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万見
- PDB-4bxc: Resolving the activation site of positive regulators in plant pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxc
タイトルResolving the activation site of positive regulators in plant phosphoenolpyruvate carboxylase
要素C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
キーワードLYASE / ALLOSTERIC REGULATION / C4 PHOTOSYNTHETIC PATHWAY / CO2 FIXATION / SULFATE BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


C4 photosynthesis / phosphoenolpyruvate carboxylase / phosphoenolpyruvate carboxylase activity / leaf development / apoplast / carbon fixation / tricarboxylic acid cycle / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxylase, Lys active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase, bacterial/plant-type / Phosphoenolpyruvate carboxylase, His active site / Phosphoenolpyruvate carboxylase / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 2. / Phosphoenolpyruvate carboxylase active site 1. / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / C4 phosphoenolpyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Flaveria trinervia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Schlieper, D. / Foerster, K. / Paulus, J.K. / Groth, G.
引用ジャーナル: Mol.Plant / 年: 2014
タイトル: Resolving the Activation Site of Positive Regulators in Plant Phosphoenolpyruvate Carboxylase.
著者: Schlieper, D. / Foerster, K. / Paulus, J.K. / Groth, G.
履歴
登録2013年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32015年7月1日Group: Data collection
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
B: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,9329
ポリマ－226,9732
非ポリマー9597
水23413
1
A: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
B: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
B: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,86418
ポリマ－453,9464
非ポリマー1,91714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area14000 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area167420 Å2
手法PISA
2
B: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子

B: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,8108
ポリマ－226,9732
非ポリマー8376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-25.8 kcal/mol
Surface area69320 Å2
手法PISA
3
A: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,05410
ポリマ－226,9732
非ポリマー1,0818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-15.5 kcal/mol
Surface area68310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.413, 121.232, 132.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 C4 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYLASE / C4 PEPC / C4 PEPCASE / PPCA / PHOTOSYNTHETIC PEPCASE


分子量: 113486.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flaveria trinervia (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30694, phosphoenolpyruvate carboxylase
#2: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 18分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE (PH 5.6/NAOH), 15 % (W/V) PEG4000 AND 0.2 M AMMONIUM SULFATE; SOAKED WITH 200 MM GLUCOSE 6-PHOSPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→51.9 Å / Num. obs: 60347 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 74.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.84→2.99 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZGE

3zge


解像度: 2.86→50.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 29.512 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.487 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22067 1257 2 %RANDOM
Rwork0.18403 ---
obs0.18478 60347 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.067 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.86 Å20 Å20 Å2
2---2.22 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→50.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14846 0 58 13 14917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01915207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0214518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.97420571
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.918333405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4651842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31423.678726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.491152674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.02715127
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8813.9397415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.883.9387414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5685.8899238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5194.3197792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.934 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 102 -
Rwork0.277 4409 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3793-0.3812-0.03581.10130.3030.4752-0.0645-0.2420.30710.19750.02830.26410.0385-0.12990.03620.4401-0.0639-0.04030.0991-0.0040.3341-12.502-15.59961.897
20.50380.1042-0.07532.02781.16151.06250.04760.11070.2498-0.29580.0464-0.1701-0.24-0.0104-0.09390.28720.00860.01680.05880.05970.16897.42-26.72839.346
33.7374-1.24570.91161.9083-0.34961.5389-0.17460.12870.09980.07910.00480.2780.2855-0.07650.16980.3928-0.11480.02540.03830.00550.0876-18.688-38.20359.093
41.62910.5575-0.54191.8368-0.30780.7023-0.0372-0.00970.3774-0.22040.1226-0.31320.07010.1057-0.08550.41590.1318-0.00620.3288-0.07810.372316.865-10.46695.214
50.9895-0.1874-0.13441.8022-1.10811.9325-0.0369-0.1010.11060.2296-0.02330.1443-0.1380.1020.06030.29750.04150.04570.18510.04480.09872.237-27.534117.798
63.66621.0287-0.04013.66650.2041.886-0.1804-0.47860.064-0.0094-0.089-0.52690.30640.34220.26940.30590.23240.08010.33730.03780.159330.561-29.34197.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2A229 - 707
3X-RAY DIFFRACTION3A708 - 966
4X-RAY DIFFRACTION4B7 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5B229 - 704
6X-RAY DIFFRACTION6B705 - 966

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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