タイトルStructure of the wild-type TCP10 domain of Danio rerio CPAP in complex with a peptide of Danio rerio STIL
要素
  • CPAP
  • SCL-INTERRUPTING LOCUS PROTEIN HOMOLOG
キーワードCELL CYCLE / CENTRIOLE DUPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / body morphogenesis / centriole elongation / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / protein localization to centrosome / smoothened signaling pathway ...TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / body morphogenesis / centriole elongation / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / protein localization to centrosome / smoothened signaling pathway / centrosome duplication / cilium assembly / spindle assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centriole / tubulin binding / mitotic spindle organization / neuron cellular homeostasis / cell cortex / protein domain specific binding / centrosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
lipopolysaccharide transport protein A fold - #20 / SCL-interrupting locus protein / SCL-interrupting locus protein N-terminus / T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / lipopolysaccharide transport protein A fold / : / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein J / SCL-interrupting locus protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者van Breugel, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the CPAP/STIL complex reveal its role in centriole assembly and human microcephaly.
著者: Cottee, M.A. / Muschalik, N. / Wong, Y.L. / Johnson, C.M. / Johnson, S. / Andreeva, A. / Oegema, K. / Lea, S.M. / Raff, J.W. / van Breugel, M.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CPAP
B: CPAP
C: SCL-INTERRUPTING LOCUS PROTEIN HOMOLOG
D: SCL-INTERRUPTING LOCUS PROTEIN HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9804
ポリマ－49,9804
非ポリマー00
水97354
1
A: CPAP
C: SCL-INTERRUPTING LOCUS PROTEIN HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9902
ポリマ－24,9902
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-5.1 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
2
B: CPAP
D: SCL-INTERRUPTING LOCUS PROTEIN HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9902
ポリマ－24,9902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-6.7 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.250, 67.470, 61.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTHRTHRAA944 - 112212 - 190
21SERSERTHRTHRBB944 - 112212 - 190
12ASPASPHISHISCC414 - 4248 - 18
22ASPASPHISHISDD414 - 4248 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8304, 0.5385, -0.1433), (-0.1606, 0.01509, 0.9869), (0.5336, 0.8425, 0.07394)-74.87, -36.59, 30.56
2given(-0.8045, 0.5492, -0.2264), (-0.2091, 0.09493, 0.9733), (0.556, 0.8303, 0.03844)-71.72, -37.82, 31.52

-
要素

#1: タンパク質 CPAP


分子量: 21891.539 Da / 分子数: 2 / 断片: TCP-10 DOMAIN, RESIDUES 937-1124 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: E7FCY1
#2: タンパク質・ペプチド SCL-INTERRUPTING LOCUS PROTEIN HOMOLOG


分子量: 3098.250 Da / 分子数: 2 / 断片: STIL PEPTIDE, RESIDUES 408-428 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q8JGS1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS PH 8.5, 200 MM CA ACETATE, 17% PEG-2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.4 Å / Num. obs: 23051 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BXP (DISTORTED)

4bxp


解像度: 2.2→51.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.205 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27668 1145 5 %RANDOM
Rwork0.23427 ---
obs0.23642 21892 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20 Å2-0.74 Å2
2---2.75 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3115 0 0 54 3169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9654329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14936954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6135388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43524.375160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43415553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9371524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.22755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21943
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3115.9353195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4186.0783002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.8648.8124329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A92400.17
12B92400.17
21C3730.13
22D3730.13
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 78 -
Rwork0.338 1607 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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