PDB-4bx2: Crystal Structure of murine Chronophin (Pyridoxal Phosphate Phosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bx2

タイトル

Crystal Structure of murine Chronophin (Pyridoxal Phosphate Phosphatase) in complex with Beryllium trifluoride

要素

PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / PDXP / HAD PHOSPHATASE / HAD-LIKE HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / cellular response to ATP / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.193 Å

データ登録者

Knobloch, G. / Gohla, A. / Schindelin, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Chronophin Dimerization is Required for Proper Positioning of its Substrate Specificity Loop.
著者: Kestler, C. / Knobloch, G. / Tessmer, I. / Jeanclos, E. / Schindelin, H. / Gohla, A.

履歴

登録	2013年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bx2.cif.gz	335.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bx2.ent.gz	283.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bx2_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bx2_full_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示
XML形式データ	4bx2_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	4bx2_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bx0C 4bx3C 2oycS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5aes-d 4bx3-d 2p27-1 2p69-1 2cft-1 2cfs-1 1q6t-d 1q6s-d 5fly-d 4twb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

B: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE

ヘテロ分子

63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.830, 166.830, 166.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.1687, -0.9544, -0.2461), (-0.9503, 0.09123, 0.2975), (-0.2615, 0.2841, -0.9224)
ベクター: 312.6, 246.7, 96.19)

#1: タンパク質	PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE / PLP PHOSPHATASE / CHRONOPHIN / PLPP 分子量: 31614.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P60487, pyridoxal phosphatase, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.1M IMIDAZOLE PH 8, 0.2M NACL, 1M SODIUM TARTRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→44.59 Å / Num. obs: 39582 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OYC

2oyc

解像度: 2.193→44.587 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	1989	5 %
R_work	0.1678	-	-
obs	0.1702	39580	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 18 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.3006 Å²	-0.102 Å²	0.7356 Å²
2-	-	0.1215 Å²	0.6298 Å²
3-	-	-	-0.2862 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.193→44.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4403	0	28	188	4619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	4569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.567	6192
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.309	1718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	832

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1932-2.2481	0.3604	152	0.279	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2481-2.3089	0.3055	139	0.245	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3089-2.3768	0.2661	129	0.2227	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3768-2.4535	0.2398	137	0.2008	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4535-2.5412	0.2617	139	0.1919	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5412-2.6429	0.213	140	0.1794	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.7632	0.2691	138	0.1793	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7632-2.9088	0.2289	137	0.1786	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9088-3.0911	0.2088	151	0.1686	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0911-3.3296	0.2096	141	0.1588	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3296-3.6646	0.2012	146	0.1502	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6646-4.1945	0.1619	139	0.1403	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1945-5.2833	0.1877	137	0.1385	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2833-44.5964	0.2084	164	0.179	2780	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7792	-0.2558	-1.0324	3.2596	0.3579	1.6022	-0.0268	-0.3566	0.3731	0.6439	-0.0519	0.3429	-0.4882	-0.4994	-0.3644	0.5566	0.0491	0.0587	0.459	-0.042	0.3538	127.0476	119.0342	73.2641
2	3.4285	-2.1776	0.5639	2.2975	-0.9769	5.9818	-0.1351	-0.3667	-0.7674	0.8428	-0.0997	-0.09	0.3613	0.4349	-0.1675	0.3979	-0.0199	-0.0181	0.2675	0.0011	0.4018	139.1814	106.4092	69.5509
3	1.9252	0.2586	-0.4359	1.1094	-0.3355	1.3677	-0.2397	0.3026	-0.4826	0.0386	0.0048	0.004	0.3888	-0.2664	-0.054	0.2642	-0.0834	0.0338	0.2838	-0.1122	0.3968	136.6232	106.9959	54.2086
4	5.4764	0.7511	3.0086	1.0315	0.2627	1.6764	-0.0069	1.2795	-0.3907	-0.5064	0.112	0.0687	-0.0473	-1.0042	0.5356	0.4024	0.0143	-0.0437	1.101	-0.1585	0.3918	141.4575	111.8517	33.0336
5	1.8314	0.6067	-1.0873	4.6417	0.3928	2.3903	-0.1197	0.8372	-0.6212	-0.351	-0.246	0.0125	0.3718	-0.3035	-0.1898	0.2805	-0.0541	0.015	0.4865	-0.1488	0.4391	147.242	109.8463	39.562
6	3.0048	1.5164	-1.7688	1.3482	-1.5141	2.3353	0.0735	0.332	-0.1491	-0.0101	-0.1455	-0.0118	0.0865	-0.1795	-0.0666	0.2441	0.0085	-0.0591	0.2905	-0.023	0.3128	146.3526	121.182	46.8176
7	2.2903	-0.8281	-1.1578	2.6484	-0.9084	2.7853	-0.0224	-0.1485	0.0553	0.4287	-0.0757	-0.074	-0.5085	-0.1304	-0.09	0.3811	0.0131	-0.0553	0.2327	-0.0557	0.2654	133.9455	121.32	67.1499
8	1.3552	0.4857	-0.217	2.6325	0.4157	4.5429	0.1615	0.569	0.9638	-0.856	-0.144	0.1896	-1.0362	0.2009	0.0813	0.6393	-0.0202	0.0325	0.4573	0.2986	0.7978	165.6935	150.6885	29.0995
9	0.8967	0.6368	1.1301	5.9619	0.9627	2.824	0.1364	0.252	0.3766	-0.638	-0.035	-0.9637	-0.0079	0.5163	-0.1008	0.228	0.0299	0.0864	0.5173	0.2016	0.5928	177.3305	140.6715	32.0722
10	3.4292	-0.3588	0.4318	4.6127	0.3979	1.831	0.2825	-0.4554	0.5818	0.7161	-0.4071	-0.4169	-0.3742	0.6552	0.058	0.2853	-0.1911	-0.0991	0.4961	0.0322	0.4816	172.3703	139.8238	53.5249
11	5.4146	1.7572	1.1387	2.5374	0.8087	0.3902	0.2759	-0.4112	-0.2746	0.3414	-0.1606	-0.3046	0.184	0.2199	-0.0804	0.2642	-0.0891	-0.0815	0.4199	0.1169	0.3816	172.7605	129.3238	52.4715
12	3.1347	1.088	-0.5738	3.8086	-1.4029	2.7401	0.2276	0.1414	0.7569	-0.1687	-0.2343	0.2219	-0.4082	-0.1189	0.0974	0.2802	0.0722	-0.0001	0.2646	0.0493	0.5268	158.4588	142.3064	41.1819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 26 THROUGH 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 50 THROUGH 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 101 THROUGH 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 116 THROUGH 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 152 THROUGH 219 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 220 THROUGH 291 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 64 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 65 THROUGH 81 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 82 THROUGH 115 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 116 THROUGH 151 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 152 THROUGH 290 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)