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- PDB-4bx3: Crystal Structure of murine Chronophin (Pyridoxal Phosphate Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bx3
タイトルCrystal Structure of murine Chronophin (Pyridoxal Phosphate Phosphatase)
要素PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PDXP / HAD PHOSPHATASE / HAD-LIKE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / regulation of modification of postsynaptic structure / cellular response to ATP / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity ...pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / regulation of modification of postsynaptic structure / cellular response to ATP / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / dephosphorylation / growth factor binding / phosphoprotein phosphatase activity / lamellipodium membrane / cleavage furrow / heat shock protein binding / protein dephosphorylation / regulation of cytokinesis / ruffle membrane / cell-cell junction / actin cytoskeleton / midbody / postsynapse / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-phosphoglycolate phosphatase, eukaryotic / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.193 Å
データ登録者Knobloch, G. / Gohla, A. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Chronophin Dimerization is Required for Proper Positioning of its Substrate Specificity Loop.
著者: Kestler, C. / Knobloch, G. / Tessmer, I. / Jeanclos, E. / Schindelin, H. / Gohla, A.
履歴
登録2013年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE
B: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4636
ポリマ－63,2302
非ポリマー2334
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-32.6 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.100, 167.100, 167.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2076-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.08087, 0.9568, -0.2793), (0.9595, -0.1506, -0.2382), (-0.2699, -0.2488, -0.9302)
ベクター: 63.05, -42.02, 100.3)

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要素

#1: タンパク質 PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE / PLP PHOSPHATASE / CHRONOPHIN / PLPP


分子量: 31614.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P60487, pyridoxal phosphatase, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.1M IMIDAZOLE PH 8, 0.2M NACL, 1M SODIUM TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→44.66 Å / Num. obs: 39743 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 47.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OYC

2oyc


解像度: 2.193→44.659 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2067 1996 5 %
Rwork0.1707 --
obs0.1725 39741 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6234 Å2-0.0039 Å20.0888 Å2
2---0.1768 Å20.6124 Å2
3---0.1106 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.193→44.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 14 178 4595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.646168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.911713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.193-2.24780.27711460.23982622X-RAY DIFFRACTION99
2.2478-2.30860.25891420.23212694X-RAY DIFFRACTION100
2.3086-2.37650.26131360.21472696X-RAY DIFFRACTION100
2.3765-2.45320.22861320.20842688X-RAY DIFFRACTION100
2.4532-2.54090.25271410.2092683X-RAY DIFFRACTION100
2.5409-2.64260.28941390.19532661X-RAY DIFFRACTION100
2.6426-2.76290.24481380.20022679X-RAY DIFFRACTION100
2.7629-2.90850.25021410.19822701X-RAY DIFFRACTION100
2.9085-3.09070.24761510.18392678X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.32930.2061420.16942690X-RAY DIFFRACTION100
3.3293-3.66420.20781480.16362698X-RAY DIFFRACTION100
3.6642-4.19410.17061390.14382722X-RAY DIFFRACTION100
4.1941-5.28270.17171350.13872734X-RAY DIFFRACTION100
5.2827-44.66860.18851660.17132799X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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