PDB-4bwy: P4 PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE PHI8 (R32)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bwy

タイトル

P4 PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE PHI8 (R32)

要素

P4

キーワード

HYDROLASE / NTPASE / CYSTOVIRIDAE

機能・相同性

Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / viral genome packaging / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / p4

機能・相同性情報

生物種

PSEUDOMONAS PHAGE PHI8 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

El Omari, K. / Meier, C. / Kainov, D. / Sutton, G. / Grimes, J.M. / Poranen, M.M. / Bamford, D.H. / Tuma, R. / Stuart, D.I. / Mancini, E.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Tracking in atomic detail the functional specializations in viral RecA helicases that occur during evolution.
著者: Kamel El Omari / Christoph Meier / Denis Kainov / Geoff Sutton / Jonathan M Grimes / Minna M Poranen / Dennis H Bamford / Roman Tuma / David I Stuart / Erika J Mancini /

要旨: Many complex viruses package their genomes into empty protein shells and bacteriophages of the Cystoviridae family provide some of the simplest models for this. The cystoviral hexameric NTPase, P4, ...

履歴

登録	2013年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bwy.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bwy.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bwy_validation.pdf.gz	529.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bwy_full_validation.pdf.gz	583.4 KB	表示
XML形式データ	4bwy_validation.xml.gz	112.3 KB	表示
CIF形式データ	4bwy_validation.cif.gz	146 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bloC 4blpC 4blqSC 4blrC 4blsC 4bltC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4blq-d 3lrl-1 6gri-d 3lrk-1 3lrm-d 6qgm-1 6qkj-1 6o6m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P4

B: P4

C: P4

D: P4

E: P4

F: P4

G: P4

H: P4

I: P4

J: P4

K: P4

L: P4

411 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

G: P4

H: P4

I: P4

J: P4

K: P4

L: P4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
205 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: P4

B: P4

C: P4

D: P4

E: P4

F: P4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
205 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.725, 197.725, 562.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	P4 / PHI8 P4 分子量: 34223.945 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI8 (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MC14

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6 AND 2.2 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9798
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→45 Å / Num. obs: 76933 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 67.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.31 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BLQ

4blq

解像度: 3.1→45.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8189 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.7971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.533

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3086	3862	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2955	-	-	-
obs	0.2961	76933	99.89 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6601 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6601 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.3202 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.908 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25719	0	0	0	25719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	26016	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	35170	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		12272	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		606	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3863	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		26016	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.36
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.88
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3494	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		28802	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3047	283	5.03 %
R_work	0.2964	5346	-
all	0.2968	5629	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2237	0.2117	0.111	0.5367	0.0036	2.2778	-0.0185	0.0263	0.1594	0.007	-0.0008	0.1521	-0.0059	0.0348	0.0193	-0.0414	0.0231	-0.0038	-0.0767	0.0091	0.1416	17.1768	94.7964	-8.4408
2	2.3108	0.0262	1.5134	1.3041	-1.0015	1.1508	-0.0223	0.136	-0.1075	-0.0914	-0.0099	-0.1353	-0.0007	0.0557	0.0322	0.049	-0.0158	0.0304	0.0663	-0.0925	-0.0806	48.9771	61.6739	-37.3785
3	2.2879	-0.0186	1.3609	1.6654	-0.1315	1.4741	-0.0175	0.0709	0.0847	0.0074	-0.0166	-0.1136	-0.0581	0.043	0.0341	0.0099	-0.0458	0.0224	-0.045	0.0638	-0.0091	43.3765	89.9689	-24.9108
4	3.3445	-1.2207	0.1877	1.5305	-1.2514	2.5038	-0.015	0.0259	-0.1245	-0.0861	0.0114	0.0186	0.1175	-0.0065	0.0036	0.0666	-0.0689	-0.1207	-0.1654	-0.1471	0.0392	28.128	38.3357	-33.4929
5	1.0516	-0.7802	0.6101	3.6177	-0.8697	1.9673	-0.0634	-0.0671	-0.0651	0.1116	-0.0019	0.1219	0.1679	-0.1154	0.0653	0.0062	-0.1076	-0.076	-0.0382	-0.0149	0.0447	1.3118	42.4401	-14.8071
6	1.4316	0.573	0.3624	1.0695	-0.767	2.1851	-0.0034	-0.0411	0.0222	0.0472	0.014	0.1577	0.0124	-0.0888	-0.0106	-0.0727	-0.0192	-0.0243	-0.0327	0.0279	0.1073	-3.6158	71.5105	-4.2917
7	1.2563	0.3675	-0.3012	0.8105	-0.1697	2.6756	0.0058	0.0158	-0.2331	-0.0161	-0.0121	0.0014	0.0015	-0.0113	0.0063	-0.0676	0.0393	-0.0275	-0.1197	-0.0025	0.1662	-8.2238	24.4946	-85.6024
8	1.3693	0.3527	0.2171	1.4114	-1.2412	1.2693	0.0172	-0.1032	0.0534	0.0335	-0.0225	0.0291	-0.0641	-0.0098	0.0053	-0.0199	-0.0261	0.0737	0.1091	-0.0927	-0.0563	-20.9404	68.2482	-56.3149
9	2.4798	0.019	-0.3673	2.0254	-1.0208	1.4939	0.0252	-0.0842	0.0058	0.0617	-0.0175	-0.0585	0.008	0.1149	-0.0077	-0.0816	0.0433	-0.0204	0.0612	-0.0302	-0.0486	0.7154	49.3755	-68.9002
10	0.9517	0.3766	0.9312	3.7984	-1.6759	2.0758	-0.0302	-0.0413	0.0579	0.0573	0.0061	0.1607	-0.0753	-0.0807	0.024	-0.1707	0.0926	0.1419	0.0602	-0.0644	0.0713	-51.6589	61.9684	-60.3101
11	1.3575	-1.0345	0.06	2.1623	-0.7111	1.688	0.0382	0.0423	-0.109	-0.1324	-0.0746	0.1773	-0.0245	-0.1874	0.0364	-0.2432	-0.0281	0.0711	0.1134	-0.016	0.1704	-60.5424	36.8676	-77.0083
12	2.0441	0.5281	0.8227	0.7175	-1.1334	3.1965	0.0454	-0.0362	-0.1576	-0.0307	-0.0352	0.0546	0.0636	-0.0962	-0.0102	-0.0826	-0.0475	0.0222	-0.097	-0.0257	0.1153	-38.7462	18.1088	-89.7304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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