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- PDB-4bxe: CRYSTAL STRUCTURE OF AMPDH3 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxe
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AMPDH3 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA IN COMPLEX WITH ANHYDROMURAMIC PENTAPEPTIDE
要素
  • AMPDH3
  • ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Gram-negative-bacterium-type cell wall / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / : / PGBD superfamily / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / PGBD-like superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Artola-Recolons, C. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Cell-Wall Remodeling by the Zinc-Protease Ampdh3 from Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Carrasco-Lopez, C. / Martinez-Caballero, S. / Hesek, D. / Spink, E. / Lastochkin, E. / Zhang, W. / Hellman, L.M. / Boggess, B. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Atomic model / Structure summary
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMPDH3
B: AMPDH3
C: ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
D: ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4819
ポリマ－59,0924
非ポリマー3895
水1,31573
1
A: AMPDH3
B: AMPDH3
C: ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
D: ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
ヘテロ分子

A: AMPDH3
B: AMPDH3
C: ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
D: ANHYDROMURAMIC PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,96318
ポリマ－118,1848
非ポリマー77910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area21560 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area49330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.940, 100.940, 165.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 AMPDH3


分子量: 28756.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5D1
#2: タンパク質・ペプチド ANHYDROMURAMIC PEPTIDE


分子量: 789.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.35 Å / Num. obs: 18710 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 47.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIXモデル構築
SCALAデータスケーリング
iMOSFLM位相決定
SCALA位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AMPDH3-NATIVE

解像度: 2.95→48.269 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 951 5.1 %
Rwork0.2032 --
obs0.2064 18648 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.269 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4182 0 26 73 4281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4915869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3251542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005773
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.10550.41551300.34422473X-RAY DIFFRACTION100
3.1055-3.30.36731460.28462457X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.55480.31171370.24212477X-RAY DIFFRACTION100
3.5548-3.91240.23631370.18162492X-RAY DIFFRACTION100
3.9124-4.47810.22481550.15542503X-RAY DIFFRACTION100
4.4781-5.64060.21381280.16152566X-RAY DIFFRACTION100
5.6406-48.27540.23621180.18732729X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50350.4564-0.87451.6215-0.47960.7489-0.01230.178-0.08440.18780.06520.12490.1072-0.3293-0.07720.3408-0.1426-0.03770.38390.04840.2533-1.89175.35129.1793
20.24040.6727-0.14631.3449-0.22791.9570.0207-0.42530.02170.54450.17120.42180.3492-0.3918-0.03440.6071-0.11710.0450.51350.15960.4629-4.93391.007122.209
32.1346-0.1676-0.40140.78260.63741.67440.1207-0.1830.15210.4003-0.01310.1439-0.0259-0.22-0.09570.5522-0.10470.10220.42590.07210.2957-6.121318.222530.2704
40.7725-0.3273-0.42111.28990.11160.90680.12750.08570.08160.15020.03230.0166-0.1321-0.0086-0.02020.2245-0.0743-0.06290.36010.04790.2256.03220.5547-3.5736
51.5398-0.55030.52651.5204-0.560.2451-0.1260.43620.8780.02280.27190.4512-1.13350.10030.01910.5913-0.00570.07840.50270.11110.68375.46441.1544-12.4317
61.4817-0.21550.15570.8981-0.60580.77930.09480.2353-0.0256-0.0085-0.0475-0.0356-0.1259-0.1689-0.01250.28210.0045-0.03030.42160.00690.2493-3.439324.9042-13.2893
71.7934-0.70980.01782.03010.57671.0479-0.0173-0.1180.06110.01360.010.0651-0.0976-0.22750.03540.307-0.0088-0.01960.47220.06740.2545-18.401335.4682-10.404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 95 THROUGH 134 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 135 THROUGH 255 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 101 THROUGH 117 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 118 THROUGH 176 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 177 THROUGH 255 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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